PFRMAT RR TARGET T0291 REMARK No remarks METHOD Contact pairs of residues are predicted by a fully METHOD automated server using a trained Neural Network. METHOD The principle component of the encoding for the METHOD input to the network is pairs of "windows" of METHOD correlations, generated from a multiple sequence METHOD alignment, centered on the residue pair of interest. METHOD Inputs for predicted secondary structure, residue class, METHOD a residue "affinity" score, sequence length and METHOD residue separation are also included. METHOD Details of the method may be found in: METHOD "Protein contact prediction using patterns of correlation". METHOD N. Hamilton, K. Burrage, M. Ragan and T. Huber METHOD Proteins:Structure, Function and Bioinformatics. 56 (4), 2004, 679-684 METHOD ------------- MODEL 1 TYVDPHTYEDPTQAVHEFAKELDATNISID KVVGAGEFGEVCSGRLKLPSKKEISVAIKT LKVGYTEKQRRDFLGEASIMGQFDHPNIIR LEGVVTKSKPVMIVTEYMENGSLDSFLRKH DAQFTVIQLVGMLRGIASGMKYLSDMGYVH RDLAARNILINSNLVCKVSDFGLGRVLEDD PEAAYTTRGGKIPIRWTSPEAIAYRKFTSA SDVWSYGIVLWEVMSYGERPYWEMSNQDVI KAVDEGYRLPPPMDCPAALYQLMLDCWQKD RNNRPKFEQIVSILDKLIRNPGSLKIITSA AARPSNLLLD 33 46 0 8 0.51 94 103 0 8 0.43 33 102 0 8 0.42 33 42 0 8 0.42 91 103 0 8 0.39 96 104 0 8 0.39 58 88 0 8 0.38 32 42 0 8 0.38 95 103 0 8 0.37 95 104 0 8 0.37 89 102 0 8 0.37 95 102 0 8 0.36 90 96 0 8 0.36 91 102 0 8 0.35 96 102 0 8 0.35 32 43 0 8 0.34 32 102 0 8 0.33 88 102 0 8 0.32 46 102 0 8 0.31 33 44 0 8 0.31 93 103 0 8 0.30 89 97 0 8 0.30 94 148 0 8 0.29 55 91 0 8 0.29 33 91 0 8 0.29 32 46 0 8 0.29 47 87 0 8 0.28 55 66 0 8 0.28 30 39 0 8 0.28 54 91 0 8 0.28 35 40 0 8 0.28 91 104 0 8 0.28 44 94 0 8 0.28 94 102 0 8 0.27 33 45 0 8 0.27 108 117 0 8 0.27 58 102 0 8 0.27 93 102 0 8 0.26 164 207 0 8 0.26 88 93 0 8 0.26 88 94 0 8 0.25 57 89 0 8 0.25 189 206 0 8 0.24 46 92 0 8 0.24 89 94 0 8 0.24 47 52 0 8 0.24 58 89 0 8 0.24 27 39 0 8 0.24 46 93 0 8 0.23 88 97 0 8 0.23 124 129 0 8 0.23 288 300 0 8 0.23 56 89 0 8 0.23 89 105 0 8 0.23 108 113 0 8 0.23 33 40 0 8 0.23 28 39 0 8 0.23 54 93 0 8 0.23 187 208 0 8 0.22 46 91 0 8 0.22 41 59 0 8 0.22 177 189 0 8 0.22 56 88 0 8 0.22 48 65 0 8 0.22 29 35 0 8 0.22 32 88 0 8 0.22 94 132 0 8 0.22 29 39 0 8 0.21 44 91 0 8 0.21 29 42 0 8 0.21 33 41 0 8 0.21 42 102 0 8 0.21 44 93 0 8 0.21 116 122 0 8 0.21 47 88 0 8 0.21 91 149 0 8 0.21 44 95 0 8 0.21 44 102 0 8 0.21 28 35 0 8 0.21 46 95 0 8 0.20 96 101 0 8 0.20 35 44 0 8 0.20 55 82 0 8 0.20 41 104 0 8 0.20 101 149 0 8 0.20 93 104 0 8 0.20 55 86 0 8 0.20 39 44 0 8 0.20 34 42 0 8 0.20 47 89 0 8 0.19 54 96 0 8 0.19 56 91 0 8 0.19 32 45 0 8 0.19 48 66 0 8 0.19 34 44 0 8 0.19 85 93 0 8 0.19 31 40 0 8 0.19 54 65 0 8 0.19 44 54 0 8 0.18 30 94 0 8 0.18 124 131 0 8 0.18 58 96 0 8 0.18 46 87 0 8 0.18 41 58 0 8 0.18 41 56 0 8 0.18 53 90 0 8 0.18 53 88 0 8 0.18 42 95 0 8 0.18 6 19 0 8 0.18 149 164 0 8 0.18 32 54 0 8 0.18 94 117 0 8 0.18 235 250 0 8 0.18 33 88 0 8 0.17 107 112 0 8 0.17 33 43 0 8 0.17 29 40 0 8 0.17 94 101 0 8 0.17 33 39 0 8 0.17 102 149 0 8 0.17 48 124 0 8 0.17 30 41 0 8 0.17 103 149 0 8 0.17 93 124 0 8 0.17 48 88 0 8 0.17 170 193 0 8 0.17 32 58 0 8 0.17 243 250 0 8 0.17 95 101 0 8 0.17 93 101 0 8 0.17 29 95 0 8 0.17 110 131 0 8 0.17 46 89 0 8 0.16 32 41 0 8 0.16 189 207 0 8 0.16 27 36 0 8 0.16 52 87 0 8 0.16 32 93 0 8 0.16 57 88 0 8 0.16 41 60 0 8 0.16 53 87 0 8 0.16 30 42 0 8 0.16 30 38 0 8 0.16 95 116 0 8 0.16 28 38 0 8 0.16 48 87 0 8 0.16 178 190 0 8 0.16 130 140 0 8 0.16 50 64 0 8 0.16 88 150 0 8 0.16 98 144 0 8 0.16 89 96 0 8 0.16 102 113 0 8 0.16 52 65 0 8 0.16 56 61 0 8 0.16 88 103 0 8 0.16 54 66 0 8 0.15 48 81 0 8 0.15 41 101 0 8 0.15 31 39 0 8 0.15 91 101 0 8 0.15 41 94 0 8 0.15 88 219 0 8 0.15 55 64 0 8 0.15 96 149 0 8 0.15 42 92 0 8 0.15 34 41 0 8 0.15 89 113 0 8 0.15 95 149 0 8 0.15 88 96 0 8 0.15 47 92 0 8 0.15 93 108 0 8 0.15 93 149 0 8 0.15 89 149 0 8 0.15 48 101 0 8 0.15 31 47 0 8 0.15 95 105 0 8 0.15 234 250 0 8 0.15 64 148 0 8 0.15 93 107 0 8 0.15 46 58 0 8 0.15 44 96 0 8 0.15 83 108 0 8 0.15 136 189 0 8 0.15 34 39 0 8 0.15 122 127 0 8 0.15 90 102 0 8 0.15 41 95 0 8 0.15 56 90 0 8 0.15 43 94 0 8 0.14 249 274 0 8 0.14 40 95 0 8 0.14 34 45 0 8 0.14 34 46 0 8 0.14 44 90 0 8 0.14 94 105 0 8 0.14 48 64 0 8 0.14 102 209 0 8 0.14 49 66 0 8 0.14 56 79 0 8 0.14 50 120 0 8 0.14 92 104 0 8 0.14 60 94 0 8 0.14 102 186 0 8 0.14 83 113 0 8 0.14 42 88 0 8 0.14 43 60 0 8 0.14 93 110 0 8 0.14 73 94 0 8 0.14 46 88 0 8 0.14 45 56 0 8 0.14 84 89 0 8 0.14 54 88 0 8 0.14 30 45 0 8 0.14 149 186 0 8 0.14 42 104 0 8 0.14 46 57 0 8 0.14 90 103 0 8 0.14 49 124 0 8 0.14 44 58 0 8 0.14 46 65 0 8 0.14 136 148 0 8 0.14 91 96 0 8 0.14 59 72 0 8 0.14 108 114 0 8 0.14 48 134 0 8 0.14 103 129 0 8 0.14 45 88 0 8 0.14 40 59 0 8 0.14 47 93 0 8 0.14 32 40 0 8 0.14 27 32 0 8 0.14 48 67 0 8 0.14 102 185 0 8 0.13 83 93 0 8 0.13 122 164 0 8 0.13 122 147 0 8 0.13 47 55 0 8 0.13 92 187 0 8 0.13 97 104 0 8 0.13 39 46 0 8 0.13 171 193 0 8 0.13 97 103 0 8 0.13 104 136 0 8 0.13 177 207 0 8 0.13 23 35 0 8 0.13 94 108 0 8 0.13 56 94 0 8 0.13 291 299 0 8 0.13 126 132 0 8 0.13 41 103 0 8 0.13 28 36 0 8 0.13 135 148 0 8 0.13 250 256 0 8 0.13 31 38 0 8 0.13 44 184 0 8 0.13 32 91 0 8 0.13 28 40 0 8 0.13 90 100 0 8 0.13 90 101 0 8 0.13 60 148 0 8 0.13 233 249 0 8 0.13 74 80 0 8 0.13 91 97 0 8 0.13 94 122 0 8 0.13 240 255 0 8 0.13 248 275 0 8 0.13 43 92 0 8 0.13 105 111 0 8 0.13 292 299 0 8 0.13 48 97 0 8 0.13 108 147 0 8 0.13 50 66 0 8 0.13 55 92 0 8 0.13 31 92 0 8 0.13 54 125 0 8 0.13 43 96 0 8 0.13 136 143 0 8 0.13 27 33 0 8 0.13 107 149 0 8 0.13 140 149 0 8 0.13 250 294 0 8 0.13 88 133 0 8 0.13 102 124 0 8 0.12 201 235 0 8 0.12 53 65 0 8 0.12 95 148 0 8 0.12 41 57 0 8 0.12 177 190 0 8 0.12 48 55 0 8 0.12 31 55 0 8 0.12 55 90 0 8 0.12 250 257 0 8 0.12 41 92 0 8 0.12 47 182 0 8 0.12 54 90 0 8 0.12 18 36 0 8 0.12 30 43 0 8 0.12 29 56 0 8 0.12 178 207 0 8 0.12 106 112 0 8 0.12 51 67 0 8 0.12 107 128 0 8 0.12 103 132 0 8 0.12 92 109 0 8 0.12 149 187 0 8 0.12 29 102 0 8 0.12 93 134 0 8 0.12 116 136 0 8 0.12 81 190 0 8 0.12 END