PFRMAT DP TARGET T0320 METHOD HHpred3 (http://hhpred.tuebingen.mpg.de) METHOD Homology-based domain prediction by HMM-HMM comparison and transitive METHOD profile search. METHOD The target is compared with SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop) METHOD and Pfam (http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/) using HHsearch. METHOD If no match with probability >=90% is found, our intermediate profile METHOD search routine HHsenser is employed on the target to boost its METHOD alignment with remote homologs. METHOD ------------- MODEL 1 PARENT d1sur__ 1 M - 0.00 2 Q 1 0.05 3 L 1 0.16 4 S 1 0.26 5 K 1 0.37 6 A 1 0.47 7 A 1 0.58 8 E 1 0.68 9 M 1 0.79 10 C 1 0.89 11 Y 1 1.00 12 E 1 1.00 13 I 1 1.00 14 T 1 1.00 15 N 1 1.00 16 S 1 1.00 17 Y 1 1.00 18 L 1 1.00 19 H 1 1.00 20 I 1 1.00 21 D 1 1.00 22 Q 1 1.00 23 K 1 1.00 24 S 1 1.00 25 Q 1 1.00 26 I 1 1.00 27 I 1 1.00 28 A 1 1.00 29 S 1 1.00 30 T 1 1.00 31 Q 1 1.00 32 E 1 1.00 33 A 1 1.00 34 I 1 1.00 35 R 1 1.00 36 L 1 1.00 37 T 1 1.00 38 R 1 1.00 39 K 1 1.00 40 Y 1 1.00 41 L 1 1.00 42 L 1 1.00 43 S 1 1.00 44 E 1 1.00 45 I 1 1.00 46 F 1 1.00 47 V 1 1.00 48 R 1 1.00 49 W 1 1.00 50 S 1 1.00 51 P 1 1.00 52 L 1 1.00 53 N 1 1.00 54 G 1 1.00 55 E 1 1.00 56 I 1 1.00 57 S 1 1.00 58 F 1 1.00 59 S 1 1.00 60 Y 1 1.00 61 N 1 1.00 62 G 1 1.00 63 G 1 1.00 64 K 1 1.00 65 D 1 1.00 66 C 1 1.00 67 Q 1 1.00 68 V 1 1.00 69 L 1 1.00 70 L 1 1.00 71 L 1 1.00 72 L 1 1.00 73 Y 1 1.00 74 L 1 1.00 75 S 1 1.00 76 C 1 1.00 77 L 1 1.00 78 W 1 1.00 79 E 1 1.00 80 Y 1 1.00 81 F 1 1.00 82 F 1 1.00 83 I 1 1.00 84 K 1 1.00 85 A 1 1.00 86 Q 1 1.00 87 N 1 1.00 88 S 1 1.00 89 Q 1 1.00 90 F 1 1.00 91 D 1 1.00 92 F 1 1.00 93 E 1 1.00 94 F 1 1.00 95 Q 1 1.00 96 S 1 1.00 97 F 1 1.00 98 P 1 1.00 99 M 1 1.00 100 Q 1 1.00 101 R 1 1.00 102 L 1 1.00 103 P 1 1.00 104 T 1 1.00 105 V 1 1.00 106 F 1 1.00 107 I 1 1.00 108 D 1 1.00 109 Q 1 1.00 110 E 1 1.00 111 E 1 1.00 112 T 1 1.00 113 F 1 1.00 114 P 1 1.00 115 T 1 1.00 116 L 1 1.00 117 E 1 1.00 118 N 1 1.00 119 F 1 1.00 120 V 1 1.00 121 L 1 1.00 122 E 1 1.00 123 T 1 1.00 124 S 1 1.00 125 E 1 1.00 126 R 1 1.00 127 Y 1 1.00 128 C 1 1.00 129 L 1 1.00 130 S 1 1.00 131 L 1 1.00 132 Y 1 1.00 133 E 1 1.00 134 S 1 1.00 135 Q 1 1.00 136 R 1 1.00 137 Q 1 1.00 138 S 1 1.00 139 G 1 1.00 140 A 1 1.00 141 S 1 1.00 142 V 1 1.00 143 N 1 1.00 144 M 1 1.00 145 A 1 1.00 146 D 1 1.00 147 A 1 1.00 148 F 1 1.00 149 R 1 1.00 150 D 1 1.00 151 F 1 1.00 152 I 1 1.00 153 K 1 1.00 154 I 1 1.00 155 Y 1 1.00 156 P 1 1.00 157 E 1 1.00 158 T 1 1.00 159 E 1 1.00 160 A 1 1.00 161 I 1 1.00 162 V 1 1.00 163 I 1 1.00 164 G 1 1.00 165 I 1 1.00 166 R 1 1.00 167 H 1 1.00 168 T 1 1.00 169 D 1 1.00 170 P 1 1.00 171 F 1 1.00 172 G 1 1.00 173 E 1 1.00 174 A 1 1.00 175 L 1 1.00 176 K 1 1.00 177 P 1 1.00 178 I 1 1.00 179 Q 1 1.00 180 R 1 1.00 181 T 1 1.00 182 D 1 1.00 183 S 1 1.00 184 N 1 1.00 185 W 1 1.00 186 P 1 1.00 187 D 1 1.00 188 F 1 1.00 189 M 1 1.00 190 R 1 1.00 191 L 1 1.00 192 Q 1 1.00 193 P 1 1.00 194 L 1 1.00 195 L 1 1.00 196 H 1 1.00 197 W 1 1.00 198 D 1 1.00 199 L 1 1.00 200 T 1 1.00 201 N 1 1.00 202 I 1 1.00 203 W 1 1.00 204 S 1 1.00 205 F 1 1.00 206 L 1 1.00 207 L 1 1.00 208 Y 1 1.00 209 S 1 1.00 210 N 1 1.00 211 E 1 1.00 212 P 1 1.00 213 I 1 1.00 214 C 1 1.00 215 G 1 1.00 216 L 1 1.00 217 Y 1 1.00 218 G 1 1.00 219 K 1 1.00 220 G 1 1.00 221 F 1 1.00 222 T 1 1.00 223 S 1 1.00 224 I 1 1.00 225 G 1 1.00 226 G 1 1.00 227 I 1 1.00 228 N 1 1.00 229 N - 0.00 230 S - 0.00 231 L - 0.00 232 P - 0.00 233 N - 0.00 234 P - 0.00 235 H - 0.00 236 L - 0.00 237 R - 0.00 238 K - 0.00 239 D - 0.00 240 S - 0.00 241 N - 0.00 242 N - 0.00 243 P - 0.00 244 A - 0.00 245 L - 0.00 246 H - 0.00 247 F - 0.00 248 E - 0.00 249 W - 0.00 250 E - 0.00 251 I - 0.00 252 I - 0.00 253 H - 0.00 254 A - 0.00 255 F - 0.00 256 G - 0.00 257 K - 0.00 258 D - 0.00 259 A - 0.00 260 E - 0.00 261 G - 0.00 262 E - 0.00 263 R - 0.00 264 S - 0.00 265 S - 0.00 266 A - 0.00 267 I - 0.00 268 N - 0.00 269 T - 0.00 270 S - 0.00 271 P - 0.00 272 I - 0.00 273 S - 0.00 274 V - 0.00 275 V - 0.00 276 D - 0.00 277 K - 0.00 278 E - 0.00 279 R - 0.00 280 F - 0.00 281 S - 0.00 282 K - 0.00 283 Y - 0.00 284 H - 0.00 285 D - 0.00 286 N - 0.00 287 Y - 0.00 288 Y - 0.00 289 P - 0.00 290 G - 0.00 291 W - 0.00 292 Y - 0.00 293 L - 0.00 294 V - 0.00 295 D - 0.00 296 D - 0.00 297 T - 0.00 298 L - 0.00 299 E - 0.00 300 R - 0.00 301 A - 0.00 302 G - 0.00 303 R - 0.00 304 I - 0.00 305 K - 0.00 306 N - 0.00 END