
PFRMAT AL
TARGET T0104
AUTHOR 6305-9733-7289
REMARK similar to 1sky.
METHOD PSI-BLAST (Altschul et al., Nucl. Acids Res. 25, 3389-3402, 1997)
METHOD (-h 0.0005 -j 20) and iterative SCANPS
METHOD (Barton et al., 2000, http://barton.ebi.ac.uk/scanps/)
METHOD were run against a combined search set comprising the SWALL, PDB and ENSEMBL
METHOD sequence databases.
METHOD Sequences hit from these runs with an E-value of less than 0.0005 were collected.
METHOD These sequences were then aligned all-against-all using AMPS
METHOD (Barton, G. J., Methods in Enzymology 183, 403-428, 1990)
METHOD and one sequence was removed from any pair sharing greater than 75%
METHOD identity. Each of the remaining sequences was then used as queries
METHOD in a second round of psiblast runs. From these runs, 1sky (chain E)
METHOD was identified as a possible homologue. A multiple alignment was
METHOD constructed from target t0104, the intermediate query sequences,
METHOD and 1sky_E by CLUSTALW (Higgins et al., Methods in Enz.266,383-402,1996.)
METHOD The alignment between t0101 and 1sky_E was extracted,
METHOD and then edited by hand in the Jalview alignment editor
METHOD (M. Clamp, URL: http://www2.ebi.ac.uk/~michele/jalview/contents.html).
METHOD Secondary structure information predicted for t0101 by (JPRED2, Cuff and
METHOD Barton, 2000, Proteins 40, 502-511,2000) was incorporated.
MODEL  1
PARENT 1sky_E
M 1 P E121
E 2 A E122
S 3 P E123
L 4 K E124
T 5 F E125
Q 6 E E126
Y 7 E E127
I 8 L E128
P 9 A E129
D 10 T E130
E 11 E E131
F 12 V E132
S 13 E E133
M 14 I E134
L 15 L E135
R 16 E E136
F 17 T E137
G 18 G E138
K 19 I E139
K 20 K E140
F 21 V E141
A 22 V E142
E 23 D E143
I 24 L E144
L 25 L E145
K 32 K E150
A 33 G E151
I 34 G E152
M 35 K E153
V 36 I E154
Y 37 G E155
L 38 L E156
N 39 F E157
G 40 G E158
D 41 G E159
L 42 A E160
G 43 G E161
A 44 V E162
G 45 G E163
K 46 K E164
T 47 T E165
T 48 V E166
L 49 L E167
T 50 I E168
R 51 Q E169
G 52 E E170
M 53 L E171
L 54 I E172
Q 55 H E173
G 56 N E174
G 61 A E186
N 62 G E187
V 63 V E188
K 64 G E189
S 65 E E190
P 66 R E191
T 67 T E192
Y 68 R E193
T 69 E E194
L 70 G E195
V 71 N E196
E 72 D E197
E 73 L E198
G 78 V E207
K 79 I E208
M 80 S E209
I 81 K E210
Y 82 T E211
H 83 A E212
F 84 M E213
D 85 V E214
L 86 F E215
D 91 M E226
P 92 R E227
E 93 V E228
E 94 A E229
L 95 L E230
E 96 T E231
F 97 G E232
M 98 L E233
G 99 T E234
I 100 M E235
R 101 A E236
D 102 E E237
Y 103 Y E238
S 108 G E247
I 109 L E248
C 110 L E249
L 111 F E250
I 112 I E251
E 113 D E252
W 114 N E253
S 115 I E254
E 116 F E255
K 117 R E256
G 118 F E257
Q 119 T E258
G 120 Q E259
I 121 A E260
L 122 G E261
P 123 S E262
E 124 E E263
A 125 V E264
D 126 S E265
I 127 A E266
L 128 L E267
V 129 L E268
N 130 G E269
I 131 R E270
D 132 M E271
Y 133 P E272
R 138 A E282
N 139 T E283
I 140 E E284
E 141 M E285
L 142 G E286
I 143 Q E287
A 144 L E288
Q 145 Q E289
T 146 E E290
N 147 R E291
L 148 I E292
G 149 T E293
K 150 S E294
N 151 T E295
I 152 A E296
I 153 K E297
S 154 G E298
A 155 S E299
F 156 I E300
S 157 T E301
N 158 S E302
TER
END


