
PFRMAT AL
TARGET T0113
AUTHOR 6305-9733-7289
REMARK Similar to 2hsd (chain:A).
METHOD PSI-BLAST (Altschul et al., Nucl. Acids Res. 25, 3389-3402, 1997)
METHOD (-h 0.0005 -j 20) and iterative SCANPS (Barton et al., 2000, unpublished)
METHOD were run against a combined search set comprising the SWALL, PDB and ENSEMBL
METHOD sequence databases.
METHOD From this 2hsd (chain: A) was identified as a possible homologue. The 2hsd
METHOD (chain: A) PDB sequence was aligned against a redundancy filtered sequence profile,
METHOD created by JPRED2 (Cuff & Barton, Proteins 40, 502-511, 2000) in a secondary structure
METHOD prediction run for the target sequence. This alignment was edited by hand with the
METHOD Jalview alignment editor (M. Clamp, URL: http://www2.ebi.ac.uk/~michele/jalview/contents.html)
METHOD to produce the final sequence - structure alignment.
MODEL  1
PARENT 2hsd_A
S 7 D A3
V 8 L A4
K 9 S A5
G 10 G A6
L 11 K A7
V 12 T A8
A 13 V A9
V 14 I A10
I 15 I A11
T 16 T A12
G 17 G A13
G 18 G A14
A 19 A A15
S 20 R A16
G 21 G A17
L 22 L A18
G 23 G A19
L 24 A A20
S 25 E A21
T 26 A A22
A 27 A A23
K 28 R A24
R 29 Q A25
L 30 A A26
V 31 V A27
G 32 A A28
Q 33 A A29
G 34 G A30
A 35 A A31
T 36 R A32
A 37 V A33
V 38 V A34
L 39 L A35
L 40 A A36
D 41 D A37
V 42 V A38
P 43 L A39
N 44 D A40
S 45 E A41
E 46 E A42
G 47 G A43
E 48 A A44
T 49 A A45
E 50 T A46
A 51 A A47
K 52 R A48
K 53 E A49
L 54 L A50
G 55 G A51
G 56 D A52
N 57 A A53
C 58 A A54
I 59 R A55
F 60 Y A56
A 61 Q A57
P 62 H A58
A 63 L A59
N 64 D A60
V 65 V A61
T 66 T A62
S 67 I A63
E 68 E A64
K 69 E A65
E 70 D A66
V 71 W A67
Q 72 Q A68
A 73 R A69
A 74 V A70
L 75 V A71
T 76 A A72
L 77 Y A73
A 78 A A74
K 79 R A75
E 80 E A76
K 81 E A77
F 82 F A78
G 83 G A79
R 84 S A80
I 85 V A81
D 86 D A82
V 87 G A83
A 88 L A84
V 89 V A85
N 90 N A86
C 91 N A87
A 92 A A88
G 93 G A89
I 94 I A90
A 95 S A91
V 96 T A92
A 97 G A93
V 108 T A98
H 109 E A99
T 110 S A100
L 111 V A101
E 112 E A102
D 113 R A103
F 114 F A104
Q 115 R A105
R 116 K A106
V 117 V A107
I 118 V A108
N 119 E A109
V 120 I A110
N 121 N A111
L 122 L A112
I 123 T A113
G 124 G A114
T 125 V A115
F 126 F A116
N 127 I A117
V 128 G A118
I 129 M A119
R 130 K A120
L 131 T A121
V 132 V A122
A 133 I A123
G 134 P A124
V 135 A A125
M 136 M A126
G 137 K A127
Q 138 D A128
Q 146 G A130
R 147 G A131
G 148 G A132
V 149 S A133
I 150 I A134
I 151 V A135
N 152 N A136
T 153 I A137
A 154 S A138
S 155 S A139
V 156 A A140
A 157 A A141
A 158 G A142
F 159 L A143
E 160 M A144
G 161 G A145
Q 162 L A146
V 163 A A147
G 164 L A148
Q 165 T A149
A 166 S A150
A 167 S A151
Y 168 Y A152
S 169 G A153
A 170 A A154
S 171 S A155
K 172 K A156
G 173 W A157
G 174 G A158
I 175 V A159
V 176 R A160
G 177 G A161
M 178 L A162
T 179 S A163
L 180 K A164
P 181 L A165
I 182 A A166
A 183 A A167
R 184 V A168
D 185 E A169
L 186 L A170
A 187 G A171
P 188 T A172
I 189 D A173
G 190 R A174
I 191 I A175
R 192 R A176
V 193 V A177
V 194 N A178
T 195 S A179
I 196 V A180
A 197 H A181
P 198 P A182
G 199 G A183
L 200 M A184
F 201 T A185
A 202 Y A186
T 203 T A187
P 204 P A188
L 205 M A189
L 206 T A190
T 207 A A191
T 208 E A192
L 209 T A193
P 210 G A194
D 211 I A195
K 212 R A196
V 213 Q A197
R 214 G A198
N 215 E A199
F 216 G A200
L 217 N A201
A 218 Y A202
S 219 P A203
Q 220 N A204
V 221 T A205
P 222 P A206
R 226 R A209
L 227 V A210
G 228 G A211
D 229 E A213
P 230 P A214
A 231 G A215
E 232 E A216
Y 233 I A217
A 234 A A218
H 235 G A219
L 236 A A220
V 237 V A221
Q 238 V A222
M 239 K A223
V 240 L A224
I 241 L A225
E 242 S A226
N 243 D A227
L 246 V A232
N 247 T A233
G 248 G A234
E 249 A A235
V 250 E A236
I 251 L A237
R 252 A A238
L 253 V A239
D 254 D A240
G 255 G A241
A 256 G A242
I 257 W A243
R 258 T A244
M 259 T A245
Q 260 G A246
P 261 P A247
TER
END


