

PFRMAT AL
TARGET T0124
AUTHOR 9885-9936-6780
METHOD Smith-Waterman alignment of secondary structure and
METHOD sequence
MODEL 1
PARENT 1dg3_A
L  895   S  325
A  896   A  326
E  897   A  327
L  898   V  328
Q  899   Q  329
Q  900   K  330
M  901   I  332
K  902   A  333
L  903   H  334
F  904   Y  335
L  905   E  336
K  906   Q  337
L  907   Q  338
L  908   Q  341
K  909   K  342
K  910   V  343
Q  911   Q  344
E  912   E  348
E  914   S  349
L  915   L  350
K  916   Q  351
E  917   E  352
L  918   L  353
E  919   L  354
R  920   D  355
K  921   L  356
G  922   H  357
S  923   R  358
K  924   D  359
R  925   S  360
R  926   E  361
E  927   R  362
E  928   E  363
L  929   A  364
L  930   I  365
Q  931   E  366
K  932   V  367
Y  933   F  368
S  934   I  369
V  935   R  370
L  936   S  371
P  940   S  372
Y  942   F  373
R  944   K  374
G  945   D  375
L  979   V  376
D  980   D  377
S  981   K  382
Q  982   E  383
V  983   L  384
V  984   A  385
E  985   A  386
L  986   Q  387
K  987   L  388
E  988   E  389
R  989   K  390
L  990   K  391
E  991   R  392
M  992   D  393
E  993   D  394
L  994   F  395
I  995   C  396
H  996   K  397
L  997   Q  398
G  998   N  399
E  999   Q  400
E 1000   E  401
Y 1001   A  402
H 1002   S  403
D 1003   D  405
G 1004   R  406
I 1005   C  407
R 1006   S  408
R 1007   G  409
R 1008   L  410
K 1009   L  411
E 1010   Q  412
Q 1011   V  413
A 1013   I  414
T 1014   F  415
Q 1016   S  416
A 1018   P  417
K 1019   L  418
I 1020   E  419
T 1021   E  420
E 1022   E  421
L 1023   V  422
A 1024   K  423
R 1025   R  434
E 1026   V  437
K 1027   Q  438
Q 1028   K  439
I 1029   L  440
A 1030   Q  441
E 1031   D  442
L 1032   L  443
K 1033   K  444
A 1034   K  445
L 1035   K  446
K 1036   Y  447
E 1037   Y  448
S 1038   E  449
S 1039   E  450
E 1040   P  451
S 1041   R  452
N 1042   Q  456
I 1043   A  457
K 1044   E  458
D 1045   E  459
I 1046   I  460
K 1047   L  461
K 1048   Q  462
K 1049   T  463
L 1050   L  465
E 1051   K  466
A 1052   S  467
K 1053   K  468
R 1054   E  469
L 1055   S  470
D 1056   M  471
R 1057   T  472
I 1058   D  473
Q 1059   A  474
V 1060   I  475
M 1061   L  476
M 1062   Q  477
R 1063   T  478
S 1064   D  479
T 1065   T  481
S 1066   L  482
D 1067   T  483
K 1068   E  484
A 1069   K  485
A 1070   E  486
Q 1071   K  487
E 1072   E  488
R 1073   I  489
L 1074   E  490
K 1075   V  491
K 1076   E  492
E 1077   R  493
I 1078   V  494
N 1079   K  495
N 1080   A  496
S 1081   E  497
H 1082   S  498
I 1083   A  499
Q 1084   Q  500
E 1085   A  501
V 1086   S  502
V 1087   A  503
Q 1088   K  504
T 1089   M  505
I 1090   L  506
K 1091   H  507
L 1092   E  508
L 1093   M  509
T 1094   Q  510
E 1095   R  511
K 1096   K  512
T 1097   N  513
A 1098   E  514
R 1099   Q  515
Y 1100   M  516
Q 1101   M  517
Q 1102   E  518
K 1103   Q  519
L 1104   K  520
E 1105   E  521
E 1106   R  522
K 1107   S  523
Q 1108   Y  524
A 1109   Q  525
E 1110   E  526
N 1111   H  527
L 1112   L  528
R 1113   K  529
A 1114   Q  530
I 1115   L  531
Q 1116   T  532
E 1117   E  533
K 1118   K  534
E 1119   M  535
G 1120   E  536
Q 1121   N  537
L 1122   D  538
Q 1123   R  539
Q 1124   V  540
E 1125   Q  541
A 1126   L  542
V 1127   L  543
A 1128   K  544
E 1129   E  545
Y 1130   Q  546
E 1131   E  547
E 1132   R  548
K 1133   T  549
L 1134   L  550
K 1135   A  551
T 1136   L  552
L 1137   K  553
V 1139   L  554
E 1140   Q  555
V 1141   E  556
Q 1142   Q  557
E 1143   E  558
M 1144   Q  559
V 1145   L  560
K 1146   L  561
Y 1148   F  565
M 1149   Q  566
K 1150   K  567
E 1151   E  568
V 1152   S  569
TER
END
-------------------------------------------------------------
Ajay K. Royyuru, PhD                   Phone: (914) 945-1335
Manager, Structural Biology            Fax: (914) 945-4104
Computational Biology Center          mailto:ajayr@us.ibm.com
IBM Research                                 --- IBM Internal ---
T. J. Watson Research Center           Phone: T/L 862-1335
P.O. Box 218, Route 134                  Fax: T/L 862-4104
Yorktown Heights, NY 10598            Office: 13-106D


