
PFRMAT AL
TARGET T0100
AUTHOR 8734-6605-4366
METHOD Main features of the approach:
METHOD 1. Threading in an external energy field of 'the template results
METHOD    in an alignment of a target sequence on the template.
METHOD    The energy of the obtainedstructure is evaluated using
METHOD    phenomelogical potentials applied to Ca and Cb atoms.
METHOD 2. Averaging over homologs is used in energy calculations.
METHOD 3. "Fragmentation" gapless threading is used for the final
METHOD    selection of predictions
MODEL  5
PARENT 1mda_H
A  25    K   2
T  26    S   3
T  27    K   4
Y  28    V   5
N  29    A   6
A  30    G   7
V  31    S   8
S  37    A  11
D  38    A  12
G  39    S  13
K  40    A  14
T  41    A  15
F  42    A  16
K  43    A  17
T  44    S  18
I  45    D  19
A  46    G  20
D  47    S  21
A  48    S  22
I  49    C  23
A  50    D  24
S  51    H  25
A  52    G  26
P  53    P  27
A  54    G  28
G  55    A  29
S  56    I  30
T  57    S  31
P  58    R  32
F  59    R  33
V  60    S  34
I  61    H  35
L  62    I  36
I  63    T  37
K  64    L  38
N  65    P  39
G  66    A  40
V  67    Y  41
Y  68    F  42
N  69    A  43
E  70    G  44
R  71    T  45
L  72    T  46
T  73    E  47
I  74    N  48
T  75    W  49
R  76    V  50
N  77    S  51
N  78    C  52
L  79    A  53
H  80    G  54
L  81    C  55
K  82    G  56
N  87    L  59
G  88    G  60
A  89    H  61
V  90    S  62
I  91    L  63
A  92    G  64
A  93    A  65
A  94    F  66
T  95    L  67
A  96    S  68
A  97    L  69
G  98    A  70
T  99    V  71
L 100    A  72
K 101    G  73
S 102    H  74
D 103    S  75
G 104    G  76
S 105    S  77
K 106    D  78
W 107    F  79
G 108    A  80
T 109    L  81
A 110    A  82
G 111    S  83
S 112    T  84
S 113    S  85
T 114    F  86
I 115    A  87
T 116    R  88
I 117    S  89
S 118    A  90
A 119    K  91
K 120    G  92
Q 125    T  95
S 126    D  96
L 127    Y  97
T 128    V  98
I 129    E  99
R 130    V 100
N 131    F 101
D 132    D 102
F 133    P 103
D 134    V 104
F 135    T 105
P 136    F 106
A 137    L 107
N 138    P 108
Q 139    I 109
A 140    A 110
K 141    D 111
S 142    I 112
D 143    E 113
S 144    L 114
D 145    P 115
S 146    D 116
S 147    A 117
K 148    P 118
I 149    R 119
K 150    F 120
D 151    S 121
T 152    V 122
Q 153    G 123
A 154    P 124
V 155    R 125
A 156    V 126
L 157    H 127
Y 158    I 128
V 159    I 129
T 160    G 130
K 161    N 131
S 162    C 132
G 163    A 133
D 164    S 134
R 165    S 135
A 166    A 136
Y 167    C 137
F 168    L 138
K 169    L 139
D 170    F 140
V 171    F 141
S 172    L 142
L 173    F 143
V 174    G 144
G 175    S 145
Y 176    S 146
Q 177    A 147
D 178    A 148
T 179    A 149
L 180    G 150
Y 181    L 151
V 182    S 152
S 183    V 153
G 184    P 154
G 185    G 155
R 186    A 156
S 187    S 157
F 188    D 158
F 189    D 159
S 190    Q 160
D 191    L 161
C 192    T 162
R 193    K 163
I 194    S 164
S 195    A 165
G 196    S 166
T 197    C 167
V 198    F 168
D 199    H 169
F 200    I 170
I 201    H 171
F 202    P 172
G 203    G 173
D 204    A 174
G 205    A 175
T 206    A 176
A 207    T 177
L 208    H 178
F 209    Y 179
N 210    L 180
N 211    G 181
C 212    S 182
D 213    C 183
L 214    P 184
V 215    A 185
S 216    S 186
R 217    L 187
Y 218    A 188
R 219    A 189
A 220    S 190
D 221    D 191
V 222    L 192
K 223    A 193
S 224    A 194
G 225    A 195
N 226    P 196
V 227    A 197
S 228    A 198
G 229    A 199
Y 230    G 200
L 231    I 201
T 232    V 202
A 233    G 203
P 234    A 204
S 235    Q 205
T 236    C 206
N 237    T 207
I 238    G 208
N 239    A 209
Q 240    Q 210
K 241    N 211
Y 242    C 212
G 243    S 213
L 244    S 214
V 245    Q 215
I 246    A 216
T 247    A 217
N 248    Q 218
S 249    A 219
R 250    N 220
V 251    Y 221
I 252    P 222
R 253    G 223
E 254    M 224
S 255    L 225
D 256    V 226
S 257    W 227
V 258    A 228
P 259    V 229
A 260    A 230
K 261    S 231
S 262    S 232
Y 263    I 233
G 264    L 234
L 265    Q 235
G 266    G 236
R 267    D 237
P 268    I 238
W 269    P 239
H 270    A 240
P 271    A 241
T 272    G 242
S 276    M 245
D 277    K 246
G 278    A 247
R 279    A 248
N 284    K 257
A 285    A 258
I 286    D 259
G 287    N 260
L 292    L 290
N 293    A 291
T 294    A 292
S 295    A 293
M 296    E 294
D 297    N 295
N 298    T 296
H 299    S 297
I 300    S 298
Y 301    V 299
G 302    T 300
W 303    A 301
D 304    S 302
K 305    V 303
M 306    G 304
S 307    Q 305
G 308    T 306
K 309    S 307
D 310    G 308
K 311    P 309
N 312    I 310
G 313    S 311
N 314    N 312
T 315    G 313
I 316    H 314
W 317    D 315
F 318    S 316
N 319    D 317
P 320    A 318
E 321    I 319
D 322    I 320
S 323    A 321
R 324    A 322
F 325    Q 323
F 326    D 324
E 327    G 325
Y 328    A 326
K 329    S 327
S 330    D 328
Y 331    N 329
G 332    Y 330
A 333    A 331
G 334    N 332
A 335    S 333
A 336    A 334
V 337    G 335
S 338    T 336
K 339    E 337
D 340    V 338
R 341    L 339
R 342    D 340
Q 343    I 341
L 344    Y 342
T 345    D 343
D 346    A 344
A 347    A 345
Q 348    S 346
A 349    D 347
A 350    Q 348
E 351    D 349
Y 352    Q 350
T 353    S 351
Q 354    S 352
S 355    V 353
K 356    E 354
V 357    L 355
L 358    D 356
G 359    K 357
D 360    G 358
W 361    P 359
T 362    E 360
P 363    S 361
T 364    L 362
L 365    S 363
P 366    V 364
TER
END



