PFRMAT RR TARGET T0320 REMARK No remarks METHOD Contact pairs of residues are predicted by a fully METHOD automated server using a trained Neural Network. METHOD The principle component of the encoding for the METHOD input to the network is pairs of "windows" of METHOD correlations, generated from a multiple sequence METHOD alignment, centered on the residue pair of interest. METHOD Inputs for predicted secondary structure, residue class, METHOD a residue "affinity" score, sequence length and METHOD residue separation are also included. METHOD Details of the method may be found in: METHOD "Protein contact prediction using patterns of correlation". METHOD N. Hamilton, K. Burrage, M. Ragan and T. Huber METHOD Proteins:Structure, Function and Bioinformatics. 56 (4), 2004, 679-684 METHOD ------------- MODEL 1 MQLSKAAEMCYEITNSYLHIDQKSQIIAST QEAIRLTRKYLLSEIFVRWSPLNGEISFSY NGGKDCQVLLLLYLSCLWEYFFIKAQNSQF DFEFQSFPMQRLPTVFIDQEETFPTLENFV LETSERYCLSLYESQRQSGASVNMADAFRD FIKIYPETEAIVIGIRHTDPFGEALKPIQR TDSNWPDFMRLQPLLHWDLTNIWSFLLYSN EPICGLYGKGFTSIGGINNSLPNPHLRKDS NNPALHFEWEIIHAFGKDAEGERSSAINTS PISVVDKERFSKYHDNYYPGWYLVDDTLER AGRIKN 107 163 0 8 0.369 105 131 0 8 0.366 132 164 0 8 0.365 105 165 0 8 0.359 163 191 0 8 0.354 106 164 0 8 0.346 106 132 0 8 0.345 105 163 0 8 0.338 131 164 0 8 0.321 105 161 0 8 0.321 105 133 0 8 0.321 107 132 0 8 0.320 105 132 0 8 0.315 104 131 0 8 0.314 106 163 0 8 0.309 104 133 0 8 0.307 131 163 0 8 0.303 107 191 0 8 0.300 106 162 0 8 0.299 107 164 0 8 0.299 162 178 0 8 0.295 131 165 0 8 0.293 133 163 0 8 0.282 163 189 0 8 0.267 105 162 0 8 0.267 103 163 0 8 0.264 178 190 0 8 0.262 160 177 0 8 0.260 162 177 0 8 0.259 214 221 0 8 0.257 162 189 0 8 0.255 166 176 0 8 0.248 132 165 0 8 0.248 133 164 0 8 0.246 164 189 0 8 0.241 165 177 0 8 0.240 134 162 0 8 0.233 106 165 0 8 0.232 161 189 0 8 0.231 161 191 0 8 0.230 60 76 0 8 0.229 106 133 0 8 0.226 214 226 0 8 0.226 107 161 0 8 0.225 164 188 0 8 0.224 104 164 0 8 0.219 240 255 0 8 0.218 47 54 0 8 0.217 106 113 0 8 0.217 107 130 0 8 0.215 105 164 0 8 0.214 106 131 0 8 0.212 107 189 0 8 0.212 216 224 0 8 0.211 131 160 0 8 0.208 163 177 0 8 0.207 107 162 0 8 0.207 104 162 0 8 0.202 162 188 0 8 0.201 132 162 0 8 0.200 104 161 0 8 0.200 104 134 0 8 0.200 163 192 0 8 0.199 106 192 0 8 0.196 240 249 0 8 0.193 131 161 0 8 0.192 249 257 0 8 0.191 177 189 0 8 0.190 107 131 0 8 0.190 42 54 0 8 0.188 165 191 0 8 0.184 55 64 0 8 0.182 178 188 0 8 0.180 162 191 0 8 0.180 166 174 0 8 0.179 165 176 0 8 0.178 106 191 0 8 0.178 160 165 0 8 0.178 107 190 0 8 0.178 164 177 0 8 0.177 164 191 0 8 0.177 164 178 0 8 0.176 105 134 0 8 0.172 194 205 0 8 0.172 178 191 0 8 0.171 132 163 0 8 0.170 165 190 0 8 0.168 240 256 0 8 0.167 245 251 0 8 0.166 232 238 0 8 0.166 104 109 0 8 0.165 104 132 0 8 0.165 134 164 0 8 0.163 164 190 0 8 0.163 197 205 0 8 0.162 108 176 0 8 0.162 214 229 0 8 0.160 109 139 0 8 0.160 104 160 0 8 0.158 55 62 0 8 0.158 56 61 0 8 0.157 108 164 0 8 0.157 135 163 0 8 0.156 105 160 0 8 0.156 161 177 0 8 0.156 160 190 0 8 0.155 133 161 0 8 0.154 163 176 0 8 0.153 230 245 0 8 0.152 103 131 0 8 0.152 161 166 0 8 0.151 56 68 0 8 0.151 214 224 0 8 0.151 106 190 0 8 0.150 105 191 0 8 0.150 163 188 0 8 0.149 177 191 0 8 0.149 241 248 0 8 0.149 106 161 0 8 0.147 221 230 0 8 0.147 228 247 0 8 0.146 161 178 0 8 0.145 220 231 0 8 0.145 106 160 0 8 0.145 56 69 0 8 0.144 160 178 0 8 0.143 161 188 0 8 0.143 105 130 0 8 0.143 104 130 0 8 0.143 131 162 0 8 0.143 240 245 0 8 0.142 58 163 0 8 0.142 165 188 0 8 0.142 60 65 0 8 0.141 162 176 0 8 0.141 245 255 0 8 0.141 222 231 0 8 0.141 214 225 0 8 0.140 162 192 0 8 0.139 245 254 0 8 0.138 61 66 0 8 0.138 213 221 0 8 0.137 239 254 0 8 0.135 154 227 0 8 0.135 47 68 0 8 0.135 66 76 0 8 0.134 171 177 0 8 0.133 177 190 0 8 0.132 108 163 0 8 0.132 103 162 0 8 0.132 49 68 0 8 0.132 166 177 0 8 0.131 246 255 0 8 0.131 165 170 0 8 0.130 109 134 0 8 0.130 130 164 0 8 0.129 160 188 0 8 0.129 166 175 0 8 0.128 239 253 0 8 0.128 61 68 0 8 0.128 134 163 0 8 0.128 221 226 0 8 0.128 166 178 0 8 0.128 229 247 0 8 0.127 221 228 0 8 0.127 224 240 0 8 0.127 247 255 0 8 0.127 47 62 0 8 0.126 103 161 0 8 0.126 162 190 0 8 0.126 249 258 0 8 0.126 56 71 0 8 0.126 179 189 0 8 0.125 249 256 0 8 0.125 241 249 0 8 0.124 241 247 0 8 0.124 58 162 0 8 0.124 164 192 0 8 0.123 231 245 0 8 0.123 244 251 0 8 0.123 133 162 0 8 0.123 60 72 0 8 0.123 107 133 0 8 0.123 231 256 0 8 0.123 240 254 0 8 0.123 106 130 0 8 0.122 224 231 0 8 0.122 176 187 0 8 0.122 231 244 0 8 0.121 103 133 0 8 0.121 58 103 0 8 0.121 170 175 0 8 0.121 60 69 0 8 0.121 240 250 0 8 0.121 222 228 0 8 0.120 58 189 0 8 0.119 244 254 0 8 0.119 241 255 0 8 0.119 58 161 0 8 0.119 154 224 0 8 0.119 172 177 0 8 0.119 242 250 0 8 0.118 239 255 0 8 0.118 252 257 0 8 0.118 179 191 0 8 0.118 240 253 0 8 0.117 107 129 0 8 0.117 240 247 0 8 0.117 244 255 0 8 0.116 106 134 0 8 0.116 109 163 0 8 0.116 105 120 0 8 0.116 72 103 0 8 0.116 140 172 0 8 0.114 49 62 0 8 0.114 242 255 0 8 0.114 245 256 0 8 0.114 55 71 0 8 0.113 165 189 0 8 0.113 56 62 0 8 0.113 106 188 0 8 0.113 191 197 0 8 0.113 165 175 0 8 0.113 154 161 0 8 0.112 49 54 0 8 0.112 177 187 0 8 0.112 238 243 0 8 0.112 229 246 0 8 0.112 193 216 0 8 0.112 45 68 0 8 0.111 59 66 0 8 0.111 172 212 0 8 0.110 60 77 0 8 0.110 108 131 0 8 0.110 109 173 0 8 0.110 224 251 0 8 0.109 58 106 0 8 0.109 241 256 0 8 0.109 109 116 0 8 0.109 61 70 0 8 0.109 239 246 0 8 0.108 159 178 0 8 0.108 131 177 0 8 0.108 163 168 0 8 0.108 131 178 0 8 0.107 228 246 0 8 0.107 161 193 0 8 0.107 45 62 0 8 0.107 58 107 0 8 0.107 46 54 0 8 0.106 163 170 0 8 0.106 213 223 0 8 0.105 216 222 0 8 0.105 133 165 0 8 0.105 163 190 0 8 0.105 248 255 0 8 0.105 106 112 0 8 0.105 131 191 0 8 0.105 248 256 0 8 0.104 205 215 0 8 0.104 135 161 0 8 0.104 238 244 0 8 0.104 58 131 0 8 0.104 108 132 0 8 0.104 61 69 0 8 0.104 132 161 0 8 0.104 224 229 0 8 0.104 243 255 0 8 0.103 228 245 0 8 0.103 66 77 0 8 0.103 179 190 0 8 0.103 242 253 0 8 0.103 239 244 0 8 0.103 224 243 0 8 0.103 246 254 0 8 0.102 194 203 0 8 0.102 177 193 0 8 0.102 179 188 0 8 0.102 165 179 0 8 0.102 214 223 0 8 0.102 105 193 0 8 0.102 238 245 0 8 0.101 169 175 0 8 0.101 45 54 0 8 0.101 162 175 0 8 0.101 242 249 0 8 0.101 179 192 0 8 0.101 59 161 0 8 0.101 163 193 0 8 0.101 223 228 0 8 0.101 241 253 0 8 0.101 116 132 0 8 0.100 229 257 0 8 0.100 169 176 0 8 0.100 164 171 0 8 0.100 55 69 0 8 0.100 239 256 0 8 0.100 116 130 0 8 0.100 42 65 0 8 0.100 243 253 0 8 0.100 161 190 0 8 0.099 108 162 0 8 0.099 105 197 0 8 0.099 251 257 0 8 0.099 47 65 0 8 0.099 134 165 0 8 0.098 END