
PFRMAT AL
TARGET T0111
AUTHOR 3359-3308-3659
REMARK FUGUE AUTOMATIC ALIGNMENT
REMARK ZSCORE=3.69 
REMARK CONFIDENCE: GUESS     (50% confidence [ ZSCORE>=3.5 ])
REMARK DERIVED FROM HOMSTRAD PROFILE: rubisco
METHOD Environment-specific substitution tables were derived from the structure-based
METHOD alignments in the HOMSTRAD database. Each alignment in HOMSTRAD was converted
METHOD into a scoring template (profile) using the environment-specific substitution 
METHOD tables and structure-dependent gap penalties. The program FUGUE searches
METHOD a sequence or sequence alignment against the library of profiles.
MODEL  4
PARENT 5rub_A
A  75     S     4
Q  76     S     5
A  77     R     6
L  78     Y     7
I  79     V     8
G  80     N     9
K  81     L    10
D  82     A    11
A  83     L    12
K  84     K    13
D  85     E    14
Q  86     E    15
A  87     D    16
G  88     L    17
I  89     I    18
D  90     A    19
K  91     G    20
I  92     C    26
M  93     A    27
I  94     Y    28
D  95     I    29
L  96     M    30
D  97     K    31
G  98     P    32
T  99     K    33
E 100     A    34
N 101     G    35
K 102     Y    36
S 103     G    37
K 104     Y    38
F 105     V    39
G 106     A    40
A 107     T    41
N 108     A    42
A 109     A    43
I 110     H    44
L 111     F    45
A 112     A    46
V 113     A    47
A 124     R    65
K 125     G    66
G 126     V    67
M 127     D    68
P 128     A    69
L 129     L    70
Y 130     V    71
E 131     Y    72
H 132     E    73
I 133     V    74
A 134     D    75
E 135     E    76
G 141     A    77
K 142     K    82
Y 143     I    83
S 144     A    84
M 145     Y    85
P 146     P    86
V 147     V    87
P 148     A    88
M 149     F   104
M 150     L   105
N 151     T   106
I 152     L   107
I 153     T   108
N 154     M   109
G 155     G   110
G 156     N   111
E 157     N   112
H 158     Q   113
A 159     G   114
D 160     M   115
N 161     G   116
N 162     Y   120
V 163     A   121
D 164     K   122
I 165     M   123
Q 166     H   124
E 167     D   125
F 168     F   126
M 169     Y   127
I 170     V   128
Q 171     P   139
P 172     S   140
V 173     V   141
G 174     N   142
A 175     I   143
K 176     S   144
T 177     A   145
V 178     L   146
K 179     W   147
E 180     K   148
A 181     V   149
I 182     L   150
R 183     G   151
M 184     V   161
G 185     G   162
S 186     T   163
E 187     I   164
V 188     I   165
F 189     K   166
H 190     P   167
H 191     K   168
L 192     L   169
A 193     P   173
K 194     K   174
V 195     P   175
L 196     F   176
K 197     A   177
A 198     E   178
K 199     A   179
G 200     C   180
M 201     H   181
N 202     A   182
T 203     F   183
A 204     W   184
V 205     L   185
G 206     G   186
D 207     D   193
E 208     E   194
G 209     P   195
G 210     Q   196
Y 211     G   197
A 212     N   198
P 213     Q   199
N 214     P   200
L 215     F   201
G 216     A   202
S 217     P   203
N 218     L   204
A 219     R   205
E 220     D   206
A 221     T   207
L 222     I   208
A 223     A   209
V 224     L   210
I 225     V   211
A 226     A   212
E 227     D   213
A 228     A   214
V 229     M   215
K 230     R   216
A 231     R   217
A 232     A   218
G 233     Q   219
Y 234     D   220
E 235     E   221
L 236     T   222
G 237     G   223
K 238     E   224
D 239     A   225
I 240     K   226
T 241     L   227
L 242     F   228
A 243     S   229
M 244     A   230
D 245     N   231
C 246     I   232
A 247     T   233
A 248     A   234
S 249     D   235
E 250     E   239
F 251     I   240
Y 252     I   241
K 253     A   242
D 254     R   243
G 255     G   244
K 256     E   245
Y 257     Y   246
V 258     V   247
L 259     L   248
A 260     E   249
G 261     T   250
E 262     F   251
G 263     G   252
N 264     E   253
K 265     N   254
A 266     A   255
F 267     S   256
T 268     G   268
S 269     A   269
E 270     A   270
E 271     A   271
F 272     I   272
T 273     T   273
H 274     T   274
F 275     A   275
L 276     R   276
E 277     R   277
E 278     R   278
L 279     F   279
T 280     P   280
Y 283     D   281
P 284     N   282
I 285     F   283
V 286     L   284
S 287     H   285
I 288     Y   286
E 289     H   287
D 290     R   288
G 291     A   289
L 292     G   290
D 293     H   291
E 294     G   292
S 295     A   293
D 296     V   294
W 297     T   295
D 298     S   296
G 299     P   297
F 300     Q   298
A 301     S   299
Y 302     Y   303
Q 303     T   304
T 304     A   305
K 305     F   306
V 306     V   307
L 307     H   308
G 308     C   309
D 309     K   310
K 310     M   311
I 311     A   312
Q 312     R   313
L 313     L   314
V 314     Q   315
G 315     G   316
D 316     A   317
D 317     S   318
L 318     G   319
F 319     I   320
V 320     H   321
T 321     T   322
N 322     G   323
T 323     T   324
E 331     S   334
K 332     S   335
G 333     D   336
I 334     R   337
A 335     A   338
N 336     I   339
S 337     A   340
I 338     Y   341
L 339     M   342
I 340     L   343
K 341     T   344
F 342     Q   345
N 343     D   346
Q 344     E   347
I 345     A   348
G 346     Q   349
T 351     A   373
L 352     L   374
A 353     R   375
A 354     M   376
I 355     P   377
K 356     G   378
M 357     F   379
A 358     F   380
K 359     E   381
D 360     N   382
A 361     L   383
G 362     G   384
Y 363     N   385
T 364     A   386
A 365     N   387
V 366     V   388
I 367     I   389
S 368     L   390
H 369     T   391
R 370     A   392
S 371     G   393
G 372     G   394
E 373     G   395
T 374     A   396
E 375     D   401
D 376     G   402
A 377     P   403
T 378     V   404
I 379     A   405
A 380     G   406
D 381     A   407
L 382     R   408
A 383     S   409
V 384     L   410
G 385     R   411
T 386     Q   412
A 387     A   413
A 388     W   414
G 389     Q   415
Q 390     A   416
K 392     W   417
T 393     R   418
G 394     D   419
S 395     G   420
M 396     V   421
S 397     P   422
R 398     V   423
S 399     L   424
D 400     D   425
R 401     Y   426
V 402     A   427
A 403     R   428
K 404     E   429
Y 405     H   430
N 406     K   431
Q 407     E   432
L 408     L   433
I 409     A   434
R 410     R   435
I 411     A   436
E 412     F   437
E 413     E   438
A 414     S   439
L 415     F   440
G 416     P   441
E 417     G   442
K 418     D   443
A 419     A   444
P 420     D   445
Y 421     Q   446
N 422     I   447
G 423     Y   448
R 424     P   449
K 425     G   450
E 426     W   451
I 427     R   452
K 428     K   453
G 429     A   454
Q 430     L   455
A 431     G   456
TER
END

