PFRMAT AL 
TARGET T0068 
AUTHOR 2746-8822-4809 
METHOD SEQFOLD(MSI) IMPLEMENTATION OF FOLD RECOGNITION 
METHOD BASED ON FISCHER AND EISENBERG PROT. SCI. 5, 943, 1996 
METHOD GLOBAL-LOCAL SEQUENCE ALIGNEMENT DRIVEN BY PREDICTED 
METHOD SECONDARY STRUCTURE  
METHOD CONSEQUENTLY - MODELS ARE ALWAYS BASED ON SINGLE SEQUENCE 
METHOD NOVEL SIGNIFICANCE ANALYSIS BASED ON RANDOM ALIGNMENTS  
MODEL 2 
PARENT 1rmg 
S 1     G 7     
D 2     P 8     
S 3     L 9     
R 4     T 10    
T 5     S 11    
V 6     A 12    
S 7     S 13    
E 8     T 14    
P 9     K 15    
K 10    G 16    
T 11    A 17    
P 12    T 18    
S 13    K 19    
S 14    T 20    
C 15    C 21    
T 16    N 22    
T 17    I 23    
L 18    L 24    
K 19    S 25    
REMARK TAR GAP 5 
A 20    D 31    
D 21    N 32    
S 22    S 33    
S 23    T 34    
T 24    D 35    
A 25    V 36    
T 26    G 37    
S 27    P 38    
T 28    A 39    
I 29    I 40    
Q 30    T 41    
K 31    S 42    
A 32    A 43    
L 33    W 44    
N 34    A 45    
N 35    A 46    
C 36    C 47    
D 37    K 48    
Q 38    S 49    
G 39    G 50    
K 40    G 51    
A 41    L 52    
V 42    V 53    
R 43    Y 54    
L 44    I 55    
S 45    P 56    
A 46    S 57    
G 47    G 58    
S 48    N 59    
T 49    Y 60    
S 50    A 61    
REMARK REF GAP 2 
L 53    L 62    
S 54    N 63    
G 55    T 64    
P 56    W 65    
L 57    V 66    
S 58    T 67    
L 59    L 68    
P 60    T 69    
S 61    G 70    
G 62    G 71    
V 63    S 72    
S 64    A 73    
L 65    T 74    
L 66    A 75    
I 67    I 76    
D 68    Q 77    
K 69    L 78    
G 70    D 79    
REMARK REF GAP 19 
G 90    G 80    
V 91    I 81    
V 92    I 82    
D 93    Y 83    
K 94    R 84    
N 95    T 85    
G 96    G 86    
K 97    T 87    
G 98    A 88    
C 99    S 89    
D 100   G 90    
A 101   N 91    
F 102   M 92    
I 103   I 93    
T 104   A 94    
A 105   V 95    
V 106   T 96    
S 107   D 97    
T 108   T 98    
T 109   T 99    
N 110   D 100   
S 111   F 101   
G 112   E 102   
I 113   L 103   
Y 114   F 104   
G 115   S 105   
P 116   S 106   
REMARK TAR GAP 3 
G 117   G 110   
T 118   A 111   
I 119   V 112   
D 120   Q 113   
G 121   G 114   
Q 122   F 115   
G 123   G 116   
G 124   Y 117   
V 125   V 118   
K 126   Y 119   
L 127   H 120   
Q 128   A 121   
D 129   E 122   
K 130   G 123   
K 131   T 124   
V 132   Y 125   
S 133   G 126   
REMARK REF GAP 17 
P 151   A 127   
R 152   R 128   
L 153   I 129   
I 154   L 130   
Q 155   R 131   
I 156   L 132   
N 157   T 133   
K 158   D 134   
S 159   V 135   
K 160   T 136   
N 161   H 137   
F 162   F 138   
T 163   S 139   
L 164   V 140   
Y 165   H 141   
N 166   D 142   
V 167   I 143   
S 168   I 144   
L 169   L 145   
I 170   V 146   
N 171   D 147   
S 172   A 148   
P 173   P 149   
N 174   A 150   
F 175   F 151   
H 176   H 152   
V 177   F 153   
V 178   T 154   
F 179   M 155   
S 180   D 156   
D 181   T 157   
G 182   C 158   
D 183   S 159   
G 184   D 160   
F 185   G 161   
T 186   E 162   
A 187   V 163   
W 188   Y 164   
K 189   N 165   
T 190   M 166   
T 191   A 167   
I 192   I 168   
K 193   R 169   
T 194   G 170   
REMARK REF GAP 1 
S 196   G 171   
T 197   N 172   
A 198   E 173   
R 199   G 174   
N 200   G 175   
T 201   L 176   
D 202   D 177   
G 203   G 178   
I 204   I 179   
D 205   D 180   
P 206   V 181   
M 207   W 182   
S 208   G 183   
S 209   S 184   
REMARK REF GAP 1 
N 211   N 185   
I 212   I 186   
T 213   W 187   
I 214   V 188   
A 215   H 189   
Y 216   D 190   
S 217   V 191   
N 218   E 192   
I 219   V 193   
A 220   T 194   
T 221   N 195   
G 222   K 196   
D 223   D 197   
D 224   E 198   
N 225   C 199   
V 226   V 200   
A 227   T 201   
I 228   V 202   
K 229   K 203   
A 230   S 204   
REMARK REF GAP 3 
R 234   P 205   
A 235   A 206   
E 236   N 207   
T 237   N 208   
R 238   I 209   
N 239   L 210   
I 240   V 211   
S 241   E 212   
I 242   S 213   
L 243   I 214   
H 244   Y 215   
N 245   C 216   
D 246   N 217   
F 247   W 218   
G 248   S 219   
T 249   G 220   
G 250   G 221   
H 251   C 222   
G 252   A 223   
M 253   M 224   
REMARK TAR GAP 1 
S 254   S 226   
I 255   L 227   
G 256   G 228   
S 257   A 229   
E 258   D 230   
T 259   T 231   
REMARK REF GAP 1 
G 261   D 232   
V 262   V 233   
Y 263   T 234   
N 264   D 235   
V 265   I 236   
T 266   V 237   
V 267   Y 238   
D 268   R 239   
D 269   N 240   
L 270   V 241   
REMARK REF GAP 1 
M 272   Y 242   
N 273   T 243   
G 274   W 244   
T 275   S 245   
T 276   S 246   
N 277   N 247   
G 278   Q 248   
L 279   M 249   
R 280   Y 250   
I 281   M 251   
K 282   I 252   
S 283   K 253   
D 284   S 254   
K 285   N 255   
S 286   G 256   
A 287   G 257   
A 288   S 258   
G 289   G 259   
V 290   T 260   
V 291   V 261   
N 292   S 262   
G 293   N 263   
V 294   V 264   
R 295   L 265   
Y 296   L 266   
S 297   E 267   
N 298   N 268   
V 299   F 269   
V 300   I 270   
M 301   G 271   
K 302   H 272   
N 303   G 273   
V 304   N 274   
A 305   A 275   
K 306   Y 276   
P 307   S 277   
I 308   L 278   
V 309   D 279   
I 310   I 280   
D 311   D 281   
T 312   G 282   
V 313   Y 283   
Y 314   W 284   
E 315   S 285   
K 316   S 286   
REMARK TAR GAP 5 
K 317   G 292   
E 318   D 293   
G 319   G 294   
S 320   V 295   
N 321   Q 296   
V 322   L 297   
P 323   N 298   
D 324   N 299   
W 325   I 300   
S 326   T 301   
D 327   V 302   
I 328   K 303   
T 329   N 304   
F 330   W 305   
K 331   K 306   
REMARK TAR GAP 2 
D 332   E 309   
V 333   A 310   
T 334   N 311   
S 335   G 312   
E 336   A 313   
T 337   T 314   
K 338   R 315   
G 339   P 316   
V 340   P 317   
V 341   I 318   
V 342   R 319   
L 343   V 320   
N 344   V 321   
G 345   C 322   
E 346   S 323   
N 347   D 324   
A 348   T 325   
K 349   A 326   
K 350   P 327   
P 351   C 328   
I 352   T 329   
E 353   D 330   
V 354   L 331   
T 355   T 332   
M 356   L 333   
K 357   E 334   
N 358   D 335   
V 359   I 336   
K 360   A 337   
L 361   I 338   
T 362   W 339   
S 363   T 340   
D 364   E 341   
S 365   S 342   
T 366   G 343   
REMARK TAR GAP 14 
W 367   Y 358   
Q 368   C 359   
I 369   L 360   
K 370   K 361   
N 371   D 362   
V 372   S 363   
N 373   S 364   
V 374   S 365   
K 375   H 366   
K 376   T 367   
TER 
END 
