
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  --------------- 06/2006            #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

# Molecule1: number of CA atoms   10 (   40),  selected   10 , name T0318AL333_3-D2
# Molecule2: number of CA atoms  335 ( 2465),  selected  335 , name T0318_D2.pdb
# PARAMETERS: T0318AL333_3-D2.T0318_D2.pdb  -4  -ie  -o1  -sia  -d:5  
# Search for Atom-Atom correspondence
# Structure alignment analysis 

# WARNING! The change of the parameter DIST cutoff may give you better result.

# WARNING! The change of the distance cutoff DIST may give you better result.

 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
 ERROR! 0 0 10 335
#      Molecule1      Molecule2       DISTANCE
LGA    -       -      T     156           -
LGA    -       -      N     157           -
LGA    -       -      E     158           -
LGA    -       -      D     159           -
LGA    -       -      A     160           -
LGA    -       -      V     161           -
LGA    -       -      F     162           -
LGA    -       -      L     163           -
LGA    -       -      T     164           -
LGA    -       -      D     165           -
LGA    -       -      L     166           -
LGA    -       -      S     167           -
LGA    -       -      E     168           -
LGA    -       -      S     169           -
LGA    -       -      V     170           -
LGA    -       -      R     171           -
LGA    -       -      E     172           -
LGA    -       -      T     173           -
LGA    -       -      A     174           -
LGA    -       -      R     175           -
LGA    -       -      L     176           -
LGA    -       -      I     177           -
LGA    -       -      D     178           -
LGA    -       -      T     179           -
LGA    -       -      P     180           -
LGA    -       -      A     181           -
LGA    -       -      N     182           -
LGA    -       -      I     183           -
LGA    -       -      L     184           -
LGA    -       -      T     185           -
LGA    -       -      T     186           -
LGA    -       -      D     187           -
LGA    -       -      A     188           -
LGA    -       -      L     189           -
LGA    -       -      V     190           -
LGA    -       -      D     191           -
LGA    -       -      E     192           -
LGA    -       -      A     193           -
LGA    -       -      V     194           -
LGA    -       -      K     195           -
LGA    -       -      V     196           -
LGA    -       -      G     197           -
LGA    -       -      N     198           -
LGA    -       -      A     199           -
LGA    -       -      T     200           -
LGA    -       -      G     201           -
LGA    -       -      S     202           -
LGA    -       -      K     203           -
LGA    -       -      I     204           -
LGA    -       -      T     205           -
LGA    -       -      V     206           -
LGA    -       -      I     207           -
LGA    -       -      R     208           -
LGA    -       -      G     209           -
LGA    -       -      E     210           -
LGA    -       -      E     211           -
LGA    -       -      L     212           -
LGA    -       -      L     213           -
LGA    -       -      K     214           -
LGA    -       -      A     215           -
LGA    -       -      G     216           -
LGA    -       -      F     217           -
LGA    -       -      G     218           -
LGA    -       -      G     219           -
LGA    -       -      I     220           -
LGA    -       -      Y     221           -
LGA    -       -      H     222           -
LGA    -       -      V     223           -
LGA    -       -      G     224           -
LGA    -       -      K     225           -
LGA    -       -      A     226           -
LGA    -       -      G     227           -
LGA    -       -      P     228           -
LGA    -       -      T     229           -
LGA    -       -      P     230           -
LGA    -       -      P     231           -
LGA    -       -      A     232           -
LGA    -       -      F     233           -
LGA    -       -      V     234           -
LGA    -       -      V     235           -
LGA    -       -      L     236           -
LGA    -       -      S     237           -
LGA    -       -      H     238           -
LGA    -       -      E     239           -
LGA    -       -      V     240           -
LGA    -       -      P     241           -
LGA    -       -      G     242           -
LGA    -       -      S     243           -
LGA    -       -      T     244           -
LGA    -       -      E     245           -
LGA    -       -      H     246           -
LGA    -       -      I     247           -
LGA    -       -      A     248           -
LGA    -       -      L     249           -
LGA    -       -      V     250           -
LGA    -       -      G     251           -
LGA    -       -      K     252           -
LGA    -       -      G     253           -
LGA    -       -      V     254           -
LGA    -       -      V     255           -
LGA    -       -      Y     256           -
LGA    -       -      D     257           -
LGA    -       -      T     258           -
LGA    -       -      G     259           -
LGA    -       -      G     260           -
LGA    -       -      L     261           -
LGA    -       -      Q     262           -
LGA    -       -      I     263           -
LGA    -       -      K     264           -
LGA    -       -      T     265           -
LGA    -       -      K     266           -
LGA    -       -      T     267           -
LGA    -       -      G     268           -
LGA    -       -      M     269           -
LGA    -       -      P     270           -
LGA    -       -      N     271           -
LGA    -       -      M     272           -
LGA    -       -      K     273           -
LGA    -       -      R     274           -
LGA    -       -      D     275           -
LGA    -       -      M     276           -
LGA    -       -      G     277           -
LGA    -       -      G     278           -
LGA    -       -      A     279           -
LGA    -       -      A     280           -
LGA    -       -      G     281           -
LGA    -       -      M     282           -
LGA    -       -      L     283           -
LGA    -       -      E     284           -
LGA    -       -      A     285           -
LGA    -       -      Y     286           -
LGA    -       -      S     287           -
LGA    -       -      A     288           -
LGA    -       -      L     289           -
LGA    -       -      V     290           -
LGA    -       -      K     291           -
LGA    -       -      H     292           -
LGA    -       -      G     293           -
LGA    -       -      F     294           -
LGA    -       -      S     295           -
LGA    -       -      Q     296           -
LGA    -       -      T     297           -
LGA    -       -      L     298           -
LGA    -       -      H     299           -
LGA    -       -      A     300           -
LGA    -       -      C     301           -
LGA    -       -      L     302           -
LGA    -       -      C     303           -
LGA    -       -      I     304           -
LGA    -       -      V     305           -
LGA    -       -      E     306           -
LGA    -       -      N     307           -
LGA    -       -      N     308           -
LGA    -       -      V     309           -
LGA    -       -      S     310           -
LGA    -       -      P     311           -
LGA    -       -      I     312           -
LGA    -       -      A     313           -
LGA    -       -      N     314           -
LGA    -       -      K     315           -
LGA    -       -      P     316           -
LGA    -       -      D     317           -
LGA    -       -      D     318           -
LGA    -       -      I     319           -
LGA    -       -      I     320           -
LGA    -       -      K     321           -
LGA    -       -      M     322           -
LGA    -       -      L     323           -
LGA    -       -      S     324           -
LGA    -       -      G     325           -
LGA    -       -      K     326           -
LGA    -       -      T     327           -
LGA    -       -      V     328           -
LGA    -       -      E     329           -
LGA    -       -      I     330           -
LGA    -       -      N     331           -
LGA    -       -      N     332           -
LGA    -       -      T     333           -
LGA    -       -      D     334           -
LGA    -       -      A     335           -
LGA    -       -      E     336           -
LGA    -       -      G     337           -
LGA    -       -      R     338           -
LGA    -       -      L     339           -
LGA    -       -      I     340           -
LGA    -       -      L     341           -
LGA    -       -      A     342           -
LGA    -       -      D     343           -
LGA    -       -      G     344           -
LGA    -       -      V     345           -
LGA    -       -      F     346           -
LGA    -       -      Y     347           -
LGA    -       -      A     348           -
LGA    -       -      K     349           -
LGA    -       -      E     350           -
LGA    -       -      T     351           -
LGA    -       -      L     352           -
LGA    -       -      K     353           -
LGA    -       -      A     354           -
LGA    -       -      T     355           -
LGA    -       -      T     356           -
LGA    -       -      I     357           -
LGA    -       -      F     358           -
LGA    -       -      D     359           -
LGA    -       -      M     360           -
LGA    -       -      A     361           -
LGA    -       -      T     362           -
LGA    T     156      L     363          1.412
LGA    N     157      T     364          2.252
LGA    -       -      G     365           -
LGA    -       -      A     366           -
LGA    E     158      Q     367          2.777
LGA    -       -      A     368           -
LGA    -       -      W     369           -
LGA    -       -      L     370           -
LGA    -       -      S     371           -
LGA    -       -      G     372           -
LGA    -       -      R     373           -
LGA    -       -      L     374           -
LGA    -       -      H     375           -
LGA    -       -      G     376           -
LGA    -       -      A     377           -
LGA    -       -      A     378           -
LGA    -       -      M     379           -
LGA    -       -      T     380           -
LGA    -       -      N     381           -
LGA    -       -      D     382           -
LGA    -       -      E     383           -
LGA    -       -      Q     384           -
LGA    -       -      L     385           -
LGA    -       -      E     386           -
LGA    -       -      N     387           -
LGA    -       -      E     388           -
LGA    -       -      I     389           -
LGA    -       -      I     390           -
LGA    -       -      K     391           -
LGA    -       -      A     392           -
LGA    -       -      G     393           -
LGA    -       -      K     394           -
LGA    -       -      A     395           -
LGA    -       -      S     396           -
LGA    -       -      G     397           -
LGA    -       -      D     398           -
LGA    -       -      L     399           -
LGA    -       -      V     400           -
LGA    -       -      A     401           -
LGA    -       -      P     402           -
LGA    -       -      M     403           -
LGA    -       -      L     404           -
LGA    -       -      F     405           -
LGA    -       -      A     406           -
LGA    -       -      P     407           -
LGA    -       -      D     408           -
LGA    -       -      L     409           -
LGA    -       -      F     410           -
LGA    -       -      F     411           -
LGA    -       -      G     412           -
LGA    -       -      D     413           -
LGA    -       -      L     414           -
LGA    -       -      K     415           -
LGA    -       -      S     416           -
LGA    -       -      S     417           -
LGA    -       -      I     418           -
LGA    -       -      A     419           -
LGA    -       -      D     420           -
LGA    -       -      M     421           -
LGA    -       -      K     422           -
LGA    -       -      N     423           -
LGA    -       -      S     424           -
LGA    -       -      N     425           -
LGA    -       -      L     426           -
LGA    -       -      G     427           -
LGA    -       -      K     428           -
LGA    -       -      M     429           -
LGA    -       -      D     430           -
LGA    -       -      G     431           -
LGA    -       -      P     432           -
LGA    -       -      P     433           -
LGA    -       -      S     434           -
LGA    -       -      A     435           -
LGA    -       -      V     436           -
LGA    -       -      A     437           -
LGA    -       -      G     438           -
LGA    -       -      L     439           -
LGA    -       -      L     440           -
LGA    -       -      I     441           -
LGA    -       -      G     442           -
LGA    -       -      A     443           -
LGA    -       -      H     444           -
LGA    -       -      I     445           -
LGA    -       -      G     446           -
LGA    -       -      F     447           -
LGA    -       -      G     448           -
LGA    -       -      E     449           -
LGA    -       -      G     450           -
LGA    -       -      L     451           -
LGA    -       -      R     452           -
LGA    -       -      W     453           -
LGA    -       -      L     454           -
LGA    -       -      H     455           -
LGA    -       -      L     456           -
LGA    -       -      D     457           -
LGA    D     159      I     458          1.410
LGA    A     160      A     459          1.334
LGA    V     161      A     460          1.267
LGA    F     162      P     461          1.155
LGA    A     377      A     462          0.388
LGA    A     378      E     463          1.207
LGA    M     379      V     464          2.675
LGA    -       -      G     465           -
LGA    -       -      D     466           -
LGA    -       -      R     467           -
LGA    -       -      G     468           -
LGA    -       -      T     469           -
LGA    -       -      G     470           -
LGA    -       -      Y     471           -
LGA    -       -      G     472           -
LGA    -       -      P     473           -
LGA    -       -      A     474           -
LGA    -       -      L     475           -
LGA    -       -      F     476           -
LGA    -       -      S     477           -
LGA    -       -      T     478           -
LGA    -       -      L     479           -
LGA    -       -      L     480           -
LGA    -       -      G     481           -
LGA    -       -      K     482           -
LGA    -       -      Y     483           -
LGA    -       -      T     484           -
LGA    -       -      S     485           -
LGA    -       -      V     486           -
LGA    -       -      P     487           -
LGA    -       -      M     488           -
LGA    -       -      L     489           -
LGA    -       -      K     490           -

#              N1   N2   DIST      N    RMSD   Seq_Id      LGA_S     LGA_Q 
SUMMARY(LGA)   10  335    5.0     10    1.74    20.00      2.742     0.544

Unitary ROTATION matrix and the shift VECTOR superimpose MOLECULES  (1=>2)
  X_new =   0.529859 * X  +  -0.840442 * Y  +  -0.113605 * Z  +  55.683769
  Y_new =  -0.790828 * X  +  -0.441248 * Y  +  -0.424135 * Z  + 125.412506
  Z_new =   0.306333 * X  +   0.314574 * Y  +  -0.898445 * Z  +  -2.873038 

Euler angles from the ROTATION matrix (XYZ convention, two solutions)
  Psi   =   2.804800   -0.336792  [ DEG:   160.7032    -19.2968 ]
  Theta =  -0.311338   -2.830254  [ DEG:   -17.8384   -162.1616 ]
  Phi   =  -0.980486    2.161107  [ DEG:   -56.1777    123.8223 ]
 
# END of job
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Citing LGA: 
REMARK   Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in  
REMARK   Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, 
REMARK   No. 13, pp. 3370-3374. 
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Superimposed MOLECULES (1=>2)   Output: 1 molecule      
REMARK     1: T0318AL333_3-D2                               
REMARK     2: T0318_D2.pdb                                  
REMARK   Structure alignment analysis
REMARK   Search for Atom-Atom correspondence
REMARK   LGA parameters: T0318AL333_3-D2.T0318_D2.pdb -4 -ie -o1 -sia -d:5 
REMARK   #CA        N1   N2  DIST    N   RMSD  Seq_Id   LGA_S
REMARK   SUMMARY:   10  335   5.0   10   1.74   20.00   2.742
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
MOLECULE T0318AL333_3-D2
REMARK Aligment from pdb entry: 1lam
ATOM    557  N   THR   156       0.353  55.702  20.418  1.00  0.00              
ATOM    558  CA  THR   156       1.403  54.694  20.583  1.00  0.00              
ATOM    559  C   THR   156       2.588  55.155  21.421  1.00  0.00              
ATOM    560  O   THR   156       3.730  54.794  21.144  1.00  0.00              
ATOM    561  N   ASN   157       2.300  55.861  22.505  1.00  0.00              
ATOM    562  CA  ASN   157       3.330  56.425  23.369  1.00  0.00              
ATOM    563  C   ASN   157       4.350  55.503  24.042  1.00  0.00              
ATOM    564  O   ASN   157       5.558  55.776  23.970  1.00  0.00              
ATOM    565  N   GLU   158       3.896  54.442  24.708  1.00  0.00              
ATOM    566  CA  GLU   158       4.832  53.536  25.382  1.00  0.00              
ATOM    567  C   GLU   158       5.794  52.878  24.396  1.00  0.00              
ATOM    568  O   GLU   158       6.998  52.841  24.642  1.00  0.00              
ATOM    569  N   ASP   159       5.263  52.399  23.275  1.00  0.00              
ATOM    570  CA  ASP   159       6.086  51.754  22.252  1.00  0.00              
ATOM    571  C   ASP   159       7.091  52.743  21.638  1.00  0.00              
ATOM    572  O   ASP   159       8.258  52.394  21.416  1.00  0.00              
ATOM    573  N   ALA   160       6.647  53.972  21.358  1.00  0.00              
ATOM    574  CA  ALA   160       7.544  54.986  20.796  1.00  0.00              
ATOM    575  C   ALA   160       8.667  55.244  21.790  1.00  0.00              
ATOM    576  O   ALA   160       9.840  55.270  21.429  1.00  0.00              
ATOM    577  N   VAL   161       8.308  55.434  23.050  1.00  0.00              
ATOM    578  CA  VAL   161       9.315  55.699  24.060  1.00  0.00              
ATOM    579  C   VAL   161      10.264  54.507  24.269  1.00  0.00              
ATOM    580  O   VAL   161      11.451  54.686  24.542  1.00  0.00              
ATOM    581  N   PHE   162       9.754  53.294  24.089  1.00  0.00              
ATOM    582  CA  PHE   162      10.587  52.106  24.231  1.00  0.00              
ATOM    583  C   PHE   162      11.655  52.139  23.142  1.00  0.00              
ATOM    584  O   PHE   162      12.821  51.813  23.393  1.00  0.00              
ATOM    585  N   ALA   377      11.252  52.573  21.947  1.00  0.00              
ATOM    586  CA  ALA   377      12.161  52.669  20.822  1.00  0.00              
ATOM    587  C   ALA   377      13.212  53.726  21.074  1.00  0.00              
ATOM    588  O   ALA   377      14.397  53.523  20.767  1.00  0.00              
ATOM    589  N   ALA   378      12.785  54.867  21.616  1.00  0.00              
ATOM    590  CA  ALA   378      13.717  55.948  21.936  1.00  0.00              
ATOM    591  C   ALA   378      14.761  55.447  22.951  1.00  0.00              
ATOM    592  O   ALA   378      15.952  55.709  22.810  1.00  0.00              
ATOM    593  N   MET   379      14.312  54.677  23.938  1.00  0.00              
ATOM    594  CA  MET   379      15.190  54.150  24.974  1.00  0.00              
ATOM    595  C   MET   379      16.225  53.159  24.405  1.00  0.00              
ATOM    596  O   MET   379      17.418  53.247  24.720  1.00  0.00              
END
