####################################################### # # # ACE # # # # Ab-initio protein structure prediction # # & # # Comparative modeling # # # # Evaluator # # # # ----------------- 09/2000 # # # # by # # Adam Zemla # # # # Protein Structure Prediction Center # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### ########################## # # # ACE parameters: # # # ########################## SOV-METHOD 1 # 1 - SOV, 0 - SOV 94 # SS-DSSP-STRIDE 1 # 1 - DSSP, 2 - STRIDE (SS format only) SS-OUTPUT 1 # 1 - ON, 0 - OFF ########################## # # # ACE results: # # # ########################## # The number of residues in SS section: 520 , MODEL 523 , TARGET 520 # The number of residues possible to evaluate: 517 SECONDARY STRUCTURE PREDICTION: NUM RES SS Prediction Probability SSP 4 N C C 0.76 SSP 5 N C C 0.65 SSP 6 L C C 0.54 SSP 7 K C C 0.47 SSP 8 L C C 0.16 SSP 9 A C H 0.36 SSP 10 S C H 0.57 SSP 11 T C H 0.89 SSP 12 M H H 0.98 SSP 13 E H H 0.99 SSP 14 G H H 1.00 SSP 15 R H H 0.99 SSP 16 V H H 0.99 SSP 17 E H H 1.00 SSP 18 Q H H 0.99 SSP 19 L H H 0.98 SSP 20 A H H 0.99 SSP 21 E H H 0.98 SSP 22 Q H H 1.00 SSP 23 R H H 0.99 SSP 24 Q H H 0.97 SSP 25 V H H 0.90 SSP 26 I H H 0.68 SSP 27 E H H 0.41 SSP 28 A C H 0.01 SSP 29 G C C 0.55 SSP 30 G C C 0.72 SSP 31 G C C 0.25 SSP 32 E H H 0.45 SSP 33 R H H 0.80 SSP 34 R H H 0.95 SSP 35 V H H 0.98 SSP 36 E H H 0.89 SSP 37 K H H 0.75 SSP 38 Q H H 0.29 SSP 39 H H C 0.16 SSP 40 S H C 0.54 SSP 41 Q C C 0.67 SSP 42 G C C 0.69 SSP 43 K C C 0.76 SSP 44 Q C C 0.68 SSP 45 T C C 0.78 SSP 46 A H H 0.71 SSP 47 R H H 0.89 SSP 48 E H H 0.97 SSP 49 R H H 1.00 SSP 50 L H H 0.99 SSP 51 N H H 0.96 SSP 52 N H H 0.89 SSP 53 L H H 0.75 SSP 54 L C H 0.27 SSP 55 D C C 0.27 SSP 56 P C C 0.19 SSP 57 H C C 0.08 SSP 58 S C H 0.07 SSP 59 F C H 0.36 SSP 60 D E H 0.41 SSP 61 E E H 0.54 SSP 62 V E H 0.55 SSP 63 G C H 0.49 SSP 64 A C H 0.42 SSP 65 F C H 0.30 SSP 66 R C H 0.23 SSP 67 K C H 0.13 SSP 68 H C H 0.04 SSP 69 R C H 0.10 SSP 70 T C H 0.21 SSP 71 T C H 0.25 SSP 72 L C H 0.16 SSP 73 F C H 0.14 SSP 74 G C H 0.09 SSP 75 M C H 0.12 SSP 76 D C H 0.05 SSP 77 K C C 0.23 SSP 78 A C C 0.49 SSP 79 V C C 0.62 SSP 80 V C C 0.75 SSP 81 P H C 0.79 SSP 82 A H C 0.80 SSP 83 D H C 0.56 SSP 84 G H E 0.16 SSP 85 V E E 0.83 SSP 86 V E E 0.93 SSP 87 T E E 0.92 SSP 88 G E E 0.79 SSP 89 R E E 0.80 SSP 90 G E E 0.87 SSP 91 T E E 0.84 SSP 92 I E E 0.45 SSP 93 L C C 0.81 SSP 94 G C C 0.95 SSP 95 R E C 0.05 SSP 96 P E E 0.81 SSP 97 V E E 0.97 SSP 98 H E E 1.00 SSP 99 A E E 0.98 SSP 100 A E E 0.87 SSP 101 S E E 0.55 SSP 102 Q E C 0.08 SSP 103 D C C 0.43 SSP 104 F C C 0.40 SSP 105 T C C 0.32 SSP 106 V C C 0.09 SSP 107 M H C 0.25 SSP 108 G H C 0.45 SSP 109 G H C 0.68 SSP 110 S C C 0.76 SSP 111 A E C 0.75 SSP 112 G C C 0.62 SSP 113 E H H 0.26 SSP 114 T H H 0.52 SSP 115 Q H H 0.74 SSP 116 S H H 0.91 SSP 117 T H H 0.97 SSP 118 K H H 0.99 SSP 119 V H H 1.00 SSP 120 V H H 1.00 SSP 121 E H H 0.99 SSP 122 T H H 1.00 SSP 123 M H H 1.00 SSP 124 E H H 1.00 SSP 125 Q H H 1.00 SSP 126 A H H 0.97 SSP 127 L H H 0.95 SSP 128 L H H 0.81 SSP 129 T H C 0.30 SSP 130 G C C 0.94 SSP 131 T C C 0.98 SSP 132 P C C 0.59 SSP 133 F E E 0.84 SSP 134 L E E 0.98 SSP 135 F E E 0.98 SSP 136 F E E 0.95 SSP 137 Y E E 0.63 SSP 138 D E E 0.00 SSP 139 S E C 0.61 SSP 140 G C C 0.63 SSP 141 G C C 0.67 SSP 142 A E C 0.53 SSP 143 R C C 0.24 SSP 144 I H C 0.13 SSP 145 Q H C 0.02 SSP 146 E H H 0.18 SSP 147 G H H 0.31 SSP 148 I H H 0.49 SSP 149 D H H 0.57 SSP 150 S H H 0.69 SSP 151 L H H 0.67 SSP 152 S H H 0.60 SSP 153 G H H 0.73 SSP 154 Y H H 0.80 SSP 155 G H H 0.91 SSP 156 K H H 1.00 SSP 157 M H H 1.00 SSP 158 F H H 0.99 SSP 159 F H H 0.98 SSP 160 A H H 0.99 SSP 161 N H H 0.99 SSP 162 V H H 0.95 SSP 163 K H H 0.91 SSP 164 L H H 0.83 SSP 165 S C H 0.60 SSP 166 G C H 0.19 SSP 167 V C C 0.43 SSP 168 V C C 0.75 SSP 169 P C E 0.00 SSP 170 Q E E 0.90 SSP 171 I E E 0.98 SSP 172 A E E 0.99 SSP 173 I E E 0.96 SSP 174 I E E 0.80 SSP 175 A E E 0.52 SSP 176 G E C 0.35 SSP 177 P E C 0.63 SSP 178 C E C 0.71 SSP 179 A E C 0.27 SSP 180 G C H 0.32 SSP 181 G H H 0.66 SSP 182 A H H 0.75 SSP 183 S H H 0.85 SSP 184 Y H H 0.88 SSP 185 S H H 0.91 SSP 186 P H H 0.81 SSP 187 A H H 0.69 SSP 188 L H H 0.52 SSP 189 T C H 0.11 SSP 190 D C C 0.04 SSP 191 F E E 0.34 SSP 192 I E E 0.51 SSP 193 I E E 0.70 SSP 194 M E E 0.56 SSP 195 T E E 0.11 SSP 196 K C C 0.55 SSP 197 K C C 0.95 SSP 198 A C C 0.57 SSP 199 H E E 0.85 SSP 200 M E E 0.99 SSP 201 F E E 0.98 SSP 202 I C E 0.89 SSP 203 T C E 0.29 SSP 204 G C C 0.59 SSP 205 P H H 0.32 SSP 206 Q H H 0.91 SSP 207 V H H 0.98 SSP 208 I H H 0.98 SSP 209 K H H 0.94 SSP 210 S H H 0.86 SSP 211 V H H 0.77 SSP 212 T H H 0.40 SSP 213 G C C 0.23 SSP 214 E C C 0.58 SSP 215 D C C 0.63 SSP 216 V C C 0.73 SSP 217 T C C 0.53 SSP 218 A H H 0.30 SSP 219 D H H 0.49 SSP 220 E H H 0.61 SSP 221 L H H 0.34 SSP 222 G H C 0.20 SSP 223 G E C 0.63 SSP 224 A H C 0.46 SSP 225 E H E 0.09 SSP 226 A H E 0.30 SSP 227 H H E 0.41 SSP 228 M H E 0.08 SSP 229 A H C 0.36 SSP 230 I C C 0.45 SSP 231 S C C 0.58 SSP 232 G C C 0.34 SSP 233 N C C 0.18 SSP 234 I C C 0.01 SSP 235 H C C 0.00 SSP 236 F E E 0.09 SSP 237 V E E 0.03 SSP 238 A E C 0.17 SSP 239 E C C 0.71 SSP 240 D C C 0.58 SSP 241 D H H 0.83 SSP 242 D H H 0.89 SSP 243 A H H 0.92 SSP 244 A H H 1.00 SSP 245 E H H 1.00 SSP 246 L H H 1.00 SSP 247 I H H 0.99 SSP 248 A H H 1.00 SSP 249 K H H 1.00 SSP 250 K H H 1.00 SSP 251 L H H 0.98 SSP 252 L H H 0.85 SSP 253 S H H 0.72 SSP 254 F C H 0.49 SSP 255 L C H 0.02 SSP 256 P C C 0.29 SSP 257 Q C C 0.54 SSP 258 N C C 0.66 SSP 259 N C C 0.76 SSP 260 T C C 0.85 SSP 261 E C C 0.81 SSP 262 E C C 0.81 SSP 263 A C C 0.81 SSP 264 S C C 0.78 SSP 265 F C C 0.71 SSP 266 V C C 0.73 SSP 267 N C C 0.68 SSP 268 P C C 0.63 SSP 269 N C C 0.56 SSP 270 N C C 0.47 SSP 271 D C C 0.50 SSP 272 V C C 0.48 SSP 273 S C C 0.47 SSP 274 P C C 0.19 SSP 275 N C H 0.04 SSP 276 T C H 0.33 SSP 277 E C H 0.45 SSP 278 L H H 0.64 SSP 279 R H H 0.54 SSP 280 D H H 0.33 SSP 281 I H C 0.11 SSP 282 V C C 0.48 SSP 283 P C C 0.58 SSP 284 I C C 0.62 SSP 285 D C C 0.68 SSP 286 G C C 0.75 SSP 287 K C C 0.70 SSP 288 K C C 0.64 SSP 289 G C C 0.65 SSP 290 Y C C 0.66 SSP 291 D C C 0.66 SSP 292 V C H 0.66 SSP 293 R H H 0.86 SSP 294 D H H 0.94 SSP 295 V H H 0.98 SSP 296 I H H 0.97 SSP 297 A H H 0.95 SSP 298 K H H 0.81 SSP 299 I H H 0.67 SSP 300 V C H 0.35 SSP 301 D H C 0.25 SSP 302 W H C 0.54 SSP 303 G H C 0.09 SSP 304 D C H 0.22 SSP 305 Y E H 0.20 SSP 306 L E H 0.26 SSP 307 E E H 0.33 SSP 308 V E H 0.40 SSP 309 K C H 0.37 SSP 310 A C H 0.20 SSP 311 G C C 0.03 SSP 312 Y C C 0.10 SSP 313 A C C 0.03 SSP 314 T C C 0.04 SSP 315 N C H 0.30 SSP 316 L E H 0.62 SSP 317 V E H 0.75 SSP 318 T E H 0.73 SSP 319 A E H 0.66 SSP 320 F E H 0.50 SSP 321 A E H 0.26 SSP 322 R E H 0.01 SSP 323 V E C 0.17 SSP 324 N C C 0.91 SSP 325 G C C 0.98 SSP 326 R E C 0.14 SSP 327 S E E 0.62 SSP 328 V E E 0.92 SSP 329 G E E 1.00 SSP 330 I E E 0.98 SSP 331 V E E 0.96 SSP 332 A E E 0.69 SSP 333 N E E 0.02 SSP 334 Q C C 0.38 SSP 335 P C C 0.47 SSP 336 S C C 0.50 SSP 337 V C C 0.48 SSP 338 M H C 0.34 SSP 339 S H C 0.51 SSP 340 G H C 0.60 SSP 341 C C C 0.69 SSP 342 L E C 0.72 SSP 343 D C C 0.89 SSP 344 I H H 0.75 SSP 345 N H H 0.89 SSP 346 A H H 0.94 SSP 347 S H H 0.99 SSP 348 D H H 1.00 SSP 349 K H H 1.00 SSP 350 A H H 1.00 SSP 351 A H H 1.00 SSP 352 E H H 1.00 SSP 353 F H H 1.00 SSP 354 V H H 1.00 SSP 355 N H H 1.00 SSP 356 F H H 1.00 SSP 357 C H H 0.99 SSP 358 D H H 0.95 SSP 359 S H H 0.82 SSP 360 F C C 0.10 SSP 361 N C C 0.92 SSP 362 I C C 0.97 SSP 363 P C C 0.58 SSP 364 L E E 0.82 SSP 365 V E E 0.99 SSP 366 Q E E 0.98 SSP 367 L E E 0.97 SSP 368 V E E 0.75 SSP 369 D E E 0.34 SSP 370 V E C 0.30 SSP 371 P C C 0.66 SSP 372 G C C 0.75 SSP 373 F E C 0.73 SSP 374 L C C 0.78 SSP 375 P C C 0.80 SSP 376 G C C 0.65 SSP 377 V H H 0.54 SSP 378 Q H H 0.69 SSP 379 Q H H 0.81 SSP 380 E H H 0.79 SSP 381 Y H H 0.74 SSP 382 G C H 0.69 SSP 383 G C H 0.76 SSP 384 I H H 0.90 SSP 385 I H H 0.96 SSP 386 R H H 1.00 SSP 387 H H H 1.00 SSP 388 G H H 0.99 SSP 389 A H H 1.00 SSP 390 K H H 0.99 SSP 391 M H H 0.99 SSP 392 L H H 0.98 SSP 393 Y H H 0.99 SSP 394 A H H 1.00 SSP 395 Y H H 0.98 SSP 396 S H H 0.91 SSP 397 E H H 0.68 SSP 398 A C C 0.49 SSP 399 T C C 0.97 SSP 400 V C C 0.95 SSP 401 P C C 0.73 SSP 402 K E E 0.78 SSP 403 I E E 0.98 SSP 404 T E E 0.98 SSP 405 V E E 0.96 SSP 406 V E E 0.85 SSP 407 L E E 0.52 SSP 408 R E C 0.34 SSP 409 K E C 0.72 SSP 410 A E C 0.72 SSP 411 Y E C 0.79 SSP 412 G H C 0.80 SSP 413 G H C 0.64 SSP 414 S H C 0.34 SSP 415 Y H E 0.11 SSP 416 L H E 0.06 SSP 417 A C E 0.10 SSP 418 M C E 0.01 SSP 419 C C C 0.17 SSP 420 N C C 0.23 SSP 421 R H C 0.30 SSP 422 D H C 0.47 SSP 423 L H C 0.72 SSP 424 G C C 0.81 SSP 425 A C C 0.72 SSP 426 D C C 0.51 SSP 427 A E E 0.39 SSP 428 V E E 0.83 SSP 429 Y E E 0.89 SSP 430 A E E 0.74 SSP 431 W C E 0.09 SSP 432 P C C 0.49 SSP 433 S C C 0.84 SSP 434 A C C 0.60 SSP 435 E E E 0.72 SSP 436 I E E 0.94 SSP 437 A E E 0.93 SSP 438 V C E 0.75 SSP 439 M C E 0.23 SSP 440 G C C 0.74 SSP 441 A H C 0.49 SSP 442 E H H 0.09 SSP 443 G H H 0.34 SSP 444 A H H 0.36 SSP 445 A H H 0.35 SSP 446 N H H 0.45 SSP 447 V H H 0.57 SSP 448 I H H 0.58 SSP 449 F C H 0.52 SSP 450 R H H 0.43 SSP 451 K H H 0.48 SSP 452 E H H 0.61 SSP 453 I H H 0.46 SSP 454 K H H 0.12 SSP 455 A C H 0.07 SSP 456 A C C 0.05 SSP 457 D C C 0.05 SSP 458 D C H 0.18 SSP 459 P H H 0.67 SSP 460 D H H 0.87 SSP 461 A H H 0.97 SSP 462 M H H 0.94 SSP 463 R H H 0.86 SSP 464 A H H 0.86 SSP 465 E H H 0.87 SSP 466 K H H 0.86 SSP 467 I H H 0.90 SSP 468 E H H 0.88 SSP 469 E H H 0.86 SSP 470 Y H H 0.88 SSP 471 Q H H 0.91 SSP 472 N H H 0.71 SSP 473 A H H 0.41 SSP 474 F H C 0.09 SSP 475 N C C 0.58 SSP 476 T C C 0.83 SSP 477 P H C 0.61 SSP 478 Y H C 0.22 SSP 479 V H H 0.03 SSP 480 A H H 0.26 SSP 481 A H H 0.30 SSP 482 A H H 0.32 SSP 483 R C H 0.26 SSP 484 G C H 0.01 SSP 485 Q C E 0.11 SSP 486 V C E 0.19 SSP 487 D C E 0.29 SSP 488 D E E 0.23 SSP 489 V E E 0.05 SSP 490 I C C 0.23 SSP 491 D C C 0.78 SSP 492 P H H 0.62 SSP 493 A H H 0.83 SSP 494 D H H 0.92 SSP 495 T H H 0.97 SSP 496 R H H 0.99 SSP 497 R H H 0.99 SSP 498 K H H 0.99 SSP 499 I H H 1.00 SSP 500 A H H 1.00 SSP 501 S H H 1.00 SSP 502 A H H 1.00 SSP 503 L H H 1.00 SSP 504 E H H 0.99 SSP 505 M H H 0.96 SSP 506 Y H H 0.90 SSP 507 A H H 0.69 SSP 508 T H H 0.21 SSP 509 K C C 0.20 SSP 510 R C C 0.40 SSP 511 Q C C 0.73 SSP 512 T C C 0.84 SSP 513 R C C 0.86 SSP 514 P C C 0.85 SSP 515 A C C 0.70 SSP 516 K C C 0.28 SSP 517 K C C 0.07 SSP 518 H C C 0.11 SSP 519 G C C 0.49 SSP 520 N C C 0.32 SSP 521 F C C 0.37 SSP 522 P C C 0.53 SSP 523 C C C 0.84 NP - Number of predicted residues PP - Percent of predicted residues Q3 - Residues predicted correctly (H, E, C) Qhelix - Residues predicted correctly (HELIX) Qstrand - Residues predicted correctly (STRAND) Qcoil - Residues predicted correctly (COIL) SOV - Segment overlap quantity Q3 Qhelix Qstrand Qcoil PP Qindex 75.8 83.5 64.9 72.1 99.4 ALL HELIX STRAND COIL PP SOV observed 78.3 84.0 74.2 73.6 99.4 Considered Percent predicted Percent predicted segments correctly as wrong type SEG 42 76.2 14.3 Number of wrong Number of wrong breaks joins B/J 0 2 CONFIDENCE (P) Average NP PP/BIN Q3 BIN 0.00 - 0.10 0.06 40 7.7 45.0 BIN 0.10 - 0.20 0.16 30 5.8 33.3 BIN 0.20 - 0.30 0.26 37 7.2 43.2 BIN 0.30 - 0.40 0.35 32 6.2 59.4 BIN 0.40 - 0.50 0.46 37 7.2 70.3 BIN 0.50 - 0.60 0.55 42 8.1 73.8 BIN 0.60 - 0.70 0.66 51 9.9 80.4 BIN 0.70 - 0.80 0.75 58 11.2 74.1 BIN 0.80 - 0.90 0.85 57 11.0 96.5 BIN 0.90 - 1.00 0.97 133 25.7 100.0 BIN 0.00 - 1.00 0.63 517 100.0 75.8 END of the results output