PFRMAT AL 
TARGET T0068 
AUTHOR 7968-8279-8809 
REMARK ========================================================================= 
REMARK              Shane S. Sturrock, BRU 1998 
REMARK              _/_/_/     _/_/_/     _/_/_/               PARAMETERS 
REMARK           _/_/  _/_/ _/_/  _/_/ _/_/  _/_/ 
REMARK          _/_/       _/_/       _/_/                   PAMS       220 
REMARK           _/_/_/     _/_/_/     _/_/_/     ALIGN 3.0  GAPOPEN     10 
REMARK              _/_/       _/_/       _/_/               GAPEXTEND    2 
REMARK       _/_/  _/_/ _/_/  _/_/ _/_/  _/_/                RNG     1  376 
REMARK        _/_/_/     _/_/_/     _/_/_/                   QVAL        70 
REMARK      Sequence & Secondary Structures                  PHD_SCORE  VAR 
REMARK 
METHOD Results for the target , compared against a database of sequences 
METHOD derived from PDB DSSP files and filtered to remove redundant identical 
METHOD sequences.  Alignments are based on standard Smith Waterman best local 
METHOD similarity with the addition of secondary structure prediction. 
REMARK ========================================================================= 
MODEL  1 
PARENT 1rmg 
REMARK ========================================================================= 
S    14    S    25 
C    15    Y    26 
T    16    G    27 
T    17    A    28 
L    18    V    29 
K    19    A    30 
A    20    D    31 
D    21    N    32 
S    22    S    33 
S    23    T    34 
T    24    D    35 
A    25    V    36 
T    26    G    37 
S    27    P    38 
T    28    A    39 
I    29    I    40 
Q    30    T    41 
K    31    S    42 
A    32    A    43 
L    33    W    44 
N    34    A    45 
N    35    A    46 
C    36    C    47 
D    37    K    48 
Q    38    S    49 
G    39    G    50 
K    40    G    51 
A    41    L    52 
V    42    V    53 
R    43    Y    54 
L    44    I    55 
S    45    P    56 
A    46    S    57 
G    47    G    58 
S    48    N    59 
T    49    Y    60 
S    50    A    61 
L    53    L    62 
S    54    N    63 
G    55    T    64 
P    56    W    65 
L    57    V    66 
S    58    T    67 
L    59    L    68 
P    60    T    69 
S    61    G    70 
G    62    G    71 
V    63    S    72 
S    64    A    73 
L    65    T    74 
L    66    A    75 
I    67    I    76 
D    68    Q    77 
K    69    L    78 
G    70    D    79 
G    90    G    80 
V    91    I    81 
V    92    I    82 
D    93    Y    83 
K    94    R    84 
N    95    T    85 
G    96    G    86 
K    97    T    87 
G    98    A    88 
C    99    S    89 
D   100    G    90 
A   101    N    91 
F   102    M    92 
I   103    I    93 
T   104    A    94 
A   105    V    95 
V   106    T    96 
S   107    D    97 
T   108    T    98 
T   109    T    99 
N   110    D   100 
S   111    F   101 
G   112    E   102 
I   113    L   103 
Y   114    F   104 
G   115    S   105 
P   116    S   106 
G   117    T   107 
T   118    S   108 
Q   122    K   109 
G   123    G   110 
G   124    A   111 
V   125    V   112 
K   126    Q   113 
L   127    G   114 
W   135    F   115 
E   136    G   116 
L   137    Y   117 
A   138    V   118 
A   139    Y   119 
D   140    H   120 
A   141    A   121 
K   142    E   122 
V   143    G   123 
K   144    T   124 
N   149    Y   125 
T   150    G   126 
P   151    A   127 
R   152    R   128 
L   153    I   129 
I   154    L   130 
Q   155    R   131 
I   156    L   132 
N   157    T   133 
K   158    D   134 
S   159    V   135 
K   160    T   136 
N   161    H   137 
F   162    F   138 
T   163    S   139 
L   164    V   140 
Y   165    H   141 
N   166    D   142 
V   167    I   143 
S   168    I   144 
L   169    L   145 
I   170    V   146 
N   171    D   147 
S   172    A   148 
P   173    P   149 
N   174    A   150 
F   175    F   151 
H   176    H   152 
V   177    F   153 
V   178    T   154 
F   179    M   155 
S   180    D   156 
D   181    T   157 
G   182    C   158 
D   183    S   159 
G   184    D   160 
F   185    G   161 
T   186    E   162 
A   187    V   163 
W   188    Y   164 
K   189    N   165 
T   190    M   166 
T   191    A   167 
I   192    I   168 
K   193    R   169 
T   194    G   170 
P   195    G   171 
S   196    N   172 
T   197    E   173 
A   198    G   174 
N   200    G   175 
T   201    L   176 
D   202    D   177 
G   203    G   178 
I   204    I   179 
D   205    D   180 
M   207    V   181 
S   208    W   182 
S   209    G   183 
K   210    S   184 
N   211    N   185 
I   212    I   186 
T   213    W   187 
I   214    V   188 
A   215    H   189 
Y   216    D   190 
S   217    V   191 
N   218    E   192 
I   219    V   193 
A   220    T   194 
T   221    N   195 
G   222    K   196 
D   223    D   197 
D   224    E   198 
N   225    C   199 
V   226    V   200 
A   227    T   201 
I   228    V   202 
K   229    K   203 
A   230    S   204 
R   234    P   205 
A   235    A   206 
E   236    N   207 
T   237    N   208 
R   238    I   209 
N   239    L   210 
I   240    V   211 
S   241    E   212 
I   242    S   213 
L   243    I   214 
H   244    Y   215 
N   245    C   216 
D   246    N   217 
F   247    W   218 
G   248    S   219 
T   249    G   220 
G   250    G   221 
H   251    C   222 
G   252    A   223 
M   253    M   224 
S   254    G   225 
I   255    S   226 
G   256    L   227 
S   257    G   228 
E   258    A   229 
T   259    D   230 
M   260    T   231 
G   261    D   232 
V   262    V   233 
Y   263    T   234 
N   264    D   235 
V   265    I   236 
T   266    V   237 
V   267    Y   238 
D   268    R   239 
D   269    N   240 
L   270    V   241 
K   271    Y   242 
M   272    T   243 
N   273    W   244 
G   274    S   245 
T   275    S   246 
T   276    N   247 
N   277    Q   248 
G   278    M   249 
L   279    Y   250 
R   280    M   251 
I   281    I   252 
K   282    K   253 
S   283    S   254 
D   284    N   255 
S   286    G   256 
A   287    G   257 
A   288    S   258 
G   289    G   259 
V   290    T   260 
V   291    V   261 
N   292    S   262 
G   293    N   263 
V   294    V   264 
R   295    L   265 
Y   296    L   266 
S   297    E   267 
N   298    N   268 
V   299    F   269 
V   300    I   270 
M   301    G   271 
K   302    H   272 
N   303    G   273 
V   304    N   274 
A   305    A   275 
K   306    Y   276 
P   307    S   277 
I   308    L   278 
V   309    D   279 
I   310    I   280 
D   311    D   281 
T   312    G   282 
V   313    Y   283 
Y   314    W   284 
E   315    S   285 
K   316    S   286 
K   317    M   287 
S   320    T   288 
N   321    A   289 
V   322    V   290 
P   323    A   291 
D   324    G   292 
S   326    D   293 
D   327    G   294 
I   328    V   295 
T   329    Q   296 
F   330    L   297 
K   331    N   298 
D   332    N   299 
V   333    I   300 
T   334    T   301 
S   335    V   302 
E   336    K   303 
T   337    N   304 
K   338    W   305 
G   339    K   306 
V   340    G   307 
V   341    T   308 
V   342    E   309 
L   343    A   310 
N   344    N   311 
G   345    G   312 
N   347    A   313 
A   348    T   314 
K   349    R   315 
K   350    P   316 
P   351    P   317 
I   352    I   318 
E   353    R   319 
V   354    V   320 
T   355    V   321 
TER 
END 
