

PFRMAT AL
TARGET T0101
AUTHOR 9885-9936-6780
METHOD Smith-Waterman Alignment alignment of secondary structure
METHOD annotated sequence
MODEL 1
PARENT 1rmg
S   29   T   10
S   30   S   11
D   31   A   12
L   32   S   13
T   33   T   14
S   34   K   15
G   35   G   16
S   37   A   17
T   38   T   18
K   39   K   19
R   40   T   20
Y   42   C   21
Y   43   N   22
V   44   I   23
A   45   L   24
P   46   S   25
N   47   Y   26
G   48   G   27
N   49   A   28
S   50   V   29
S   51   A   30
N   52   D   31
G   54   N   32
S   55   S   33
S   56   T   34
F   57   D   35
N   58   V   36
A   59   G   37
P   60   P   38
S   62   A   39
F   63   I   40
S   64   T   41
A   65   S   42
A   66   A   43
M   67   W   44
A   68   A   45
A   69   A   46
V   70   C   47
N   71   K   48
P   72   S   49
G   73   G   50
L   75   L   52
I   76   V   53
L   77   Y   54
L   78   I   55
K   79   P   56
P   80   S   57
G   81   G   58
T   82   N   59
Y   83   Y   60
T   84   A   61
I   85   L   62
Y   87   N   63
T   88   T   64
Q   89   T   67
G   90   L   68
K   91   T   69
G   92   G   70
N   93   G   71
T   94   S   72
I   95   A   73
T   96   T   74
F   97   A   75
N   98   I   76
K   99   Q   77
K  102   L   78
D  103   D   79
G  104   G   80
A  105   I   81
I  107   I   82
Y  108   Y   83
V  109   R   84
A  110   T   85
A  111   G   86
A  112   T   87
N  113   A   88
C  114   S   89
G  115   G   90
R  116   N   91
A  117   M   92
V  118   I   93
D  120   A   94
F  121   V   95
S  122   T   96
F  123   T   98
P  124   T   99
D  125   D  100
S  126   F  101
Q  127   E  102
W  128   F  104
V  129   S  105
Q  130   S  106
A  131   T  107
S  132   S  108
Y  133   K  109
G  134   G  110
Y  136   A  111
V  137   V  112
T  138   Q  113
G  139   G  114
Y  141   F  115
W  142   G  116
Y  143   Y  117
F  144   V  118
K  145   Y  119
G  146   H  120
V  147   A  121
E  148   E  122
V  149   G  123
G  153   T  124
Y  154   Y  125
G  156   G  126
A  157   A  127
Y  158   R  128
I  160   I  129
S  162   L  130
H  163   R  131
N  164   L  132
T  165   T  133
E  167   D  134
A  170   V  135
F  171   T  136
H  172   H  137
H  173   F  138
N  174   S  139
R  175   V  140
N  176   H  141
T  177   D  142
G  178   I  143
L  179   I  144
E  180   L  145
I  181   V  146
N  182   D  147
N  183   A  148
G  184   P  149
G  185   A  150
S  186   F  151
Y  187   H  152
N  188   F  153
T  189   T  154
V  190   M  155
I  191   D  156
N  192   T  157
S  193   S  159
D  194   D  160
A  195   G  161
R  197   E  162
N  198   V  163
Y  199   Y  164
D  200   N  165
P  201   M  166
K  202   A  167
K  203   R  169
N  204   G  170
G  205   G  171
S  206   N  172
A  208   E  173
D  209   G  174
G  210   G  175
F  211   L  176
G  212   G  178
P  213   I  179
K  214   D  180
Q  215   V  181
V  224   W  182
G  225   G  183
C  226   S  184
R  227   N  185
A  228   I  186
W  229   W  187
E  230   V  188
N  231   H  189
D  233   D  190
D  234   E  192
G  235   V  193
F  236   T  194
D  237   N  195
L  238   K  196
F  239   D  197
D  240   E  198
S  241   C  199
P  242   V  200
Q  243   T  201
K  244   K  203
V  246   S  204
I  247   P  205
E  248   A  206
N  249   N  207
S  250   N  208
W  251   I  209
A  252   L  210
F  253   V  211
N  255   E  212
G  256   S  213
I  257   I  214
Y  259   Y  215
W  260   C  216
N  261   N  217
D  262   W  218
S  263   S  219
A  264   G  220
G  267   G  221
N  268   C  222
G  269   A  223
N  270   M  224
G  271   G  225
K  273   S  226
L  274   L  227
G  275   G  228
G  276   A  229
N  277   D  230
Q  278   T  231
A  279   D  232
V  280   V  233
G  281   T  234
N  282   D  235
I  285   I  236
T  286   V  237
R  287   R  239
S  288   N  240
V  289   V  241
A  290   Y  242
F  291   T  243
G  292   W  244
N  293   S  245
V  294   S  246
S  295   N  247
K  296   Q  248
G  297   M  249
F  298   Y  250
D  299   M  251
Q  300   I  252
N  301   K  253
N  302   S  254
N  303   N  255
A  304   G  256
G  305   G  257
G  306   G  259
T  308   T  260
V  309   V  261
N  311   S  262
N  312   N  263
T  313   V  264
S  314   L  265
Y  315   L  266
K  316   E  267
N  317   N  268
G  318   F  269
I  319   I  270
G  322   G  271
F  323   H  272
G  324   G  273
N  326   N  274
V  327   A  275
Q  328   Y  276
S  329   S  277
G  330   L  278
Q  331   D  279
K  332   D  281
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N  337   S  286
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V  339   T  288
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L  341   V  290
S  342   A  291
A  343   G  292
S  344   D  293
V  345   V  295
T  346   Q  296
V  347   L  297
S  348   N  298
N  349   N  299
A  350   I  300
D  351   T  301
A  352   V  302
S  354   K  303
N  355   N  304
W  357   W  305
T  359   K  306
G  360   G  307
P  361   T  308
A  362   E  309
A  363   A  310
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A  365   A  313
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F  368   P  317
V  369   I  318
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T  373   C  322
S  374   S  323
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D  381   C  328
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R  393   T  340
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S  395   S  342
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N  397   S  344
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K  399   E  346
L  400   L  347
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S  408   S  356
N  409   G  357
I  410   Y  358
S  411   C  359
Y  412   L  360
S  413   K  361
G  414   D  362
S  415   S  363
A  416   S  364
TER
END
-------------------------------------------------------------
Ajay K. Royyuru, PhD                   Phone: (914) 945-1335
Manager, Structural Biology            Fax: (914) 945-4104
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IBM Research                                 --- IBM Internal ---
T. J. Watson Research Center           Phone: T/L 862-1335
P.O. Box 218, Route 134                  Fax: T/L 862-4104
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