
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  --------------- 06/2006            #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

# Molecule1: number of CA atoms  142 (  142),  selected  142 , name T0378TS168_5-D2
# Molecule2: number of CA atoms  142 ( 1079),  selected  142 , name T0378_D2.pdb
# PARAMETERS: T0378TS168_5-D2.T0378_D2.pdb  -3  -ie  -o1  -sda  -d:4  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:   142       100 - 254         2.80     2.80
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    82       100 - 181         1.95     3.64
  LCS_AVERAGE:     44.38

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    25       106 - 130         0.96     3.76
  LCS_AVERAGE:      9.94

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2    LENGTH_OF_THE
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE         CONTINUOUS
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER          SEGMENT     GLOBAL DISTANCE TEST - GDT_DATA_COLUMNS                             NUMBER OF THE RESIDUES:  142
LCS_GDT     G     100     G     100      4   82  142     4   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     101     L     101      4   82  142     4   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     102     T     102      7   82  142     3   13   32   66   90  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     103     L     103      7   82  142     4    8   24   54   84  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     104     L     104      7   82  142     4   11   32   66   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     105     L     105     21   82  142     6   19   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     D     106     D     106     25   82  142     7   22   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     107     G     107     25   82  142    10   24   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     108     V     108     25   82  142    10   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Q     109     Q     109     25   82  142     3   19   45   74   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     D     110     D     110     25   82  142     6   19   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     111     P     111     25   82  142    14   22   45   77   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     112     G     112     25   82  142    14   22   44   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     N     113     N     113     25   82  142    14   22   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     114     V     114     25   82  142    14   22   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     115     G     115     25   82  142    14   22   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     116     T     116     25   82  142    14   22   45   78   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     117     I     117     25   82  142    14   22   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     118     L     118     25   82  142    14   22   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     119     R     119     25   82  142    14   22   45   77   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     120     T     120     25   82  142    14   22   45   74   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     121     A     121     25   82  142    14   22   45   74   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     D     122     D     122     25   82  142    14   22   45   74   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     W     123     W     123     25   82  142    14   21   45   71   98  110  119  126  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     F     124     F     124     25   82  142     6   22   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     125     G     125     25   82  142     4   12   36   67   97  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     126     I     126     25   82  142     4   12   36   67   95  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     127     R     127     25   82  142     6   20   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     H     128     H     128     25   82  142     4   20   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     129     V     129     25   82  142    14   22   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     W     130     W     130     25   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     131     L     131     23   82  142     6   17   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     132     G     132     23   82  142     6   17   47   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     133     T     133     15   82  142     3   13   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     134     G     134      4   82  142     3   16   41   77   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     135     S     135      9   82  142     4    5   14   35   65  101  116  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     136     A     136     12   82  142     4   13   36   71   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     D     137     D     137     12   82  142     4   13   36   71   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     138     V     138     12   82  142     3    7   23   68   96  109  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     F     139     F     139     13   82  142     4   21   45   74   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     140     S     140     13   82  142     7   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     141     P     141     13   82  142     6   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     K     142     K     142     13   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     143     V     143     13   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     144     V     144     13   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Q     145     Q     145     13   82  142    10   21   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     146     A     146     13   82  142    10   21   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     147     S     147     13   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     M     148     M     148     13   82  142     3   20   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     149     G     149     13   82  142     9   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     150     A     150     13   82  142     3   21   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     151     L     151     13   82  142     3   19   45   74   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     152     A     152      6   82  142     3    7   23   39   81  107  116  124  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     153     R     153     14   82  142     8   22   47   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     154     V     154     14   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Q     155     Q     155     14   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     156     P     156     14   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     157     T     157     15   82  142     6   22   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     158     P     158     15   82  142     5   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     159     L     159     16   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     K     160     K     160     16   82  142     9   19   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     N     161     N     161     16   82  142     5   23   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     162     T     162     16   82  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     163     V     163     16   82  142     9   21   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     D     164     D     164     16   82  142     9   21   45   77   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     165     T     165     16   82  142     9   18   46   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     166     L     166     16   82  142     9   21   46   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     167     A     167     16   82  142     9   14   36   61   93  108  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Y     168     Y     168     16   82  142     9   14   28   54   92  108  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     F     169     F     169     16   82  142     8   14   34   61   93  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     170     R     170     16   82  142     9   14   36   58   93  108  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     171     R     171     16   82  142     5   10   16   26   61   86  109  120  129  133  136  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Q     172     Q     172     16   82  142     3    5   24   61   93  108  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     173     G     173     16   82  142     3   14   28   61   93  108  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     174     I     174     16   82  142     8   18   43   73   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     175     P     175      7   82  142     3    5   18   39   72  108  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     176     V     176      7   82  142     3   12   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Y     177     Y     177      7   82  142     3   10   44   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     178     G     178      7   82  142     7   21   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     179     A     179      7   82  142     9   21   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     F     180     F     180      7   82  142     3   16   45   68   93  107  119  123  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     181     L     181      7   82  142     3   21   45   73   96  109  119  126  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     D     182     D     182      5   80  142     4   16   41   77   97  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     183     G     183      5   13  142     3    7   19   42   82  107  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Q     184     Q     184      5   13  142     3    6   13   29   72   96  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     185     S     185      5   13  142     3    7   15   34   72   94  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     186     L     186      5   13  142     3    8   13   34   62   94  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     Y     187     Y     187      3    7  142     3   15   19   26   36   65  109  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     E     188     E     188      3    7  142     3    3    4    4   27   44   80  107  126  134  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     189     A     189      3    7  142     3    7   26   52   81   99  111  121  130  134  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     190     P     190      3    7  142     5   11   36   63   89  107  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     191     L     191      4   13  142     3    5   10   24   56   88  106  122  131  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     192     P     192      4   13  142     3    4   10   14   19   55   77  106  123  131  137  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     N     193     N     193      4   14  142     3    4   10   14   26   55   70   99  122  131  137  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     F     194     F     194      4   14  142     3    7   10   14   24   55   70  106  123  131  137  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     195     T     195      4   24  142     3    7   11   33   60   92  109  122  131  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     E     196     E     196      4   25  142     3   12   32   59   92  107  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     197     P     197      4   25  142     3    4   10   17   55   94  113  124  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     198     A     198      6   44  142     3   19   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     199     I     199      6   44  142     6   18   43   74   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     200     L     200      6   44  142     6   18   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     201     V     201      6   44  142     6   21   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     202     L     202      6   44  142     6   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     203     G     203      6   44  142     4    7   27   53   90  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     204     S     204      5   44  142    10   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     E     205     E     205      5   44  142     4   12   41   73   97  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     206     G     206     13   44  142     4   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     207     R     207     13   44  142     5   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     G     208     G     208     13   44  142     3   19   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     209     I     209     13   44  142     8   19   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     210     S     210     13   44  142     6   23   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     P     211     P     211     13   44  142     5   21   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     E     212     E     212     13   44  142     6   18   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     213     V     213     13   44  142     6   18   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     214     A     214     13   44  142     5   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     215     A     215     13   44  142     5   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     E     216     E     216     13   44  142     4   23   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     217     I     217     13   44  142    11   21   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     218     T     218     13   44  142     8   18   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     D     219     D     219      5   44  142     3   15   23   48   87  107  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     220     R     220      5   44  142    10   15   24   48   87  106  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     221     L     221      5   44  142     3    5   10   17   26   46   72  107  124  131  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     222     T     222     18   44  142     3    9   22   42   77  103  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     223     I     223     18   44  142     3   23   45   77   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     237     L     237     18   44  142     3   18   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     N     238     N     238     18   44  142     3   23   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     V     239     V     239     18   44  142    11   15   22   52   89  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     240     A     240     18   44  142    11   15   32   72   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     241     I     241     18   44  142    11   18   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     242     A     242     18   44  142    11   19   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     T     243     T     243     18   44  142    11   19   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     A     244     A     244     18   44  142    11   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     I     245     I     245     18   44  142    11   23   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     L     246     L     246     18   44  142    11   19   45   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     C     247     C     247     18   44  142    11   23   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     248     S     248     18   44  142    11   24   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     E     249     E     249     18   44  142    11   15   37   77   97  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     W     250     W     250     18   44  142    11   15   39   77   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     251     R     251     18   44  142    11   23   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     252     R     252     18   44  142     9   15   27   56   90  107  118  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     R     253     R     253     18   44  142     4   20   40   78   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_GDT     S     254     S     254     17   44  142     9   25   49   79   99  110  119  127  133  135  138  139  142  142  142  142  142  142  142  142 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  51.44  (   9.94   44.38  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (the largest set of residues that can fit under specified DISTANCE_CUTOFF)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_CA     14     25     49     79     99    110    119    127    133    135    138    139    142    142    142    142    142    142    142    142 
GDT PERCENT_CA   9.86  17.61  34.51  55.63  69.72  77.46  83.80  89.44  93.66  95.07  97.18  97.89 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.20   0.79   1.08   1.46   1.65   1.82   1.99   2.25   2.37   2.46   2.58   2.62   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80
GDT RMS_ALL_CA   4.72   2.94   2.89   2.89   2.91   2.89   2.96   2.82   2.82   2.81   2.81   2.81   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80   2.80

#      Molecule1      Molecule2       DISTANCE
LGA    G     100      G     100          0.824
LGA    L     101      L     101          0.999
LGA    T     102      T     102          2.752
LGA    L     103      L     103          3.255
LGA    L     104      L     104          2.721
LGA    L     105      L     105          1.670
LGA    D     106      D     106          2.073
LGA    G     107      G     107          1.746
LGA    V     108      V     108          0.692
LGA    Q     109      Q     109          2.964
LGA    D     110      D     110          1.841
LGA    P     111      P     111          2.296
LGA    G     112      G     112          2.537
LGA    N     113      N     113          2.625
LGA    V     114      V     114          2.226
LGA    G     115      G     115          2.411
LGA    T     116      T     116          2.912
LGA    I     117      I     117          2.721
LGA    L     118      L     118          2.577
LGA    R     119      R     119          3.202
LGA    T     120      T     120          3.573
LGA    A     121      A     121          3.243
LGA    D     122      D     122          3.630
LGA    W     123      W     123          4.440
LGA    F     124      F     124          3.327
LGA    G     125      G     125          3.382
LGA    I     126      I     126          3.315
LGA    R     127      R     127          1.711
LGA    H     128      H     128          1.515
LGA    V     129      V     129          2.142
LGA    W     130      W     130          1.010
LGA    L     131      L     131          1.713
LGA    G     132      G     132          1.841
LGA    T     133      T     133          1.523
LGA    G     134      G     134          1.970
LGA    S     135      S     135          3.957
LGA    A     136      A     136          2.800
LGA    D     137      D     137          3.076
LGA    V     138      V     138          3.201
LGA    F     139      F     139          2.877
LGA    S     140      S     140          1.811
LGA    P     141      P     141          1.460
LGA    K     142      K     142          1.118
LGA    V     143      V     143          1.051
LGA    V     144      V     144          0.773
LGA    Q     145      Q     145          1.430
LGA    A     146      A     146          1.572
LGA    S     147      S     147          0.656
LGA    M     148      M     148          1.943
LGA    G     149      G     149          1.494
LGA    A     150      A     150          2.907
LGA    L     151      L     151          2.791
LGA    A     152      A     152          4.930
LGA    R     153      R     153          2.641
LGA    V     154      V     154          0.938
LGA    Q     155      Q     155          1.132
LGA    P     156      P     156          0.943
LGA    T     157      T     157          1.461
LGA    P     158      P     158          1.912
LGA    L     159      L     159          0.791
LGA    K     160      K     160          1.912
LGA    N     161      N     161          1.442
LGA    T     162      T     162          0.961
LGA    V     163      V     163          1.413
LGA    D     164      D     164          0.916
LGA    T     165      T     165          1.061
LGA    L     166      L     166          1.340
LGA    A     167      A     167          2.930
LGA    Y     168      Y     168          3.339
LGA    F     169      F     169          2.883
LGA    R     170      R     170          3.867
LGA    R     171      R     171          5.794
LGA    Q     172      Q     172          3.565
LGA    G     173      G     173          3.992
LGA    I     174      I     174          2.356
LGA    P     175      P     175          3.237
LGA    V     176      V     176          1.311
LGA    Y     177      Y     177          1.682
LGA    G     178      G     178          3.010
LGA    A     179      A     179          3.161
LGA    F     180      F     180          5.069
LGA    L     181      L     181          4.457
LGA    D     182      D     182          1.782
LGA    G     183      G     183          2.549
LGA    Q     184      Q     184          3.249
LGA    S     185      S     185          3.567
LGA    L     186      L     186          3.531
LGA    Y     187      Y     187          3.967
LGA    E     188      E     188          6.218
LGA    A     189      A     189          6.122
LGA    P     190      P     190          3.064
LGA    L     191      L     191          4.928
LGA    P     192      P     192          6.965
LGA    N     193      N     193          7.217
LGA    F     194      F     194          6.729
LGA    T     195      T     195          5.238
LGA    E     196      E     196          3.312
LGA    P     197      P     197          4.352
LGA    A     198      A     198          1.348
LGA    I     199      I     199          2.013
LGA    L     200      L     200          2.278
LGA    V     201      V     201          1.698
LGA    L     202      L     202          1.837
LGA    G     203      G     203          3.665
LGA    S     204      S     204          0.447
LGA    E     205      E     205          2.203
LGA    G     206      G     206          2.577
LGA    R     207      R     207          2.604
LGA    G     208      G     208          2.656
LGA    I     209      I     209          2.006
LGA    S     210      S     210          1.460
LGA    P     211      P     211          2.221
LGA    E     212      E     212          2.115
LGA    V     213      V     213          2.113
LGA    A     214      A     214          1.828
LGA    A     215      A     215          1.336
LGA    E     216      E     216          0.696
LGA    I     217      I     217          1.093
LGA    T     218      T     218          2.166
LGA    D     219      D     219          3.703
LGA    R     220      R     220          3.773
LGA    L     221      L     221          5.972
LGA    T     222      T     222          4.132
LGA    I     223      I     223          0.687
LGA    L     237      L     237          3.213
LGA    N     238      N     238          0.520
LGA    V     239      V     239          3.580
LGA    A     240      A     240          3.013
LGA    I     241      I     241          2.647
LGA    A     242      A     242          2.290
LGA    T     243      T     243          2.000
LGA    A     244      A     244          1.543
LGA    I     245      I     245          1.230
LGA    L     246      L     246          1.614
LGA    C     247      C     247          1.198
LGA    S     248      S     248          0.525
LGA    E     249      E     249          1.667
LGA    W     250      W     250          1.720
LGA    R     251      R     251          0.950
LGA    R     252      R     252          2.642
LGA    R     253      R     253          2.279
LGA    S     254      S     254          0.847

#              N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS     LGA_S     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  142  142    4.0    127    2.25    65.669    66.030     5.395

LGA_LOCAL      RMSD =  2.254  Number of atoms =  127  DIST =   4.00
LGA_ALL_ATOMS  RMSD =  2.877  Number of atoms =  142 
Std_ALL_ATOMS  RMSD =  2.803  (standard rmsd on all 142 assigned CA atoms) 

Unitary ROTATION matrix and the shift VECTOR superimpose MOLECULES  (1=>2)
  X_new =  -0.529847 * X  +  -0.777660 * Y  +   0.338389 * Z  +  20.730448
  Y_new =  -0.161446 * X  +  -0.299216 * Y  +  -0.940428 * Z  +   9.424580
  Z_new =   0.832584 * X  +  -0.552915 * Y  +   0.032988 * Z  +  46.082230 

Euler angles from the ROTATION matrix (XYZ convention, two solutions)
  Psi   =  -1.511204    1.630388  [ DEG:   -86.5856     93.4144 ]
  Theta =  -0.983757   -2.157835  [ DEG:   -56.3651   -123.6349 ]
  Phi   =  -2.845826    0.295766  [ DEG:  -163.0538     16.9462 ]
 
# END of job
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Citing LGA: 
REMARK   Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in  
REMARK   Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, 
REMARK   No. 13, pp. 3370-3374. 
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Superimposed MOLECULES (1=>2)   Output: 1 molecule      
REMARK     1: T0378TS168_5-D2                               
REMARK     2: T0378_D2.pdb                                  
REMARK   GDT and LCS analysis
REMARK   FIXED Atom-Atom correspondence
REMARK   LGA parameters: T0378TS168_5-D2.T0378_D2.pdb -3 -ie -o1 -sda -d:4 
REMARK   #CA        N1   N2  DIST    N   RMSD   LGA_S  RMSD_global
REMARK   SUMMARY:  142  142   4.0  127   2.25  66.030     2.80
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
MOLECULE T0378TS168_5-D2
PFRMAT TS
TARGET T0378
MODEL 5
PARENT N/A
ATOM    100  CA  GLY   100      18.821  -6.953  48.861  1.00 25.00           C
ATOM    101  CA  LEU   101      20.382  -4.543  46.293  1.00 25.00           C
ATOM    102  CA  THR   102      20.512  -1.045  44.915  1.00 25.00           C
ATOM    103  CA  LEU   103      20.974   2.565  43.826  1.00 25.00           C
ATOM    104  CA  LEU   104      24.656   3.556  44.049  1.00 25.00           C
ATOM    105  CA  LEU   105      26.647   6.205  42.323  1.00 25.00           C
ATOM    106  CA  ASP   106      30.356   6.171  43.048  1.00 25.00           C
ATOM    107  CA  GLY   107      31.665   9.689  42.598  1.00 25.00           C
ATOM    108  CA  VAL   108      28.459  10.602  40.700  1.00 25.00           C
ATOM    109  CA  GLN   109      27.684  13.338  38.192  1.00 25.00           C
ATOM    110  CA  ASP   110      24.561  14.791  36.577  1.00 25.00           C
ATOM    111  CA  PRO   111      22.372  14.029  39.524  1.00 25.00           C
ATOM    112  CA  GLY   112      19.733  13.002  36.947  1.00 25.00           C
ATOM    113  CA  ASN   113      21.287   9.510  36.710  1.00 25.00           C
ATOM    114  CA  VAL   114      21.245   9.205  40.527  1.00 25.00           C
ATOM    115  CA  GLY   115      17.563  10.260  40.595  1.00 25.00           C
ATOM    116  CA  THR   116      16.743   7.653  37.911  1.00 25.00           C
ATOM    117  CA  ILE   117      18.568   4.961  39.933  1.00 25.00           C
ATOM    118  CA  LEU   118      16.613   5.959  43.072  1.00 25.00           C
ATOM    119  CA  ARG   119      13.326   5.761  41.118  1.00 25.00           C
ATOM    120  CA  THR   120      14.281   2.288  39.816  1.00 25.00           C
ATOM    121  CA  ALA   121      15.095   1.148  43.380  1.00 25.00           C
ATOM    122  CA  ASP   122      11.716   2.472  44.603  1.00 25.00           C
ATOM    123  CA  TRP   123       9.933   0.609  41.771  1.00 25.00           C
ATOM    124  CA  PHE   124      12.221  -2.370  41.702  1.00 25.00           C
ATOM    125  CA  GLY   125      11.968  -4.332  44.949  1.00 25.00           C
ATOM    126  CA  ILE   126      15.246  -3.168  46.482  1.00 25.00           C
ATOM    127  CA  ARG   127      15.064  -0.649  49.341  1.00 25.00           C
ATOM    128  CA  HIS   128      18.575   0.644  49.549  1.00 25.00           C
ATOM    129  CA  VAL   129      21.444   2.874  48.456  1.00 25.00           C
ATOM    130  CA  TRP   130      24.430   5.088  49.422  1.00 25.00           C
ATOM    131  CA  LEU   131      24.610   7.988  46.900  1.00 25.00           C
ATOM    132  CA  GLY   132      28.372   8.507  47.099  1.00 25.00           C
ATOM    133  CA  THR   133      30.634  11.214  48.513  1.00 25.00           C
ATOM    134  CA  GLY   134      32.489  13.843  46.540  1.00 25.00           C
ATOM    135  CA  SER   135      31.068  14.887  43.181  1.00 25.00           C
ATOM    136  CA  ALA   136      27.281  14.607  42.990  1.00 25.00           C
ATOM    137  CA  ASP   137      24.237  16.594  44.065  1.00 25.00           C
ATOM    138  CA  VAL   138      22.363  14.103  46.228  1.00 25.00           C
ATOM    139  CA  PHE   139      19.760  16.792  47.128  1.00 25.00           C
ATOM    140  CA  SER   140      19.750  19.990  45.069  1.00 25.00           C
ATOM    141  CA  PRO   141      16.432  20.232  43.201  1.00 25.00           C
ATOM    142  CA  LYS   142      17.488  18.889  39.774  1.00 25.00           C
ATOM    143  CA  VAL   143      17.791  15.357  41.223  1.00 25.00           C
ATOM    144  CA  VAL   144      14.304  15.668  42.775  1.00 25.00           C
ATOM    145  CA  GLN   145      12.886  16.833  39.413  1.00 25.00           C
ATOM    146  CA  ALA   146      14.539  13.859  37.657  1.00 25.00           C
ATOM    147  CA  SER   147      13.057  11.469  40.256  1.00 25.00           C
ATOM    148  CA  MET   148       9.396  12.297  39.779  1.00 25.00           C
ATOM    149  CA  GLY   149       8.762  10.816  43.255  1.00 25.00           C
ATOM    150  CA  ALA   150      11.328   9.006  45.401  1.00 25.00           C
ATOM    151  CA  LEU   151      13.936  10.185  47.946  1.00 25.00           C
ATOM    152  CA  ALA   152      12.225   8.129  50.687  1.00 25.00           C
ATOM    153  CA  ARG   153      11.425   4.589  49.582  1.00 25.00           C
ATOM    154  CA  VAL   154      14.606   4.926  47.642  1.00 25.00           C
ATOM    155  CA  GLN   155      16.691   5.649  50.725  1.00 25.00           C
ATOM    156  CA  PRO   156      19.553   7.970  49.945  1.00 25.00           C
ATOM    157  CA  THR   157      22.601   9.079  52.048  1.00 25.00           C
ATOM    158  CA  PRO   158      25.898  10.490  50.877  1.00 25.00           C
ATOM    159  CA  LEU   159      28.171   8.829  53.350  1.00 25.00           C
ATOM    160  CA  LYS   160      30.593  11.460  54.773  1.00 25.00           C
ATOM    161  CA  ASN   161      33.375   8.916  54.166  1.00 25.00           C
ATOM    162  CA  THR   162      33.121   5.703  52.069  1.00 25.00           C
ATOM    163  CA  VAL   163      35.419   2.894  53.292  1.00 25.00           C
ATOM    164  CA  ASP   164      33.957   3.199  56.818  1.00 25.00           C
ATOM    165  CA  THR   165      30.408   3.027  55.388  1.00 25.00           C
ATOM    166  CA  LEU   166      31.344  -0.094  53.376  1.00 25.00           C
ATOM    167  CA  ALA   167      32.810  -1.713  56.523  1.00 25.00           C
ATOM    168  CA  TYR   168      29.606  -0.905  58.460  1.00 25.00           C
ATOM    169  CA  PHE   169      27.495  -2.442  55.659  1.00 25.00           C
ATOM    170  CA  ARG   170      29.673  -5.592  55.713  1.00 25.00           C
ATOM    171  CA  ARG   171      29.269  -5.836  59.513  1.00 25.00           C
ATOM    172  CA  GLN   172      27.414  -9.043  58.865  1.00 25.00           C
ATOM    173  CA  GLY   173      26.923 -10.127  55.301  1.00 25.00           C
ATOM    174  CA  ILE   174      26.319  -7.634  52.437  1.00 25.00           C
ATOM    175  CA  PRO   175      29.110  -5.948  50.463  1.00 25.00           C
ATOM    176  CA  VAL   176      30.821  -3.920  47.736  1.00 25.00           C
ATOM    177  CA  TYR   177      29.870  -3.708  44.076  1.00 25.00           C
ATOM    178  CA  GLY   178      30.088  -3.678  40.274  1.00 25.00           C
ATOM    179  CA  ALA   179      29.763  -2.896  36.608  1.00 25.00           C
ATOM    180  CA  PHE   180      32.680  -4.671  35.064  1.00 25.00           C
ATOM    181  CA  LEU   181      35.170  -4.442  32.206  1.00 25.00           C
ATOM    182  CA  ASP   182      37.875  -1.831  33.024  1.00 25.00           C
ATOM    183  CA  GLY   183      39.415  -4.733  34.910  1.00 25.00           C
ATOM    184  CA  GLN   184      37.704  -7.801  36.392  1.00 25.00           C
ATOM    185  CA  SER   185      35.734  -9.624  33.702  1.00 25.00           C
ATOM    186  CA  LEU   186      32.069 -10.621  33.485  1.00 25.00           C
ATOM    187  CA  TYR   187      29.108  -8.388  34.032  1.00 25.00           C
ATOM    188  CA  GLU   188      25.690  -9.743  33.036  1.00 25.00           C
ATOM    189  CA  ALA   189      24.571 -13.090  34.524  1.00 25.00           C
ATOM    190  CA  PRO   190      27.838 -13.327  36.510  1.00 25.00           C
ATOM    191  CA  LEU   191      30.353 -12.125  39.164  1.00 25.00           C
ATOM    192  CA  PRO   192      29.456 -15.193  41.146  1.00 25.00           C
ATOM    193  CA  ASN   193      25.958 -16.017  42.330  1.00 25.00           C
ATOM    194  CA  PHE   194      23.736 -12.993  42.934  1.00 25.00           C
ATOM    195  CA  THR   195      21.053 -12.448  45.540  1.00 25.00           C
ATOM    196  CA  GLU   196      23.490 -11.615  48.244  1.00 25.00           C
ATOM    197  CA  PRO   197      24.413  -8.563  46.224  1.00 25.00           C
ATOM    198  CA  ALA   198      25.184  -5.231  47.889  1.00 25.00           C
ATOM    199  CA  ILE   199      25.497  -1.666  46.532  1.00 25.00           C
ATOM    200  CA  LEU   200      25.398  -1.274  42.708  1.00 25.00           C
ATOM    201  CA  VAL   201      28.504   0.855  42.174  1.00 25.00           C
ATOM    202  CA  LEU   202      28.612   2.812  38.911  1.00 25.00           C
ATOM    203  CA  GLY   203      28.911   6.317  37.479  1.00 25.00           C
ATOM    204  CA  SER   204      31.576   9.023  37.030  1.00 25.00           C
ATOM    205  CA  GLU   205      31.434  10.507  33.564  1.00 25.00           C
ATOM    206  CA  GLY   206      34.935   9.574  32.440  1.00 25.00           C
ATOM    207  CA  ARG   207      37.466   8.314  34.992  1.00 25.00           C
ATOM    208  CA  GLY   208      34.966   5.428  35.409  1.00 25.00           C
ATOM    209  CA  ILE   209      35.554   5.450  39.129  1.00 25.00           C
ATOM    210  CA  SER   210      37.599   6.778  42.041  1.00 25.00           C
ATOM    211  CA  PRO   211      40.246   4.035  42.520  1.00 25.00           C
ATOM    212  CA  GLU   212      39.473   4.057  46.271  1.00 25.00           C
ATOM    213  CA  VAL   213      35.983   2.636  45.586  1.00 25.00           C
ATOM    214  CA  ALA   214      37.507  -0.119  43.405  1.00 25.00           C
ATOM    215  CA  ALA   215      40.006  -0.968  46.180  1.00 25.00           C
ATOM    216  CA  GLU   216      37.153  -1.144  48.728  1.00 25.00           C
ATOM    217  CA  ILE   217      36.090  -4.212  46.749  1.00 25.00           C
ATOM    218  CA  THR   218      35.960  -6.981  44.108  1.00 25.00           C
ATOM    219  CA  ASP   219      35.970  -4.938  40.899  1.00 25.00           C
ATOM    220  CA  ARG   220      35.118  -2.038  38.569  1.00 25.00           C
ATOM    221  CA  LEU   221      33.947   0.003  35.635  1.00 25.00           C
ATOM    222  CA  THR   222      31.647  -0.525  32.678  1.00 25.00           C
ATOM    223  CA  ILE   223      30.248  -3.285  30.415  1.00 25.00           C
ATOM    237  CA  LEU   237      26.716   4.743  28.218  1.00 25.00           C
ATOM    238  CA  ASN   238      27.698   7.710  30.428  1.00 25.00           C
ATOM    239  CA  VAL   239      24.580   7.806  32.670  1.00 25.00           C
ATOM    240  CA  ALA   240      20.855   7.008  33.054  1.00 25.00           C
ATOM    241  CA  ILE   241      21.152   4.242  30.422  1.00 25.00           C
ATOM    242  CA  ALA   242      24.181   2.786  32.258  1.00 25.00           C
ATOM    243  CA  THR   243      22.238   2.842  35.558  1.00 25.00           C
ATOM    244  CA  ALA   244      19.289   1.063  33.882  1.00 25.00           C
ATOM    245  CA  ILE   245      21.662  -1.591  32.470  1.00 25.00           C
ATOM    246  CA  LEU   246      23.192  -2.106  35.943  1.00 25.00           C
ATOM    247  CA  CYS   247      19.694  -2.488  37.454  1.00 25.00           C
ATOM    248  CA  SER   248      18.785  -5.056  34.763  1.00 25.00           C
ATOM    249  CA  GLU   249      22.005  -6.997  35.492  1.00 25.00           C
ATOM    250  CA  TRP   250      21.202  -6.970  39.236  1.00 25.00           C
ATOM    251  CA  ARG   251      17.667  -8.254  38.513  1.00 25.00           C
ATOM    252  CA  ARG   252      19.104 -11.050  36.325  1.00 25.00           C
ATOM    253  CA  ARG   253      19.361 -13.927  38.809  1.00 25.00           C
ATOM    254  CA  SER   254      16.069 -12.773  40.293  1.00 25.00           C
TER
END
