
PFRMAT AL
TARGET T0116
AUTHOR 6305-9733-7289
REMARK Similar to 1b0u (chain: A).
METHOD PSI-BLAST (Altschul et al., Nucl. Acids Res. 25, 3389-3402, 1997)
METHOD (-h 0.0005 -j 20) and iterative SCANPS (Barton et al., 2000, unpublished)
METHOD were run against a combined search set comprising the SWALL, PDB and ENSEMBL
METHOD sequence databases.
METHOD In an iterative SCANPS run, 1b0d was identified as a possible homologue.
METHOD A pairwise alignment of the target's sequence and the sequence of 1b0u (chain: A)
METHOD was created by hand with the Jalview alignment editor
METHOD (M. Clamp, URL: http://www2.ebi.ac.uk/~michele/jalview/contents.html).
METHOD To align the C-terminal ATPase-domain correctly the P-loop was taken as an
METHOD anchor point.
MODEL  1
PARENT 1b0u_A
D 549 N A5
R 550 K A6
L 551 L A7
Q 552 H A8
I 553 V A9
R 554 I A10
A 555 D A11
G 556 L A12
R 557 H A13
H 558 K A14
P 559 R A15
V 560 Y A16
V 561 G A17
E 562 G A18
R 563 H A19
R 564 E A20
T 565 V A21
E 566 L A22
F 567 K A23
V 568 G A24
P 569 V A25
N 570 S A26
D 571 L A27
L 572 Q A28
E 573 A A29
M 574 R A30
A 575 A A31
H 576 G A32
E 577 D A33
L 578 V A34
V 579 I A35
L 580 S A36
I 581 I A37
T 582 I A38
G 583 G A39
P 584 S A40
N 585 S A41
M 586 G A42
A 587 S A43
G 588 G A44
K 589 K A45
S 590 S A46
T 591 T A47
F 592 F A48
L 593 L A49
R 594 R A50
Q 595 C A51
T 596 I A52
A 597 N A53
L 598 F A54
I 599 L A55
A 600 E A56
L 601 K A57
L 602 P A58
A 603 S A59
Q 604 E A60
V 605 G A61
G 606 A A62
S 607 I A63
F 608 I A64
V 609 V A65
P 610 N A66
A 611 G A67
E 612 Q A68
E 613 N A69
A 614 I A70
H 615 N A71
L 616 L A72
P 617 V A73
L 618 R A74
F 619 D A75
D 620 K A76
G 621 D A77
I 622 G A78
Y 623 Q A79
T 624 L A80
R 625 K A81
I 626 V A82
G 627 A A83
A 628 D A84
S 629 K A85
D 630 N A86
D 631 Q A87
L 632 L A88
A 633 R A89
G 634 L A90
G 635 L A91
K 636 R A92
S 637 T A93
T 638 R A94
F 639 L A95
M 640 T A96
V 641 M A97
E 642 V A98
M 643 F A99
E 644 Q A100
E 645 H A101
V 646 F A102
A 647 N A103
L 648 L A104
I 649 W A105
L 650 S A106
K 651 H A107
E 652 M A108
A 653 T A109
T 654 V A110
E 655 L A111
N 656 E A112
S 657 N A113
L 658 V A114
V 659 M A115
L 660 E A116
L 661 A A117
D 662 P A118
E 663 I A119
V 664 Q A120
G 665 V A121
R 666 L A122
G 667 G A123
T 668 L A124
S 669 S A125
S 670 K A126
L 671 H A127
D 672 D A128
G 673 A A129
V 674 R A130
A 675 E A131
I 676 R A132
A 677 A A133
T 678 L A134
A 679 K A135
V 680 Y A136
A 681 L A137
E 682 A A138
A 683 K A139
L 684 V A140
H 685 G A141
E 686 I A142
R 687 D A143
R 688 E A144
A 689 R A145
Y 690 A A146
T 695 K A149
H 696 Y A150
Y 697 P A151
F 698 V A152
E 699 H A153
L 700 L A154
T 701 S A155
A 702 G A156
L 703 G A157
G 704 Q A158
L 705 Q A159
P 706 Q A160
R 707 R A161
L 708 V A162
K 709 S A163
N 710 I A164
L 711 A A165
H 712 R A166
V 713 A A167
A 714 L A168
A 715 A A169
R 716 M A170
E 717 E A171
E 718 P A172
A 719 D A173
G 720 V A174
G 721 L A175
L 722 L A176
V 723 F A177
F 724 D A178
Y 725 E A179
P 730 S A182
G 731 A A183
P 732 L A184
A 733 D A185
S 734 P A186
K 735 E A187
S 736 L A188
Y 737 V A189
G 738 G A190
V 739 E A191
E 740 V A192
V 741 L A193
A 742 R A194
A 743 I A195
M 744 M A196
A 745 Q A197
G 746 Q A198
L 747 L A199
P 748 A A200
K 749 E A201
E 750 E A202
V 751 G A203
V 752 K A204
A 753 T A205
R 754 M A206
A 755 V A207
R 756 V A208
A 757 V A209
L 758 T A210
L 759 H A211
Q 760 E A212
A 761 M A213
M 762 G A214
A 763 F A215
A 764 A A216
R 765 R A217
R 766 H A218
E 767 V A219
G 768 S A220
A 769 S A221
L 770 H A222
D 771 V A223
A 772 I A224
V 773 F A225
L 774 L A226
E 775 H A227
R 776 Q A228
L 777 G A229
L 778 K A230
A 779 I A231
P 782 G A235
D 783 D A236
R 784 P A237
L 785 E A238
T 786 Q A239
P 787 V A240
L 788 F A241
E 789 G A242
A 790 N A243
L 791 P A244
R 792 Q A245
L 793 S A246
L 794 P A247
Q 795 R A248
E 796 L A249
L 797 Q A250
K 798 Q A251
A 799 F A252
L 800 L A253
A 801 K A254
L 802 G A255
G 803 S A256
A 804 L A257
P 805 K A258
L 806 K A259
D 807 L A260
T 808 E A261
TER
END


