
PFRMAT AL
TARGET T0111
AUTHOR 8971-8833-9593
METHOD FFAS (http://bioinformatics.burnham-inst.org/FFAS/)
METHOD Fold & Function Assignment System A profile-profile alignment method.
METHOD 1) PSI-Blast is used to collect homologs
METHOD 2) The sequences of homologs are translated into a profile
METHOD    [The translation is not based on PSI-Blast approach]
METHOD 3) Translated profile is aligned against a profile database
MODEL  3
PARENT 3muc_B
S 1 R 8
K 2 I 9
I 3 D 10
V 4 A 11
K 5 I 12
I 6 I 13
I 7 V 14
G 8 D 15
R 9 L 16
E 10 P 17
I 11 T 18
I 12 I 19
D 13 R 20
REMARK S 14 P 18
REMARK R 15 H 19
G 16 Q 31
N 17 Q 32
P 18 T 33
T 19 L 34
V 20 V 35
E 21 V 36
A 22 L 37
E 23 R 38
V 24 V 39
H 25 R 40
L 26 C 41
E 27 S 42
G 28 D 43
G 29 G 44
F 30 V 45
T 42 E 46
G 43 G 47
S 44 I 48
R 45 G 49
E 46 E 50
A 47 A 51
L 48 T 52
E 49 T 53
REMARK L 50 I 43
L 50 V 54
R 51 G 55
D 52 G 56
S 56 L 57
R 57 A 58
F 58 Y 59
L 59 G 60
G 60 Y 61
K 61 E 62
G 62 S 63
V 63 P 64
T 64 E 65
K 65 G 66
A 66 I 67
V 67 K 68
A 68 A 69
A 69 N 70
V 70 I 71
N 71 D 72
G 72 A 73
P 73 H 74
I 74 L 75
A 75 A 76
Q 76 P 77
A 77 A 78
L 78 L 79
I 79 I 80
G 80 G 81
K 81 L 82
D 82 A 83
A 83 A 84
K 84 D 85
D 85 N 86
I 89 I 87
D 90 N 88
K 91 A 89
I 92 A 90
M 93 M 91
I 94 L 92
D 95 K 93
L 96 L 94
D 97 D 95
G 98 K 96
K 102 L 97
S 103 A 98
K 104 K 99
F 105 G 100
G 106 N 101
A 107 T 102
N 108 F 103
A 109 A 104
I 110 K 105
L 111 S 106
A 112 G 107
V 113 I 108
S 114 E 109
L 115 S 110
A 116 A 111
N 117 L 112
A 118 L 113
K 119 D 114
A 120 A 115
A 121 Q 116
A 122 G 117
A 123 K 118
A 124 R 119
K 125 L 120
G 126 G 121
M 127 L 122
P 128 P 123
L 129 V 124
Y 130 S 125
E 131 E 126
H 132 L 127
I 133 L 128
A 134 G 129
E 135 G 130
P 140 R 131
G 141 V 132
K 142 R 133
Y 143 D 134
S 144 S 135
M 145 L 136
P 146 E 137
V 147 V 138
P 148 A 139
M 149 W 140
M 150 T 141
N 151 L 142
I 152 A 143
I 153 S 144
N 154 G 145
G 155 D 146
G 174 T 147
A 175 A 148
K 176 R 149
T 177 D 150
V 178 I 151
K 179 A 152
E 180 E 153
A 181 A 154
I 182 R 155
R 183 H 156
M 184 M 157
G 185 L 158
S 186 E 159
E 187 I 160
V 188 R 161
F 189 R 162
H 190 H 163
H 191 R 164
V 195 V 165
L 196 F 166
K 197 K 167
A 198 L 168
K 199 K 169
G 200 I 170
M 201 G 171
N 202 A 172
T 203 N 173
A 204 P 174
V 205 V 175
A 219 E 176
E 220 Q 177
A 221 D 178
L 222 L 179
A 223 K 180
V 224 H 181
I 225 V 182
A 226 V 183
E 227 T 184
A 228 I 185
V 229 K 186
K 230 R 187
A 231 E 188
A 232 L 189
G 233 G 190
K 238 D 191
D 239 S 192
I 240 A 193
T 241 S 194
L 242 V 195
A 243 R 196
M 244 V 197
D 245 D 198
C 246 V 199
D 254 N 200
G 255 Q 201
K 256 Y 202
Y 257 W 203
V 258 D 204
E 270 E 205
E 271 S 206
F 272 Q 207
T 273 A 208
H 274 I 209
F 275 R 210
L 276 A 211
E 277 C 212
E 278 Q 213
L 279 V 214
T 280 L 215
K 281 G 216
Q 282 D 217
Y 283 N 218
P 284 G 219
I 285 I 220
V 286 D 221
S 287 L 222
I 288 I 223
E 289 E 224
D 290 Q 225
G 291 P 226
L 292 I 227
D 293 S 228
E 294 R 229
S 295 I 230
D 296 N 231
W 297 R 232
D 298 G 233
G 299 G 234
F 300 Q 235
A 301 V 236
Y 302 R 237
Q 303 L 238
T 304 N 239
K 305 Q 240
V 306 R 241
L 307 T 242
G 308 P 243
I 311 A 244
Q 312 P 245
L 313 I 246
V 314 M 247
G 315 A 248
D 316 D 249
D 317 E 250
L 318 S 251
V 320 I 252
T 321 E 253
N 322 S 254
T 323 V 255
K 324 E 256
I 325 D 257
L 326 A 258
K 327 F 259
E 328 S 260
G 329 L 261
I 330 A 262
E 331 A 263
K 332 D 264
G 333 G 265
I 334 A 266
A 335 A 267
N 336 S 268
S 337 I 269
I 338 F 270
L 339 A 271
I 340 L 272
K 341 K 273
F 342 I 274
N 343 A 275
Q 344 K 276
I 345 N 277
G 346 G 278
S 347 G 279
L 348 P 280
T 349 R 281
E 350 A 282
T 351 V 283
L 352 L 284
A 353 R 285
A 354 T 286
I 355 A 287
K 356 Q 288
M 357 I 289
A 358 A 290
K 359 E 291
D 360 A 292
A 361 A 293
G 362 G 294
Y 363 I 295
T 364 G 296
A 365 L 297
V 366 Y 298
S 368 G 299
H 369 G 300
R 370 T 301
S 371 M 302
G 372 L 303
E 373 E 304
T 374 G 305
E 375 S 306
D 376 I 307
A 377 G 308
T 378 T 309
I 379 L 310
A 380 A 311
D 381 S 312
L 382 A 313
A 383 H 314
V 384 A 315
G 385 F 316
T 386 L 317
A 387 T 318
A 388 L 319
G 389 R 320
Q 390 Q 321
I 391 L 322
K 392 T 323
T 393 W 324
G 394 G 325
S 395 T 326
M 396 E 327
K 404 L 328
Y 405 F 329
N 406 G 330
Q 407 P 331
L 408 L 332
I 409 L 333
R 410 L 334
I 411 T 335
E 412 E 336
E 413 E 337
A 414 I 338
L 415 V 339
G 416 N 340
E 417 E 341
K 418 P 342
A 419 P 343
P 420 Q 344
Y 421 Y 345
N 422 R 346
G 423 D 347
R 424 F 348
K 425 Q 349
E 426 L 350
I 427 H 351
K 428 I 352
G 429 P 353
Q 430 R 354
A 431 T 355
TER
END

