
PFRMAT AL
TARGET T0116
AUTHOR 7573-5202-7463
METHOD 
METHOD The target profile was searched against database of profiles built
METHOD from 35% NR subset of PDB. Each profile was generated by running 5
METHOD iterations of PSI-BLAST and dumping the scoring matrix.  The significance
METHOD of each alignment was evaluated by randomly shuffling the template
METHOD profile.  Top-scoring hits (Z-score > 4.0) were checked for compatability
METHOD with the PHD and PSIPRED secondary structure preditions and with the 
METHOD published secondary structure as cited on the CASP target page.  
METHOD
MODEL 2
PARENT 1taq
G  11    G  12 
P  12    R  13 
L  13    V  14 
P  14    L  15 
P  15    L  16 
L  16    V  17 
L  17    D  18 
Q  18    G  19 
Q  19    H  20 
Y  20    H  21 
V  21    L  22 
E  22    A  23 
L  23    Y  24 
R  24    R  25 
D  25    T  26 
Q  26    F  27 
Y  27    H  28 
P  28    A  29 
D  29    L  30 
Y  30    K  31 
L  31    G  32 
L  32    L  33 
L  33    T  34 
F  34    T  35 
Q  35    S  36 
V  36    R  37 
G  37    G  38 
D  38    E  39 
F  39    P  40 
Y  40    V  41 
E  41    Q  42 
C  42    A  43 
F  43    V  44 
G  44    Y  45 
E  45    G  46 
D  46    F  47 
A  47    A  48 
E  48    K  49 
R  49    S  50 
L  50    L  51 
A  51    L  52 
R  52    K  53 
A  53    A  54 
L  54    L  55 
G  55    K  56 
L  56    E  57 
V  57    D  58 
L  58    G  59 
H  60    D  60 
K  61    A  61 
T  62    V  62 
S  63    I  63 
K  64    V  64 
D  65    V  65 
F  66    F  66 
T  67    D  67 
T  68    A  68 
R  84    R  85 
L  85    A  86 
L  86    P  87 
K  87    T  88 
M  88    P  89 
G  89    E  90 
F  90    D  91 
R  91    F  92 
L  92    P  93 
A  93    R  94 
V  94    Q  95 
A  95    L  96 
D  96    A  97 
Q  97    L  98 
V  98    I  99 
E  99    K 100 
P 100    E 101 
A 101    L 102 
E 102    V 103 
E 103    D 104 
A 104    L 105 
E 105    L 106 
G 106    G 107 
L 107    L 108 
V 108    A 109 
R 109    R 110 
R 110    L 111 
E 111    E 112 
V 112    V 113 
T 113    P 114 
Q 114    G 115 
L 115    Y 116 
L 116    E 117 
T 117    A 118 
P 118    D 119 
G 119    D 120 
T 120    V 121 
L 121    L 122 
L 122    A 123 
Q 123    S 124 
E 124    L 125 
S 125    A 126 
L 126    K 127 
L 127    K 128 
P 128    A 129 
R 129    E 130 
E 130    K 131 
A 131    E 132 
N 132    G 133 
Y 133    Y 134 
L 134    E 135 
A 135    V 136 
A 136    R 137 
I 137    I 138 
A 138    L 139 
T 139    T 140 
G 140    A 141 
D 141    D 142 
G 142    K 143 
W 143    D 144 
G 144    L 145 
L 145    Y 146 
A 146    Q 147 
F 147    L 148 
L 148    L 149 
D 149    S 150 
V 150    D 151 
S 151    R 152 
T 152    I 153 
G 153    H 154 
E 154    V 155 
F 155    L 156 
K 156    H 157 
G 157    P 158 
T 158    E 159 
V 159    G 160 
L 160    Y 161 
K 161    L 162 
S 162    I 163 
K 163    T 164 
S 164    P 165 
A 165    A 166 
L 166    W 167 
Y 167    L 168 
D 168    W 169 
E 169    E 170 
L 170    K 171 
F 171    Y 172 
R 172    G 173 
H 173    L 174 
R 174    R 175 
P 175    P 176 
A 176    D 177 
E 177    Q 178 
L 180    W 179 
A 181    A 180 
P 182    D 181 
E 183    Y 182 
L 184    R 183 
L 185    A 184 
E 186    L 185 
N 187    T 186 
G 188    G 187 
A 189    D 188 
F 190    E 189 
L 191    S 190 
D 192    D 191 
E 193    N 192 
F 194    L 193 
R 195    P 194 
K 196    G 195 
R 197    V 196 
F 198    K 197 
P 199    G 198 
V 200    I 199 
M 201    G 200 
L 202    E 201 
S 203    K 202 
E 204    T 203 
A 205    A 204 
P 206    R 205 
F 207    K 206 
E 208    L 207 
P 209    L 208 
E 210    E 209 
G 211    E 210 
E 212    W 211 
G 213    G 212 
P 214    S 213 
L 215    L 214 
A 216    E 215 
L 217    A 216 
R 218    L 217 
R 219    L 218 
A 220    K 219 
R 221    N 220 
G 222    L 221 
A 223    D 222 
L 224    R 223 
L 225    L 224 
A 226    K 225 
Y 227    P 226 
A 228    A 227 
Q 229    I 228 
R 230    R 229 
T 231    E 230 
Q 232    K 231 
G 233    I 232 
G 234    L 233 
A 235    A 234 
L 236    H 235 
S 237    M 236 
L 238    D 237 
Q 239    D 238 
P 240    L 239 
F 241    K 240 
R 242    L 241 
F 243    S 242 
Y 244    W 243 
D 245    D 244 
P 246    L 245 
G 247    A 246 
A 248    K 247 
F 249    V 248 
M 250    R 249 
R 251    T 250 
L 252    D 251 
P 253    L 252 
E 254    P 253 
A 255    L 254 
T 256    E 255 
L 257    V 256 
R 258    D 257 
A 259    F 258 
L 260    A 259 
E 261    K 260 
V 262    R 261 
F 263    R 262 
E 264    E 263 
P 265    P 264 
L 266    D 265 
R 267    R 266 
D 270    E 267 
T 271    R 268 
L 272    L 269 
F 273    R 270 
S 274    A 271 
V 275    F 272 
L 276    L 273 
D 277    E 274 
E 278    R 275 
T 279    L 276 
R 280    E 277 
T 281    F 278 
A 282    G 279 
P 283    S 280 
G 284    L 281 
R 285    L 282 
R 286    H 283 
L 287    E 284 
L 288    F 285 
Q 289    G 286 
S 290    L 287 
W 291    L 288 
L 292    E 289 
R 293    S 290 
H 294    P 291 
P 295    K 292 
L 296    A 293 
L 297    L 294 
D 298    E 295 
R 299    E 296 
G 300    A 297 
P 301    P 298 
L 302    W 299 
E 303    P 300 
A 304    P 301 
R 305    P 302 
L 306    E 303 
D 307    G 304 
R 308    A 305 
V 309    F 306 
E 310    V 307 
G 311    G 308 
F 312    F 309 
V 313    V 310 
R 314    L 311 
E 315    S 312 
L 318    R 313 
R 319    K 314 
E 320    E 315 
G 321    P 316 
V 322    M 317 
R 323    W 318 
R 324    A 319 
L 325    D 320 
L 326    L 321 
Y 327    L 322 
R 328    A 323 
L 329    L 324 
A 330    A 325 
D 331    A 326 
L 332    A 327 
E 333    R 328 
A 336    G 329 
T 337    G 330 
R 338    R 331 
L 339    V 332 
E 340    H 333 
L 341    R 334 
G 342    A 335 
R 343    P 336 
A 344    E 337 
S 345    P 338 
P 346    Y 339 
K 347    K 340 
D 348    A 341 
L 349    L 342 
G 350    R 343 
A 351    D 344 
L 352    L 345 
R 353    K 346 
R 354    E 347 
S 355    A 348 
L 356    R 349 
Q 357    G 350 
I 358    L 351 
L 359    L 352 
P 360    A 353 
E 361    K 354 
L 362    D 355 
R 363    L 356 
A 364    S 357 
L 365    V 358 
L 366    L 359 
G 367    A 360 
E 368    L 361 
E 369    R 362 
V 370    E 363 
G 371    G 364 
L 372    L 365 
P 373    G 366 
L 375    L 367 
S 376    P 368 
P 377    P 369 
L 378    G 370 
K 379    D 371 
E 380    D 372 
E 381    P 373 
L 382    M 374 
E 383    L 375 
A 384    L 376 
A 385    A 377 
L 386    Y 378 
V 387    L 379 
E 388    L 380 
D 389    D 381 
P 390    P 382 
P 391    S 383 
L 392    N 384 
K 393    T 385 
V 394    T 386 
S 395    P 387 
E 396    E 388 
G 397    G 389 
G 398    V 390 
L 399    A 391 
I 400    R 392 
R 401    R 393 
E 402    Y 394 
G 403    G 395 
Y 404    E 401 
D 405    A 402 
P 406    G 403 
D 407    E 404 
L 408    R 405 
D 409    A 406 
A 410    A 407 
L 411    L 408 
R 412    S 409 
A 413    E 410 
A 414    R 411 
H 415    L 412 
R 416    F 413 
E 417    A 414 
G 418    N 415 
V 419    L 416 
A 420    W 417 
Y 421    G 418 
F 422    R 419 
L 423    L 420 
E 424    E 421 
L 425    G 422 
E 426    E 423 
E 427    E 424 
R 428    R 431 
E 429    E 432 
R 430    V 433 
E 431    E 434 
R 432    R 435 
T 433    P 436 
G 434    L 437 
I 435    S 438 
P 436    A 439 
T 437    V 440 
L 438    L 441 
K 439    A 442 
V 440    H 443 
G 441    M 444 
Y 442    E 445 
N 443    A 446 
A 444    T 447 
V 445    G 448 
F 446    V 449 
G 447    R 450 
Y 448    L 451 
Y 449    D 452 
L 450    V 453 
E 451    A 454 
V 452    Y 455 
T 453    L 456 
R 454    R 457 
P 455    A 458 
Y 456    L 459 
Y 457    S 460 
E 458    L 461 
R 459    E 462 
V 460    V 463 
P 461    A 464 
K 462    E 465 
E 463    E 466 
Y 464    I 467 
R 465    A 468 
P 466    R 469 
V 467    L 470 
Q 468    E 471 
T 469    A 472 
L 470    E 473 
K 471    V 474 
D 472    F 475 
R 473    R 476 
Q 474    L 477 
R 475    A 478 
Y 476    F 482 
T 477    N 483 
L 478    L 484 
P 479    N 485 
E 480    S 486 
M 481    R 487 
K 482    D 488 
E 483    Q 489 
K 484    L 490 
E 485    E 491 
R 486    R 492 
E 487    V 493 
V 488    L 494 
Y 489    F 495 
R 490    D 496 
L 491    E 497 
E 492    L 498 
A 493    G 499 
L 494    L 500 
I 495    P 501 
R 496    A 502 
R 497    I 503 
R 498    G 504 
E 499    K 505 
E 500    T 506 
E 501    E 507 
V 502    K 508 
F 503    T 509 
L 504    G 510 
E 505    K 511 
R 507    R 512 
E 508    S 513 
R 509    T 514 
A 510    S 515 
K 511    A 516 
R 512    A 517 
Q 513    V 518 
A 514    L 519 
E 515    E 520 
A 516    A 521 
L 517    L 522 
R 518    R 523 
E 519    E 524 
A 520    A 525 
A 521    H 526 
R 522    P 527 
I 523    I 528 
L 524    V 529 
A 525    E 530 
E 526    K 531 
L 527    I 532 
D 528    L 533 
V 529    Q 534 
Y 530    Y 535 
A 531    R 536 
A 532    E 537 
L 533    L 538 
A 534    T 539 
E 535    K 540 
V 536    L 541 
A 537    K 542 
V 538    S 543 
G 541    T 544 
Y 542    Y 545 
V 543    I 546 
R 544    D 547 
P 545    P 548 
F 547    L 549 
G 548    P 550 
D 549    D 551 
R 550    L 552 
L 551    I 553 
Q 552    H 554 
I 553    P 555 
R 554    R 556 
A 555    T 557 
G 556    G 558 
R 557    R 559 
H 558    L 560 
P 559    H 561 
V 560    T 562 
V 561    R 563 
E 562    F 564 
R 563    N 565 
R 564    Q 566 
T 565    T 567 
E 566    A 568 
F 567    T 569 
V 568    A 570 
P 569    T 571 
N 570    G 572 
D 571    R 573 
L 572    L 574 
E 573    C 575 
M 574    C 576 
A 575    C 577 
H 576    D 578 
E 577    N 583 
L 578    I 584 
V 579    P 585 
L 580    V 586 
I 581    R 587 
T 582    T 588 
G 583    P 589 
P 584    L 590 
N 585    G 591 
M 586    Q 592 
A 587    R 593 
G 588    I 594 
K 589    R 595 
S 590    R 596 
T 591    G 597 
F 592    F 598 
L 593    I 599 
R 594    A 600 
Q 595    E 601 
T 596    E 602 
A 597    G 603 
L 598    W 604 
I 599    L 605 
A 600    L 606 
L 601    V 607 
L 602    A 608 
A 603    L 609 
Q 604    D 610 
V 605    Y 611 
G 606    S 612 
S 607    Q 613 
F 608    I 614 
V 609    E 615 
P 610    L 616 
A 611    R 617 
E 612    V 618 
E 613    L 619 
A 614    A 620 
H 615    H 621 
L 616    L 622 
P 617    S 623 
L 618    G 624 
F 619    D 625 
D 620    E 626 
G 621    N 627 
I 622    L 628 
Y 623    I 629 
T 624    R 630 
R 625    V 631 
I 626    F 632 
G 627    Q 633 
A 628    E 634 
S 629    G 635 
D 630    R 636 
D 631    D 637 
L 632    I 638 
A 633    H 639 
G 634    T 640 
G 635    E 641 
K 636    T 642 
S 637    A 643 
T 638    M 646 
F 639    F 647 
M 640    G 648 
V 641    V 649 
E 642    P 650 
M 643    R 651 
E 644    E 652 
E 645    A 653 
V 646    V 654 
A 647    D 655 
L 648    P 656 
I 649    L 657 
L 650    M 658 
K 651    R 659 
E 652    R 660 
A 653    A 661 
T 654    A 662 
E 655    K 663 
N 656    T 664 
S 657    I 665 
L 658    N 666 
V 659    F 667 
L 660    G 668 
L 661    V 669 
D 662    L 670 
E 663    Y 671 
V 664    G 672 
G 665    M 673 
R 666    S 674 
G 667    A 675 
T 668    H 676 
S 669    R 677 
S 670    L 678 
L 671    S 679 
D 672    Q 680 
G 673    E 681 
V 674    L 682 
A 675    A 683 
I 676    I 684 
A 677    P 685 
T 678    Y 686 
A 679    E 687 
V 680    E 688 
A 681    A 689 
E 682    Q 690 
A 683    A 691 
L 684    F 692 
H 685    I 693 
E 686    E 694 
R 687    R 695 
R 688    Y 696 
A 689    F 697 
Y 690    Q 698 
T 691    S 699 
L 692    F 700 
F 693    P 701 
A 694    K 702 
T 695    V 703 
H 696    R 704 
Y 697    A 705 
F 698    W 706 
E 699    I 707 
L 700    E 708 
T 701    K 709 
A 702    T 710 
L 703    L 711 
G 704    E 712 
L 705    E 713 
P 706    G 714 
R 707    R 715 
L 708    V 720 
K 709    E 721 
N 710    T 722 
L 711    L 723 
H 712    F 724 
V 713    G 725 
A 714    R 726 
A 715    R 727 
R 716    R 728 
E 717    Y 729 
E 718    V 730 
A 719    P 731 
G 720    D 732 
G 721    L 733 
L 722    E 734 
V 723    A 735 
F 724    R 736 
Y 725    V 737 
H 726    K 738 
Q 727    S 739 
V 728    V 740 
L 729    R 741 
P 730    E 742 
G 731    A 743 
P 732    A 744 
A 733    E 745 
S 734    R 746 
K 735    M 747 
S 736    A 748 
Y 737    F 749 
G 738    N 750 
V 739    M 751 
E 740    P 752 
V 741    V 753 
A 742    Q 754 
A 743    G 755 
M 744    T 756 
A 745    A 757 
G 746    A 758 
L 747    L 760 
P 748    M 761 
K 749    K 762 
E 750    L 763 
V 751    A 764 
V 752    M 765 
A 753    V 766 
R 754    K 767 
A 755    L 768 
R 756    F 769 
A 757    P 770 
L 758    R 771 
L 759    L 772 
Q 760    E 773 
A 761    E 774 
M 762    M 775 
A 763    G 776 
A 764    A 777 
R 765    R 778 
R 766    M 779 
E 767    E 786 
G 768    L 787 
A 769    V 788 
L 770    L 789 
D 771    E 790 
A 772    A 791 
V 773    P 792 
L 774    K 793 
E 775    E 794 
R 776    R 795 
L 777    A 796 
L 778    E 797 
A 779    A 798 
L 780    V 799 
D 781    A 800 
P 782    R 801 
D 783    L 802 
R 784    A 803 
L 785    K 804 
T 786    E 805 
P 787    V 806 
L 788    M 807 
E 789    E 808 
A 790    G 809 
L 791    V 810 
R 792    Y 811 
L 793    P 812 
L 794    L 813 
Q 795    A 814 
E 796    V 815 
L 797    P 816 
K 798    L 817 
A 799    E 818 
L 800    V 819 
A 801    E 820 
L 802    V 821 
G 803    G 822 
A 804    I 823 
P 805    G 824 
L 806    E 825 
D 807    D 826 
T 808    W 827 
M 809    L 828 
K 810    S 829 
G 811    A 830 
TER    
END      


