

PFRMAT AL
TARGET T0122
AUTHOR 9885-9936-6780
METHOD Smith-Waterman based secondary structure alignment
MODEL 2
PARENT 1bks_A
K    3   R   15
D    4   E   16
G    5   G   17
S    6   A   18
L    7   F   19
I    8   V   20
P    9   P   21
Y   10   F   22
L   11   V   23
T   12   T   24
A   13   L   25
G   14   G   26
D   15   D   27
P   16   P   28
K   18   G   29
Q   19   I   30
S   20   S   33
L   22   L   34
N   23   K   35
F   24   I   36
L   25   I   37
L   26   D   38
A   27   L   40
L   28   I   41
D   29   D   42
E   30   A   43
Y   31   G   44
A   32   A   45
G   33   D   46
A   34   A   47
I   35   L   48
E   36   E   49
L   37   L   50
G   38   G   51
I   39   V   52
P   40   P   53
F   41   F   54
S   42   S   55
D   43   D   56
P   44   P   57
I   45   L   58
A   46   A   59
D   47   D   60
G   48   G   61
K   49   P   62
T   50   T   63
I   51   I   64
Q   52   Q   65
E   53   N   66
S   54   A   67
H   55   N   68
Y   56   L   69
R   57   R   70
A   58   A   71
L   59   F   72
K   60   A   73
N   61   A   74
G   62   G   75
F   63   V   76
K   64   T   77
L   65   P   78
R   66   A   79
E   67   Q   80
A   68   C   81
F   69   F   82
W   70   E   83
I   71   M   84
V   72   L   85
K   73   A   86
E   74   L   87
F   75   I   88
R   76   R   89
R   77   K   91
H   78   H   92
S   79   P   93
T   81   T   94
P   82   P   96
I   83   I   97
L   85   L   99
M   86   L  100
T   87   M  101
Y   88   Y  102
Y   89   A  103
N   90   N  104
P   91   L  105
I   92   V  106
Y   93   F  107
R   94   N  108
A   95   N  109
G   96   G  110
V   97   I  111
R   98   D  112
N   99   A  113
F  100   F  114
L  101   Y  115
A  102   A  116
E  103   R  117
A  104   C  118
K  105   Q  120
A  106   V  121
G  108   G  122
V  109   V  123
D  110   D  124
G  111   S  125
I  112   V  126
L  113   L  127
V  114   V  128
V  115   A  129
D  116   D  130
L  117   V  131
P  118   P  132
V  119   V  133
F  120   E  134
H  121   E  135
A  122   S  136
K  123   A  137
E  124   P  138
F  125   F  139
T  126   R  140
E  127   Q  141
I  128   A  142
A  129   A  143
R  130   R  145
E  131   H  146
G  133   N  147
I  134   I  148
K  135   A  149
T  136   P  150
V  137   I  151
F  138   F  152
L  139   I  153
A  140   C  154
A  141   P  155
P  142   P  156
N  143   N  157
T  144   A  158
P  145   D  159
D  146   D  160
E  147   D  161
R  148   L  162
L  149   L  163
K  150   R  164
V  151   Q  165
I  152   V  166
M  155   A  167
T  156   G  170
T  157   R  171
G  158   G  172
F  159   Y  173
V  160   T  174
Y  161   Y  175
L  162   L  176
V  163   L  177
K  177   A  190
T  178   L  191
A  179   P  192
Y  180   H  194
D  181   H  195
L  182   L  196
L  183   I  197
R  184   E  198
R  185   K  199
A  186   L  200
K  187   K  201
R  188   E  202
I  189   Y  203
C  190   H  204
R  191   A  205
K  193   A  206
V  194   P  207
A  195   A  208
V  196   L  209
G  197   G  211
F  198   F  212
G  199   G  213
V  200   I  214
S  201   S  215
K  202   S  216
R  203   P  217
E  204   E  218
H  205   Q  219
V  206   V  220
V  207   S  221
S  208   A  222
L  209   A  223
L  210   V  224
K  211   R  225
E  212   A  226
G  213   G  227
A  214   A  228
N  215   A  229
G  216   G  230
V  217   A  231
V  218   I  232
V  219   S  233
G  220   G  234
S  221   S  235
A  222   A  236
L  223   I  237
V  224   V  238
K  225   K  239
I  226   I  240
I  227   I  241
TER
END
-------------------------------------------------------------
Ajay K. Royyuru, PhD                   Phone: (914) 945-1335
Manager, Structural Biology            Fax: (914) 945-4104
Computational Biology Center          mailto:ajayr@us.ibm.com
IBM Research                                 --- IBM Internal ---
T. J. Watson Research Center           Phone: T/L 862-1335
P.O. Box 218, Route 134                  Fax: T/L 862-4104
Yorktown Heights, NY 10598            Office: 13-106D


