
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  --------------- 06/2006            #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

# Molecule1: number of CA atoms   13 (   52),  selected   13 , name T0318AL257_4-D2
# Molecule2: number of CA atoms  335 ( 2465),  selected  335 , name T0318_D2.pdb
# PARAMETERS: T0318AL257_4-D2.T0318_D2.pdb  -4  -ie  -o1  -sia  -d:5  
# Search for Atom-Atom correspondence
# Structure alignment analysis 

# WARNING! The change of the parameter DIST cutoff may give you better result.

#      Molecule1      Molecule2       DISTANCE
LGA    -       -      T     156           -
LGA    -       -      N     157           -
LGA    -       -      E     158           -
LGA    -       -      D     159           -
LGA    -       -      A     160           -
LGA    -       -      V     161           -
LGA    -       -      F     162           -
LGA    -       -      L     163           -
LGA    -       -      T     164           -
LGA    -       -      D     165           -
LGA    -       -      L     166           -
LGA    -       -      S     167           -
LGA    -       -      E     168           -
LGA    -       -      S     169           -
LGA    -       -      V     170           -
LGA    -       -      R     171           -
LGA    -       -      E     172           -
LGA    -       -      T     173           -
LGA    -       -      A     174           -
LGA    -       -      R     175           -
LGA    -       -      L     176           -
LGA    -       -      I     177           -
LGA    -       -      D     178           -
LGA    -       -      T     179           -
LGA    -       -      P     180           -
LGA    -       -      A     181           -
LGA    -       -      N     182           -
LGA    -       -      I     183           -
LGA    -       -      L     184           -
LGA    T     156      T     185          1.422
LGA    -       -      T     186           -
LGA    -       -      D     187           -
LGA    N     157      A     188          1.518
LGA    E     158      L     189          2.652
LGA    -       -      V     190           -
LGA    D     159      D     191          0.437
LGA    A     160      E     192          0.115
LGA    V     161      A     193          0.302
LGA    T     164      V     194          0.435
LGA    D     165      K     195          0.357
LGA    L     166      V     196          0.243
LGA    S     167      G     197          0.472
LGA    E     168      N     198          0.551
LGA    S     169      A     199          0.889
LGA    V     170      T     200          0.938
LGA    -       -      G     201           -
LGA    -       -      S     202           -
LGA    -       -      K     203           -
LGA    -       -      I     204           -
LGA    -       -      T     205           -
LGA    -       -      V     206           -
LGA    -       -      I     207           -
LGA    -       -      R     208           -
LGA    -       -      G     209           -
LGA    -       -      E     210           -
LGA    -       -      E     211           -
LGA    -       -      L     212           -
LGA    -       -      L     213           -
LGA    -       -      K     214           -
LGA    -       -      A     215           -
LGA    -       -      G     216           -
LGA    -       -      F     217           -
LGA    -       -      G     218           -
LGA    -       -      G     219           -
LGA    -       -      I     220           -
LGA    -       -      Y     221           -
LGA    -       -      H     222           -
LGA    -       -      V     223           -
LGA    -       -      G     224           -
LGA    -       -      K     225           -
LGA    -       -      A     226           -
LGA    -       -      G     227           -
LGA    -       -      P     228           -
LGA    -       -      T     229           -
LGA    -       -      P     230           -
LGA    -       -      P     231           -
LGA    -       -      A     232           -
LGA    -       -      F     233           -
LGA    -       -      V     234           -
LGA    -       -      V     235           -
LGA    -       -      L     236           -
LGA    -       -      S     237           -
LGA    -       -      H     238           -
LGA    -       -      E     239           -
LGA    -       -      V     240           -
LGA    -       -      P     241           -
LGA    -       -      G     242           -
LGA    -       -      S     243           -
LGA    -       -      T     244           -
LGA    -       -      E     245           -
LGA    -       -      H     246           -
LGA    -       -      I     247           -
LGA    -       -      A     248           -
LGA    -       -      L     249           -
LGA    -       -      V     250           -
LGA    -       -      G     251           -
LGA    -       -      K     252           -
LGA    -       -      G     253           -
LGA    -       -      V     254           -
LGA    -       -      V     255           -
LGA    -       -      Y     256           -
LGA    -       -      D     257           -
LGA    -       -      T     258           -
LGA    -       -      G     259           -
LGA    -       -      G     260           -
LGA    -       -      L     261           -
LGA    -       -      Q     262           -
LGA    -       -      I     263           -
LGA    -       -      K     264           -
LGA    -       -      T     265           -
LGA    -       -      K     266           -
LGA    -       -      T     267           -
LGA    -       -      G     268           -
LGA    -       -      M     269           -
LGA    -       -      P     270           -
LGA    -       -      N     271           -
LGA    -       -      M     272           -
LGA    -       -      K     273           -
LGA    -       -      R     274           -
LGA    -       -      D     275           -
LGA    -       -      M     276           -
LGA    -       -      G     277           -
LGA    -       -      G     278           -
LGA    -       -      A     279           -
LGA    -       -      A     280           -
LGA    -       -      G     281           -
LGA    -       -      M     282           -
LGA    -       -      L     283           -
LGA    -       -      E     284           -
LGA    -       -      A     285           -
LGA    -       -      Y     286           -
LGA    -       -      S     287           -
LGA    -       -      A     288           -
LGA    -       -      L     289           -
LGA    -       -      V     290           -
LGA    -       -      K     291           -
LGA    -       -      H     292           -
LGA    -       -      G     293           -
LGA    -       -      F     294           -
LGA    -       -      S     295           -
LGA    -       -      Q     296           -
LGA    -       -      T     297           -
LGA    -       -      L     298           -
LGA    -       -      H     299           -
LGA    -       -      A     300           -
LGA    -       -      C     301           -
LGA    -       -      L     302           -
LGA    -       -      C     303           -
LGA    -       -      I     304           -
LGA    -       -      V     305           -
LGA    -       -      E     306           -
LGA    -       -      N     307           -
LGA    -       -      N     308           -
LGA    -       -      V     309           -
LGA    -       -      S     310           -
LGA    -       -      P     311           -
LGA    -       -      I     312           -
LGA    -       -      A     313           -
LGA    -       -      N     314           -
LGA    -       -      K     315           -
LGA    -       -      P     316           -
LGA    -       -      D     317           -
LGA    -       -      D     318           -
LGA    -       -      I     319           -
LGA    -       -      I     320           -
LGA    -       -      K     321           -
LGA    -       -      M     322           -
LGA    -       -      L     323           -
LGA    -       -      S     324           -
LGA    -       -      G     325           -
LGA    -       -      K     326           -
LGA    -       -      T     327           -
LGA    -       -      V     328           -
LGA    -       -      E     329           -
LGA    -       -      I     330           -
LGA    -       -      N     331           -
LGA    -       -      N     332           -
LGA    -       -      T     333           -
LGA    -       -      D     334           -
LGA    -       -      A     335           -
LGA    -       -      E     336           -
LGA    -       -      G     337           -
LGA    -       -      R     338           -
LGA    -       -      L     339           -
LGA    -       -      I     340           -
LGA    -       -      L     341           -
LGA    -       -      A     342           -
LGA    -       -      D     343           -
LGA    -       -      G     344           -
LGA    -       -      V     345           -
LGA    -       -      F     346           -
LGA    -       -      Y     347           -
LGA    -       -      A     348           -
LGA    -       -      K     349           -
LGA    -       -      E     350           -
LGA    -       -      T     351           -
LGA    -       -      L     352           -
LGA    -       -      K     353           -
LGA    -       -      A     354           -
LGA    -       -      T     355           -
LGA    -       -      T     356           -
LGA    -       -      I     357           -
LGA    -       -      F     358           -
LGA    -       -      D     359           -
LGA    -       -      M     360           -
LGA    -       -      A     361           -
LGA    -       -      T     362           -
LGA    -       -      L     363           -
LGA    -       -      T     364           -
LGA    -       -      G     365           -
LGA    -       -      A     366           -
LGA    -       -      Q     367           -
LGA    -       -      A     368           -
LGA    -       -      W     369           -
LGA    -       -      L     370           -
LGA    -       -      S     371           -
LGA    -       -      G     372           -
LGA    -       -      R     373           -
LGA    -       -      L     374           -
LGA    -       -      H     375           -
LGA    -       -      G     376           -
LGA    -       -      A     377           -
LGA    -       -      A     378           -
LGA    -       -      M     379           -
LGA    -       -      T     380           -
LGA    -       -      N     381           -
LGA    -       -      D     382           -
LGA    -       -      E     383           -
LGA    -       -      Q     384           -
LGA    -       -      L     385           -
LGA    -       -      E     386           -
LGA    -       -      N     387           -
LGA    -       -      E     388           -
LGA    -       -      I     389           -
LGA    -       -      I     390           -
LGA    -       -      K     391           -
LGA    -       -      A     392           -
LGA    -       -      G     393           -
LGA    -       -      K     394           -
LGA    -       -      A     395           -
LGA    -       -      S     396           -
LGA    -       -      G     397           -
LGA    -       -      D     398           -
LGA    -       -      L     399           -
LGA    -       -      V     400           -
LGA    -       -      A     401           -
LGA    -       -      P     402           -
LGA    -       -      M     403           -
LGA    -       -      L     404           -
LGA    -       -      F     405           -
LGA    -       -      A     406           -
LGA    -       -      P     407           -
LGA    -       -      D     408           -
LGA    -       -      L     409           -
LGA    -       -      F     410           -
LGA    -       -      F     411           -
LGA    -       -      G     412           -
LGA    -       -      D     413           -
LGA    -       -      L     414           -
LGA    -       -      K     415           -
LGA    -       -      S     416           -
LGA    -       -      S     417           -
LGA    -       -      I     418           -
LGA    -       -      A     419           -
LGA    -       -      D     420           -
LGA    -       -      M     421           -
LGA    -       -      K     422           -
LGA    -       -      N     423           -
LGA    -       -      S     424           -
LGA    -       -      N     425           -
LGA    -       -      L     426           -
LGA    -       -      G     427           -
LGA    -       -      K     428           -
LGA    -       -      M     429           -
LGA    -       -      D     430           -
LGA    -       -      G     431           -
LGA    -       -      P     432           -
LGA    -       -      P     433           -
LGA    -       -      S     434           -
LGA    -       -      A     435           -
LGA    -       -      V     436           -
LGA    -       -      A     437           -
LGA    -       -      G     438           -
LGA    -       -      L     439           -
LGA    -       -      L     440           -
LGA    -       -      I     441           -
LGA    -       -      G     442           -
LGA    -       -      A     443           -
LGA    -       -      H     444           -
LGA    -       -      I     445           -
LGA    -       -      G     446           -
LGA    -       -      F     447           -
LGA    -       -      G     448           -
LGA    -       -      E     449           -
LGA    -       -      G     450           -
LGA    -       -      L     451           -
LGA    -       -      R     452           -
LGA    -       -      W     453           -
LGA    -       -      L     454           -
LGA    -       -      H     455           -
LGA    -       -      L     456           -
LGA    -       -      D     457           -
LGA    -       -      I     458           -
LGA    -       -      A     459           -
LGA    -       -      A     460           -
LGA    -       -      P     461           -
LGA    -       -      A     462           -
LGA    -       -      E     463           -
LGA    -       -      V     464           -
LGA    -       -      G     465           -
LGA    -       -      D     466           -
LGA    -       -      R     467           -
LGA    -       -      G     468           -
LGA    -       -      T     469           -
LGA    -       -      G     470           -
LGA    -       -      Y     471           -
LGA    -       -      G     472           -
LGA    -       -      P     473           -
LGA    -       -      A     474           -
LGA    -       -      L     475           -
LGA    -       -      F     476           -
LGA    -       -      S     477           -
LGA    -       -      T     478           -
LGA    -       -      L     479           -
LGA    -       -      L     480           -
LGA    -       -      G     481           -
LGA    -       -      K     482           -
LGA    -       -      Y     483           -
LGA    -       -      T     484           -
LGA    -       -      S     485           -
LGA    -       -      V     486           -
LGA    -       -      P     487           -
LGA    -       -      M     488           -
LGA    -       -      L     489           -
LGA    -       -      K     490           -

#              N1   N2   DIST      N    RMSD   Seq_Id      LGA_S     LGA_Q 
SUMMARY(LGA)   13  335    5.0     13    1.05    15.38      3.767     1.134

Unitary ROTATION matrix and the shift VECTOR superimpose MOLECULES  (1=>2)
  X_new =   0.488790 * X  +   0.821681 * Y  +   0.293129 * Z  + -10.988008
  Y_new =   0.844431 * X  +  -0.530012 * Y  +   0.077618 * Z  +  47.654999
  Z_new =   0.219139 * X  +   0.209588 * Y  +  -0.952917 * Z  + -40.489582 

Euler angles from the ROTATION matrix (XYZ convention, two solutions)
  Psi   =   2.925096   -0.216497  [ DEG:   167.5956    -12.4044 ]
  Theta =  -0.220932   -2.920661  [ DEG:   -12.6585   -167.3415 ]
  Phi   =   1.046081   -2.095511  [ DEG:    59.9361   -120.0639 ]
 
# END of job
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Citing LGA: 
REMARK   Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in  
REMARK   Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, 
REMARK   No. 13, pp. 3370-3374. 
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Superimposed MOLECULES (1=>2)   Output: 1 molecule      
REMARK     1: T0318AL257_4-D2                               
REMARK     2: T0318_D2.pdb                                  
REMARK   Structure alignment analysis
REMARK   Search for Atom-Atom correspondence
REMARK   LGA parameters: T0318AL257_4-D2.T0318_D2.pdb -4 -ie -o1 -sia -d:5 
REMARK   #CA        N1   N2  DIST    N   RMSD  Seq_Id   LGA_S
REMARK   SUMMARY:   13  335   5.0   13   1.05   15.38   3.767
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
MOLECULE T0318AL257_4-D2
REMARK Aligment from pdb entry: 1gyt_A
ATOM    585  N   THR   156      11.563  61.213   4.706  1.00  0.00              
ATOM    586  CA  THR   156      11.350  61.333   3.270  1.00  0.00              
ATOM    587  C   THR   156      11.704  60.041   2.571  1.00  0.00              
ATOM    588  O   THR   156      10.860  59.472   1.870  1.00  0.00              
ATOM    589  N   ASN   157      12.937  59.568   2.770  1.00  0.00              
ATOM    590  CA  ASN   157      13.368  58.327   2.142  1.00  0.00              
ATOM    591  C   ASN   157      12.990  57.066   2.913  1.00  0.00              
ATOM    592  O   ASN   157      13.650  56.037   2.798  1.00  0.00              
ATOM    593  N   GLU   158      10.067  55.732   2.402  1.00  0.00              
ATOM    594  CA  GLU   158       9.297  55.020   1.381  1.00  0.00              
ATOM    595  C   GLU   158      10.210  54.329   0.354  1.00  0.00              
ATOM    596  O   GLU   158       9.998  53.159  -0.002  1.00  0.00              
ATOM    597  N   ASP   159      11.214  55.058  -0.120  1.00  0.00              
ATOM    598  CA  ASP   159      12.119  54.504  -1.103  1.00  0.00              
ATOM    599  C   ASP   159      12.904  53.364  -0.468  1.00  0.00              
ATOM    600  O   ASP   159      13.340  52.439  -1.143  1.00  0.00              
ATOM    601  N   ALA   160      13.057  53.432   0.845  1.00  0.00              
ATOM    602  CA  ALA   160      13.793  52.403   1.541  1.00  0.00              
ATOM    603  C   ALA   160      12.998  51.128   1.717  1.00  0.00              
ATOM    604  O   ALA   160      13.560  50.028   1.680  1.00  0.00              
ATOM    605  N   VAL   161      11.690  51.256   1.909  1.00  0.00              
ATOM    606  CA  VAL   161      10.885  50.072   2.110  1.00  0.00              
ATOM    607  C   VAL   161      10.803  49.305   0.805  1.00  0.00              
ATOM    608  O   VAL   161      10.718  48.075   0.801  1.00  0.00              
ATOM    609  N   THR   164      10.844  50.053  -0.293  1.00  0.00              
ATOM    610  CA  THR   164      10.811  49.487  -1.629  1.00  0.00              
ATOM    611  C   THR   164      12.129  48.769  -1.890  1.00  0.00              
ATOM    612  O   THR   164      12.157  47.723  -2.528  1.00  0.00              
ATOM    613  N   ASP   165      13.218  49.355  -1.403  1.00  0.00              
ATOM    614  CA  ASP   165      14.540  48.776  -1.580  1.00  0.00              
ATOM    615  C   ASP   165      14.635  47.420  -0.853  1.00  0.00              
ATOM    616  O   ASP   165      15.174  46.453  -1.388  1.00  0.00              
ATOM    617  N   LEU   166      14.096  47.347   0.355  1.00  0.00              
ATOM    618  CA  LEU   166      14.121  46.101   1.091  1.00  0.00              
ATOM    619  C   LEU   166      13.259  45.101   0.339  1.00  0.00              
ATOM    620  O   LEU   166      13.634  43.936   0.201  1.00  0.00              
ATOM    621  N   SER   167      12.103  45.549  -0.148  1.00  0.00              
ATOM    622  CA  SER   167      11.210  44.650  -0.871  1.00  0.00              
ATOM    623  C   SER   167      11.923  44.028  -2.098  1.00  0.00              
ATOM    624  O   SER   167      11.939  42.806  -2.271  1.00  0.00              
ATOM    625  N   GLU   168      12.518  44.877  -2.933  1.00  0.00              
ATOM    626  CA  GLU   168      13.222  44.414  -4.114  1.00  0.00              
ATOM    627  C   GLU   168      14.421  43.579  -3.740  1.00  0.00              
ATOM    628  O   GLU   168      14.601  42.481  -4.243  1.00  0.00              
ATOM    629  N   SER   169      15.245  44.120  -2.857  1.00  0.00              
ATOM    630  CA  SER   169      16.443  43.433  -2.418  1.00  0.00              
ATOM    631  C   SER   169      16.171  42.025  -1.919  1.00  0.00              
ATOM    632  O   SER   169      16.936  41.120  -2.212  1.00  0.00              
ATOM    633  N   VAL   170      15.084  41.821  -1.180  1.00  0.00              
ATOM    634  CA  VAL   170      14.811  40.492  -0.691  1.00  0.00              
ATOM    635  C   VAL   170      14.351  39.553  -1.802  1.00  0.00              
ATOM    636  O   VAL   170      14.693  38.377  -1.793  1.00  0.00              
END
