PFRMAT SS 
TARGET T0068 
AUTHOR 7936-3040-4355 
REMARK ---------------------------- 
METHOD Secondary structure prediction by bootstrapping a multiple 
METHOD sequence alignment (using a home-grown multiple sequence 
METHOD alignment method involving intermediate sequences) and getting 
METHOD a prediction from three different methods and taking the consensus. 
REMARK ---------------------------- 
MODEL 1 
S C 1.0 
D C 1.0 
S C 1.0 
R C 0.7 
T C 0.7 
V C 0.7 
S C 1.0 
E C 1.0 
P C 0.7 
K C 1.0 
T C 1.0 
P C 1.0 
S C 1.0 
S C 1.0 
C C 0.7 
T C 0.7 
T E 0.7 
L E 0.7 
K E 0.7 
A C 0.7 
D C 1.0 
S C 1.0 
S C 1.0 
T C 1.0 
A C 1.0 
T C 1.0 
S C 0.7 
T H 0.3 
I H 0.3 
Q H 0.7 
K H 0.7 
A C 0.7 
L C 0.7 
N C 1.0 
N C 1.0 
C C 0.7 
D C 0.7 
Q C 0.7 
G C 0.7 
K H 0.3 
A E 0.7 
V E 0.7 
R E 0.7 
L E 0.7 
S H 0.3 
A C 0.7 
G C 0.7 
S C 1.0 
T C 0.7 
S E 1.0 
V E 1.0 
F E 1.0 
L E 0.7 
S C 0.7 
G C 1.0 
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L C 0.7 
S C 0.7 
L C 0.7 
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S C 1.0 
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S E 1.0 
L E 1.0 
L E 1.0 
I E 1.0 
D C 0.7 
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G C 1.0 
V C 0.7 
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L E 0.7 
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V C 1.0 
N C 1.0 
N C 1.0 
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K C 0.7 
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N C 0.7 
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S C 0.7 
S C 0.7 
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V E 0.7 
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N C 1.0 
G C 1.0 
K C 1.0 
G C 1.0 
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A E 1.0 
F E 1.0 
I E 1.0 
T E 1.0 
A E 1.0 
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S E 0.7 
T C 0.7 
T C 0.7 
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S E 0.7 
G E 0.7 
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G C 1.0 
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G C 0.7 
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I E 0.7 
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G C 1.0 
Q C 1.0 
G C 1.0 
G C 1.0 
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K C 0.7 
L C 1.0 
Q C 1.0 
D C 1.0 
K C 1.0 
K C 1.0 
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W E 1.0 
W E 1.0 
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A C 0.7 
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A C 0.7 
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K C 0.7 
K C 0.7 
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K C 1.0 
Q C 1.0 
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L E 0.7 
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S C 1.0 
K C 1.0 
N C 1.0 
F E 0.7 
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L E 1.0 
Y E 1.0 
N E 1.0 
V E 1.0 
S E 1.0 
L E 1.0 
I C 0.7 
N C 1.0 
S C 1.0 
P C 1.0 
N C 1.0 
F E 0.7 
H E 0.7 
V E 1.0 
V E 1.0 
F E 1.0 
S C 0.7 
D C 1.0 
G C 1.0 
D C 1.0 
G C 1.0 
F C 0.7 
T E 1.0 
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K E 1.0 
T E 1.0 
T E 1.0 
I E 1.0 
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T C 1.0 
P C 1.0 
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T C 1.0 
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M C 1.0 
S C 1.0 
S C 1.0 
K C 1.0 
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I E 1.0 
T E 1.0 
I E 1.0 
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S E 1.0 
N E 0.7 
I E 0.7 
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D C 1.0 
D C 1.0 
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V E 1.0 
A E 1.0 
I E 1.0 
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A C 1.0 
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K C 1.0 
G C 1.0 
R C 1.0 
A C 1.0 
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R C 0.7 
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D E 0.7 
D E 0.7 
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T C 1.0 
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D C 1.0 
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N E 1.0 
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K C 1.0 
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V E 0.7 
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D C 1.0 
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T C 1.0 
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N C 0.7 
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N C 0.7 
V C 1.0 
K C 1.0 
K C 1.0 
END 
