
PFRMAT AL
TARGET T0111
AUTHOR 8734-6605-4366
METHOD Main features of the approach:
METHOD 1. Threading in an external energy field of 'the template results
METHOD    in an alignment of a target sequence on the template.
METHOD    The energy of the obtainedstructure is evaluated using
METHOD    phenomelogical potentials applied to Ca and Cb atoms.
METHOD 2. Averaging over homologs is used in energy calculations.
METHOD 3. "Fragmentation" gapless threading is used for the final
METHOD    selection of predictions
MODEL  1
PARENT 1pdy
S   1    S    1
K   2    I    2
I   3    T    3
V   4    K    4
K   5    V    5
I   6    F    6
I   7    A    7
G   8    R    8
I  12    F   11
D  13    D   12
S  14    S   13
R  15    R   14
G  16    G   15
N  17    N   16
P  18    P   17
T  19    T   18
V  20    V   19
E  21    E   20
A  22    V   21
E  23    D   22
V  24    L   23
H  25    Y   24
L  26    T   25
E  27    S   26
G  32    L   29
M  33    F   30
A  34    R   31
A  35    A   32
A  36    A   33
P  37    V   34
S  38    P   35
G  39    S   36
A  40    G   37
S  41    A   38
T  42    S   39
G  43    T   40
S  44    G   41
R  45    V   42
E  46    H   43
A  47    E   44
L  48    A   45
E  49    L   46
L  50    E   47
R  51    M   48
D  52    R   49
G  53    D   50
D  54    G   51
K  55    D   52
S  56    K   53
R  57    S   54
F  58    K   55
L  59    Y   56
T  64    V   65
K  65    K   66
A  66    N   67
V  67    V   68
A  68    N   69
A  69    D   70
V  70    V   71
I  74    P   74
A  75    E   75
Q  76    I   76
A  77    I   77
L  78    K   78
I  79    S   79
G  80    G   80
K  81    L   81
D  82    K   82
A  83    V   83
K  84    T   84
D  85    Q   85
Q  86    Q   86
A  87    K   87
G  88    E   88
I  89    C   89
D  90    D   90
K  91    E   91
I  92    F   92
M  93    M   93
I  94    C   94
D  95    K   95
L  96    L   96
D  97    D   97
G  98    G   98
T  99    T   99
E 100    E  100
N 101    N  101
K 102    K  102
S 103    S  103
K 104    S  104
F 105    L  105
G 106    G  106
A 107    A  107
N 108    N  108
A 109    A  109
I 110    I  110
L 111    L  111
A 112    G  112
V 113    V  113
S 114    S  114
L 115    L  115
A 116    A  116
N 117    I  117
A 118    C  118
K 119    K  119
A 120    A  120
A 121    G  121
A 122    A  122
A 123    A  123
A 124    E  124
K 125    L  125
G 126    G  126
M 127    I  127
P 128    P  128
L 129    L  129
Y 130    Y  130
E 131    R  131
H 132    H  132
I 133    I  133
A 134    A  134
E 135    N  135
L 136    L  136
N 137    A  137
G 141    D  140
K 142    E  141
Y 143    V  142
S 144    I  143
M 145    L  144
P 146    P  145
V 147    V  146
P 148    P  147
M 149    A  148
M 150    F  149
N 151    N  150
I 152    V  151
I 153    I  152
N 154    N  153
G 155    G  154
G 156    G  155
E 157    S  156
H 158    H  157
A 159    A  158
D 160    G  159
N 161    N  160
N 162    K  161
V 163    L  162
D 164    A  163
I 165    M  164
Q 166    Q  165
E 167    E  166
F 168    F  167
M 169    M  168
I 170    I  169
Q 171    L  170
P 172    P  171
V 173    T  172
G 174    G  173
A 175    A  174
K 176    T  175
T 177    S  176
V 178    F  177
K 179    T  178
E 180    E  179
A 181    A  180
I 182    M  181
R 183    R  182
M 184    M  183
G 185    G  184
S 186    T  185
E 187    E  186
V 188    V  187
F 189    Y  188
H 190    H  189
H 191    H  190
L 192    L  191
A 193    K  192
K 194    A  193
V 195    V  194
L 196    I  195
K 197    K  196
A 198    A  197
K 199    R  198
G 200    F  199
M 201    G  200
G 206    V  206
D 207    G  207
E 208    D  208
G 209    E  209
G 210    G  210
Y 211    G  211
A 212    F  212
P 213    A  213
N 214    P  214
L 215    N  215
G 216    I  216
S 217    L  217
N 218    N  218
A 219    N  219
E 220    K  220
A 221    D  221
L 222    A  222
A 223    L  223
V 224    D  224
I 225    L  225
A 226    I  226
E 227    Q  227
A 228    E  228
V 229    A  229
K 230    I  230
A 231    K  231
A 232    K  232
G 233    A  233
Y 234    G  234
E 235    Y  235
L 236    T  236
G 237    G  237
K 238    K  238
D 239    I  239
I 240    E  240
T 241    I  241
L 242    G  242
A 243    M  243
M 244    D  244
D 245    V  245
C 246    A  246
A 247    A  247
A 248    S  248
S 249    E  249
E 250    F  250
F 251    Y  251
Y 252    K  252
K 253    Q  253
D 254    N  254
G 255    N  255
K 256    I  256
Y 257    Y  257
V 258    D  258
L 259    L  259
A 260    D  260
N 264    S  269
K 265    Q  270
A 266    K  271
F 267    I  272
T 268    S  273
S 269    G  274
E 270    D  275
E 271    Q  276
F 272    L  277
T 273    R  278
H 274    D  279
F 275    M  280
L 276    Y  281
E 277    M  282
E 278    E  283
L 279    F  284
T 280    C  285
K 281    K  286
Q 282    D  287
Y 283    F  288
P 284    P  289
I 285    I  290
V 286    V  291
S 287    S  292
I 288    I  293
E 289    E  294
D 290    D  295
G 291    P  296
L 292    F  297
D 293    D  298
E 294    Q  299
S 295    D  300
D 296    D  301
W 297    W  302
D 298    E  303
G 299    T  304
F 300    W  305
A 301    S  306
Y 302    K  307
Q 303    M  308
T 304    T  309
K 305    S  310
V 306    G  311
I 311    I  314
Q 312    Q  315
L 313    I  316
V 314    V  317
G 315    G  318
D 316    D  319
D 317    D  320
L 318    L  321
F 319    T  322
V 320    V  323
T 321    T  324
N 322    N  325
T 323    P  326
K 324    K  327
I 325    R  328
L 326    I  329
K 327    T  330
E 328    T  331
G 329    A  332
I 330    V  333
E 331    E  334
K 332    K  335
G 333    K  336
I 334    A  337
A 335    C  338
N 336    K  339
S 337    C  340
I 338    L  341
L 339    L  342
I 340    L  343
K 341    K  344
F 342    V  345
N 343    N  346
Q 344    Q  347
I 345    I  348
G 346    G  349
S 347    S  350
L 348    V  351
T 349    T  352
E 350    E  353
T 351    S  354
L 352    I  355
A 353    D  356
A 354    A  357
I 355    H  358
K 356    L  359
M 357    L  360
A 358    A  361
K 359    K  362
D 360    K  363
A 361    N  364
G 362    G  365
Y 363    W  366
T 364    G  367
A 365    T  368
V 366    M  369
I 367    V  370
S 368    S  371
H 369    H  372
R 370    R  373
S 371    S  374
G 372    G  375
E 373    E  376
T 374    T  377
E 375    E  378
D 376    D  379
A 377    C  380
T 378    F  381
I 379    I  382
A 380    A  383
D 381    D  384
L 382    L  385
A 383    V  386
V 384    V  387
G 385    G  388
T 386    L  389
A 387    C  390
A 388    T  391
G 389    G  392
Q 390    Q  393
I 391    I  394
K 392    K  395
T 393    T  396
G 394    G  397
S 395    A  398
M 396    P  399
S 397    C  400
R 398    R  401
S 399    S  402
D 400    E  403
R 401    R  404
V 402    L  405
A 403    A  406
K 404    K  407
Y 405    Y  408
N 406    N  409
Q 407    Q  410
L 408    I  411
I 409    L  412
R 410    R  413
I 411    I  414
E 412    E  415
E 413    E  416
A 414    E  417
L 415    L  418
G 416    G  419
E 417    S  420
K 418    G  421
A 419    A  422
P 420    K  423
Y 421    F  424
N 422    A  425
G 423    G  426
R 424    K  427
K 425    N  428
E 426    F  429
I 427    R  430
K 428    A  431
TER
END


