PFRMAT RR TARGET T0345 REMARK PPhdr from servers@predictioncenter.org REMARK PPhdr resp MAIL REMARK PPhdr orig HTML REMARK PPhdr want unk REMARK REMARK REMARK REMARK Result of ProfCon prediction REMARK ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ REMARK REMARK Marco Punta, Burkhard Rost REMARK "Toward Good 2D Predictions in Proteins", submitted REMARK REMARK ________________________________________________________________________________ REMARK REMARK REMARK REMARK REMARK REMARK Number of predicted pairs is equal to 2*L, L protein length REMARK Reference: Punta and Rost, Bioinformatics. 2005;21(13):2960-8 METHOD Feed Forward Neural Network with Back Propagation METHOD ------------- MODEL 1 MIAKSFYDLSAINLDGEKVDFNTFRGRAVLIENVASLCGT TTRDFTQLNELQCRFPRRLVVLGFPCNQFGHQENCQNEEI LNSLKYVRPGGGYQPTFTLVQKCEVNGQNEHPVFAYLKDK LPYPYDDPFSLMTDPKLIIWSPVRRSDVAWNFEKFLIGPE GEPFRRYSRTFPTINIEPDIKRLLK 31 62 0 8 0.95 105 113 0 8 0.95 30 62 0 8 0.95 52 59 0 8 0.94 87 93 0 8 0.94 157 164 0 8 0.94 84 95 0 8 0.93 51 83 0 8 0.93 30 61 0 8 0.93 31 63 0 8 0.92 156 164 0 8 0.92 118 124 0 8 0.92 31 64 0 8 0.92 157 163 0 8 0.92 66 105 0 8 0.91 11 19 0 8 0.91 84 97 0 8 0.91 12 19 0 8 0.91 31 61 0 8 0.91 105 114 0 8 0.91 12 18 0 8 0.91 11 30 0 8 0.91 84 93 0 8 0.91 105 112 0 8 0.90 30 63 0 8 0.90 55 87 0 8 0.90 29 62 0 8 0.90 52 87 0 8 0.90 29 61 0 8 0.90 105 111 0 8 0.90 48 83 0 8 0.90 118 125 0 8 0.90 51 59 0 8 0.90 35 41 0 8 0.90 9 28 0 8 0.90 9 30 0 8 0.90 66 80 0 8 0.90 51 84 0 8 0.90 84 90 0 8 0.90 21 29 0 8 0.90 59 84 0 8 0.90 86 92 0 8 0.90 30 59 0 8 0.89 12 30 0 8 0.89 6 30 0 8 0.89 87 94 0 8 0.89 7 21 0 8 0.89 155 164 0 8 0.89 65 105 0 8 0.89 35 64 0 8 0.89 52 86 0 8 0.89 55 84 0 8 0.89 32 63 0 8 0.89 21 30 0 8 0.89 64 80 0 8 0.89 83 95 0 8 0.89 21 28 0 8 0.89 87 95 0 8 0.89 30 64 0 8 0.88 83 116 0 8 0.88 55 86 0 8 0.88 38 44 0 8 0.88 38 45 0 8 0.88 9 21 0 8 0.88 30 155 0 8 0.88 35 66 0 8 0.88 27 60 0 8 0.88 86 93 0 8 0.88 11 18 0 8 0.88 106 112 0 8 0.88 29 59 0 8 0.88 80 97 0 8 0.88 32 62 0 8 0.88 30 60 0 8 0.88 9 31 0 8 0.88 30 51 0 8 0.88 52 84 0 8 0.88 28 59 0 8 0.88 83 97 0 8 0.88 12 31 0 8 0.87 29 156 0 8 0.87 103 117 0 8 0.87 35 42 0 8 0.87 30 156 0 8 0.87 11 29 0 8 0.87 103 113 0 8 0.87 11 28 0 8 0.87 62 80 0 8 0.87 29 60 0 8 0.87 52 83 0 8 0.87 156 163 0 8 0.87 6 29 0 8 0.86 62 84 0 8 0.86 32 102 0 8 0.86 8 22 0 8 0.86 34 64 0 8 0.86 56 87 0 8 0.86 83 117 0 8 0.86 8 21 0 8 0.86 35 65 0 8 0.86 153 167 0 8 0.86 47 87 0 8 0.86 9 33 0 8 0.86 61 84 0 8 0.86 64 105 0 8 0.86 74 80 0 8 0.86 9 29 0 8 0.86 66 79 0 8 0.86 62 83 0 8 0.86 31 155 0 8 0.86 28 156 0 8 0.86 52 60 0 8 0.86 87 183 0 8 0.86 31 103 0 8 0.85 11 31 0 8 0.85 117 148 0 8 0.85 86 94 0 8 0.85 38 47 0 8 0.85 52 61 0 8 0.85 9 19 0 8 0.85 64 84 0 8 0.85 86 95 0 8 0.85 62 156 0 8 0.85 34 65 0 8 0.85 35 63 0 8 0.85 31 51 0 8 0.85 10 21 0 8 0.85 31 48 0 8 0.85 30 48 0 8 0.85 88 94 0 8 0.85 11 20 0 8 0.85 84 91 0 8 0.85 61 80 0 8 0.85 11 21 0 8 0.85 6 31 0 8 0.85 118 132 0 8 0.85 66 103 0 8 0.85 32 64 0 8 0.85 118 131 0 8 0.85 80 99 0 8 0.85 9 27 0 8 0.85 152 166 0 8 0.85 84 117 0 8 0.85 9 22 0 8 0.85 117 125 0 8 0.85 83 113 0 8 0.85 51 86 0 8 0.84 62 103 0 8 0.84 117 131 0 8 0.84 9 32 0 8 0.84 51 87 0 8 0.84 6 28 0 8 0.84 104 112 0 8 0.84 7 30 0 8 0.84 9 34 0 8 0.84 155 166 0 8 0.84 103 114 0 8 0.84 13 19 0 8 0.84 66 152 0 8 0.84 11 60 0 8 0.84 64 83 0 8 0.84 48 62 0 8 0.84 11 33 0 8 0.84 63 80 0 8 0.84 121 129 0 8 0.84 48 80 0 8 0.84 10 19 0 8 0.84 56 86 0 8 0.84 65 80 0 8 0.84 48 84 0 8 0.84 107 113 0 8 0.84 35 48 0 8 0.84 30 157 0 8 0.84 35 99 0 8 0.84 30 180 0 8 0.84 117 180 0 8 0.84 29 155 0 8 0.84 87 121 0 8 0.84 37 66 0 8 0.84 148 180 0 8 0.84 51 62 0 8 0.84 86 125 0 8 0.84 118 126 0 8 0.84 73 79 0 8 0.84 51 80 0 8 0.84 12 20 0 8 0.84 34 66 0 8 0.84 12 28 0 8 0.84 84 99 0 8 0.84 12 29 0 8 0.84 64 155 0 8 0.83 87 124 0 8 0.83 38 66 0 8 0.83 152 167 0 8 0.83 86 124 0 8 0.83 65 103 0 8 0.83 48 87 0 8 0.83 154 167 0 8 0.83 153 166 0 8 0.83 80 95 0 8 0.83 64 99 0 8 0.83 31 156 0 8 0.83 9 61 0 8 0.83 35 47 0 8 0.83 100 114 0 8 0.83 55 80 0 8 0.83 6 24 0 8 0.83 31 80 0 8 0.83 84 92 0 8 0.83 9 62 0 8 0.83 86 183 0 8 0.83 32 61 0 8 0.83 52 184 0 8 0.83 31 157 0 8 0.83 67 151 0 8 0.83 103 116 0 8 0.83 59 117 0 8 0.83 116 180 0 8 0.83 9 35 0 8 0.83 66 104 0 8 0.83 11 32 0 8 0.83 117 132 0 8 0.83 87 184 0 8 0.83 9 23 0 8 0.83 155 165 0 8 0.83 30 176 0 8 0.83 84 103 0 8 0.83 12 21 0 8 0.83 33 65 0 8 0.83 33 64 0 8 0.83 84 132 0 8 0.83 33 63 0 8 0.83 66 97 0 8 0.83 97 117 0 8 0.83 156 165 0 8 0.83 31 45 0 8 0.83 117 184 0 8 0.83 66 113 0 8 0.82 52 183 0 8 0.82 65 99 0 8 0.82 55 83 0 8 0.82 87 97 0 8 0.82 87 98 0 8 0.82 35 44 0 8 0.82 52 58 0 8 0.82 28 60 0 8 0.82 6 59 0 8 0.82 106 113 0 8 0.82 125 131 0 8 0.82 9 24 0 8 0.82 157 180 0 8 0.82 64 79 0 8 0.82 10 18 0 8 0.82 11 34 0 8 0.82 45 84 0 8 0.82 30 55 0 8 0.82 21 61 0 8 0.82 89 95 0 8 0.82 69 80 0 8 0.82 18 32 0 8 0.82 66 107 0 8 0.82 61 156 0 8 0.82 31 176 0 8 0.82 164 176 0 8 0.82 40 48 0 8 0.82 151 169 0 8 0.82 19 30 0 8 0.82 83 114 0 8 0.82 29 180 0 8 0.82 84 113 0 8 0.82 54 87 0 8 0.82 80 113 0 8 0.82 33 66 0 8 0.82 80 116 0 8 0.82 64 103 0 8 0.82 155 163 0 8 0.82 103 115 0 8 0.82 167 176 0 8 0.82 62 97 0 8 0.82 27 59 0 8 0.82 117 157 0 8 0.82 80 117 0 8 0.82 28 61 0 8 0.82 30 105 0 8 0.82 7 24 0 8 0.82 62 117 0 8 0.81 63 105 0 8 0.81 10 29 0 8 0.81 123 129 0 8 0.81 87 131 0 8 0.81 87 123 0 8 0.81 105 151 0 8 0.81 66 99 0 8 0.81 10 30 0 8 0.81 51 61 0 8 0.81 84 98 0 8 0.81 157 165 0 8 0.81 7 23 0 8 0.81 51 180 0 8 0.81 167 173 0 8 0.81 22 28 0 8 0.81 6 21 0 8 0.81 104 113 0 8 0.81 59 80 0 8 0.81 65 79 0 8 0.81 42 48 0 8 0.81 158 164 0 8 0.81 10 34 0 8 0.81 34 63 0 8 0.81 3 21 0 8 0.81 121 183 0 8 0.81 21 27 0 8 0.81 65 97 0 8 0.81 21 31 0 8 0.81 86 131 0 8 0.81 54 86 0 8 0.81 59 87 0 8 0.81 11 24 0 8 0.81 83 93 0 8 0.81 84 121 0 8 0.81 62 157 0 8 0.81 12 32 0 8 0.81 86 121 0 8 0.81 151 167 0 8 0.81 71 79 0 8 0.81 64 98 0 8 0.81 132 138 0 8 0.81 99 117 0 8 0.81 28 62 0 8 0.81 3 60 0 8 0.81 61 157 0 8 0.81 84 100 0 8 0.81 28 180 0 8 0.81 61 117 0 8 0.81 103 111 0 8 0.80 24 55 0 8 0.80 29 58 0 8 0.80 105 116 0 8 0.80 22 29 0 8 0.80 33 101 0 8 0.80 103 112 0 8 0.80 118 183 0 8 0.80 29 55 0 8 0.80 5 29 0 8 0.80 29 51 0 8 0.80 66 83 0 8 0.80 48 64 0 8 0.80 66 84 0 8 0.80 31 180 0 8 0.80 7 29 0 8 0.80 55 61 0 8 0.80 156 162 0 8 0.80 12 33 0 8 0.80 7 35 0 8 0.80 66 106 0 8 0.80 19 32 0 8 0.80 29 48 0 8 0.80 37 45 0 8 0.80 80 93 0 8 0.80 73 80 0 8 0.80 9 20 0 8 0.80 60 156 0 8 0.80 84 184 0 8 0.80 49 87 0 8 0.80 6 33 0 8 0.80 87 129 0 8 0.80 63 97 0 8 0.80 63 98 0 8 0.80 14 30 0 8 0.80 61 155 0 8 0.80 END