
PFRMAT AL
TARGET T0111
AUTHOR 8734-6605-4366
METHOD Main features of the approach:
METHOD 1. Threading in an external energy field of 'the template results
METHOD    in an alignment of a target sequence on the template.
METHOD    The energy of the obtainedstructure is evaluated using
METHOD    phenomelogical potentials applied to Ca and Cb atoms.
METHOD 2. Averaging over homologs is used in energy calculations.
METHOD 3. "Fragmentation" gapless threading is used for the final
METHOD    selection of predictions
MODEL  4
PARENT 1nel
S   1    A    1
K   2    V    2
I   3    S    3
V   4    K    4
K   5    V    5
I   6    Y    6
I   7    A    7
G   8    R    8
I  12    Y   11
D  13    D   12
S  14    S   13
R  15    R   14
G  16    G   15
N  17    N   16
P  18    P   17
T  19    T   18
V  20    V   19
E  21    E   20
A  22    V   21
E  23    E   22
V  24    L   23
H  25    T   24
L  26    T   25
E  27    E   26
G  28    K   27
G  29    G   28
F  30    V   29
V  31    F   30
G  32    R   31
M  33    S   32
A  34    I   33
A  35    V   34
A  36    P   35
P  37    S   36
S  38    G   37
G  39    A   38
A  40    S   39
S  41    T   40
T  42    G   41
G  43    V   42
S  44    H   43
R  45    E   44
E  46    A   45
A  47    L   46
L  48    E   47
E  49    M   48
L  50    R   49
R  51    D   50
D  52    G   51
G  53    D   52
D  54    K   53
K  55    S   54
S  56    K   55
R  57    W   56
K  61    L   62
G  62    H   63
V  63    A   64
T  64    V   65
K  65    K   66
A  66    N   67
V  67    V   68
A  68    N   69
A  69    D   70
V  70    V   71
I  74    P   74
A  75    A   75
Q  76    F   76
A  77    V   77
L  78    K   78
I  79    A   79
G  80    N   80
K  81    I   81
D  82    D   82
A  83    V   83
K  84    S   84
D  85    D   85
Q  86    Q   86
A  87    K   87
G  88    A   88
I  89    V   89
D  90    D   90
K  91    D   91
I  92    F   92
M  93    L   93
I  94    I   94
D  95    S   95
L  96    L   96
D  97    D   97
G  98    G   98
T  99    T   99
E 100    A  100
N 101    N  101
K 102    K  102
S 103    S  103
K 104    K  104
F 105    L  105
G 106    G  106
A 107    A  107
N 108    N  108
A 109    A  109
I 110    I  110
L 111    L  111
A 112    G  112
V 113    V  113
S 114    S  114
L 115    L  115
A 116    A  116
N 117    A  117
A 118    S  118
K 119    R  119
A 120    A  120
A 121    A  121
A 122    A  122
A 123    A  123
A 124    E  124
K 125    K  125
G 126    N  126
M 127    V  127
P 128    P  128
L 129    L  129
Y 130    Y  130
E 131    K  131
H 132    H  132
I 133    L  133
A 134    A  134
E 135    D  135
L 136    L  136
N 137    S  137
G 138    K  138
T 139    S  139
P 140    K  140
G 141    T  141
K 142    S  142
Y 143    P  143
S 144    Y  144
M 145    V  145
P 146    L  146
V 147    P  147
P 148    V  148
M 149    P  149
M 150    F  150
N 151    L  151
I 152    N  152
I 153    V  153
N 154    L  154
G 155    N  155
G 156    G  156
E 157    G  157
H 158    S  158
A 159    H  159
D 160    A  160
N 161    G  161
N 162    G  162
V 163    A  163
D 164    L  164
I 165    A  165
Q 166    L  166
E 167    Q  167
F 168    E  168
M 169    F  169
I 170    M  170
Q 171    I  171
P 172    A  172
V 173    P  173
G 174    T  174
A 175    G  175
K 176    A  176
T 177    K  177
V 178    T  178
K 179    F  179
E 180    A  180
A 181    E  181
I 182    A  182
R 183    L  183
M 184    R  184
G 185    I  185
S 186    G  186
E 187    S  187
V 188    E  188
L 192    K  194
A 193    S  195
K 194    L  196
V 195    T  197
L 196    K  198
K 197    K  199
A 198    R  200
K 199    Y  201
G 200    G  202
M 201    A  203
N 202    S  204
T 203    A  205
A 204    G  206
V 205    N  207
G 206    V  208
D 207    G  209
E 208    D  210
G 209    E  211
G 210    G  212
Y 211    G  213
A 212    V  214
P 213    A  215
N 214    P  216
L 215    N  217
G 216    I  218
S 217    Q  219
N 218    T  220
A 219    A  221
E 220    E  222
A 221    E  223
L 222    A  224
A 223    L  225
V 224    D  226
I 225    L  227
A 226    I  228
E 227    V  229
A 228    D  230
V 229    A  231
K 230    I  232
A 231    K  233
A 232    A  234
G 233    A  235
Y 234    G  236
E 235    H  237
L 236    D  238
G 237    G  239
K 238    K  240
D 239    V  241
I 240    K  242
T 241    I  243
L 242    G  244
A 243    L  245
M 244    D  246
D 245    C  247
C 246    A  248
A 247    S  249
A 248    S  250
S 249    E  251
E 250    F  252
F 251    F  253
Y 252    K  254
K 253    D  255
D 254    G  256
G 255    K  257
A 260    N  266
G 261    S  267
E 262    D  268
G 263    K  269
N 264    S  270
K 265    K  271
A 266    W  272
F 267    L  273
T 268    T  274
S 269    G  275
E 270    P  276
E 271    Q  277
F 272    L  278
T 273    A  279
H 274    D  280
F 275    L  281
L 276    Y  282
E 277    H  283
E 278    S  284
L 279    L  285
T 280    M  286
K 281    K  287
Q 282    R  288
Y 283    Y  289
P 284    P  290
I 285    I  291
V 286    V  292
S 287    S  293
I 288    I  294
E 289    E  295
D 290    D  296
G 291    P  297
L 292    F  298
D 293    A  299
E 294    E  300
S 295    D  301
D 296    D  302
W 297    W  303
D 298    E  304
G 299    A  305
F 300    W  306
A 301    S  307
Y 302    H  308
Q 303    F  309
T 304    F  310
K 305    K  311
K 310    G  314
I 311    I  315
Q 312    Q  316
L 313    I  317
V 314    V  318
G 315    A  319
D 316    D  320
D 317    D  321
L 318    L  322
F 319    T  323
V 320    V  324
T 321    T  325
N 322    N  326
T 323    P  327
K 324    K  328
I 325    R  329
L 326    I  330
K 327    A  331
E 328    T  332
G 329    A  333
I 330    I  334
E 331    E  335
K 332    K  336
G 333    K  337
I 334    A  338
A 335    A  339
N 336    D  340
S 337    A  341
I 338    L  342
L 339    L  343
I 340    L  344
K 341    K  345
F 342    V  346
N 343    N  347
Q 344    Q  348
I 345    I  349
G 346    G  350
S 347    T  351
L 348    L  352
T 349    S  353
E 350    E  354
T 351    S  355
L 352    I  356
A 353    K  357
A 354    A  358
I 355    A  359
K 356    Q  360
M 357    D  361
A 358    S  362
K 359    F  363
D 360    A  364
A 361    A  365
G 362    G  366
Y 363    W  367
T 364    G  368
A 365    V  369
V 366    M  370
I 367    V  371
S 368    S  372
H 369    H  373
R 370    R  374
S 371    S  375
G 372    G  376
E 373    E  377
T 374    T  378
E 375    E  379
D 376    D  380
A 377    T  381
T 378    F  382
I 379    I  383
A 380    A  384
D 381    D  385
L 382    L  386
A 383    V  387
V 384    V  388
G 385    G  389
T 386    L  390
A 387    R  391
A 388    T  392
G 389    G  393
Q 390    Q  394
I 391    I  395
K 392    K  396
T 393    T  397
G 394    G  398
S 395    A  399
M 396    P  400
S 397    A  401
R 398    R  402
S 399    S  403
D 400    E  404
R 401    R  405
V 402    L  406
A 403    A  407
K 404    K  408
Y 405    L  409
N 406    N  410
Q 407    Q  411
L 408    L  412
I 409    L  413
R 410    R  414
I 411    I  415
E 412    E  416
E 413    E  417
A 414    E  418
L 415    L  419
G 416    G  420
E 417    D  421
K 418    N  422
A 419    A  423
P 420    V  424
Y 421    F  425
N 422    A  426
G 423    G  427
R 424    E  428
K 425    N  429
E 426    F  430
I 427    H  431
K 428    H  432
G 429    G  433
Q 430    D  434
A 431    K  435
TER
END


