
PFRMAT AL
TARGET T0127
AUTHOR 3359-3308-3659
REMARK FUGUE AUTOMATIC ALIGNMENT
REMARK ZSCORE=7.52 
REMARK CONFIDENCE: CERTAIN   (99% confidence [ ZSCORE>=6.0 ])
REMARK DERIVED FROM HOMSTRAD PROFILE: hs1dooe
METHOD Environment-specific substitution tables were derived from the structure-based
METHOD alignments in the HOMSTRAD database. Each alignment in HOMSTRAD was converted
METHOD into a scoring template (profile) using the environment-specific substitution 
METHOD tables and structure-dependent gap penalties. The program FUGUE searches
METHOD a sequence or sequence alignment against the library of profiles.
MODEL  1
PARENT 1doo_E
M   1     P     6
T   2     R     7
T   3     E     8
A   4     I     9
V   5     V    10
A   6     S    11
R   7     E    12
L   8     L    13
Q   9     D    14
P  10     K    15
S  11     H    16
A  12     I    17
S  13     I    18
G  14     G    19
A  15     Q    20
K  16     D    21
T  17     N    22
R  18     A    23
P  19     K    24
V  20     R    25
F  21     S    26
P  22     V    27
F  23     A    28
S  24     I    29
A  25     A    30
I  26     L    31
V  27     R    32
G  28     N    33
Q  29     R    34
E  30     W    35
D  31     R    36
M  32     R    37
K  33     M    38
L  34     Q    39
A  35     L    40
L  36     N    41
L  37     E    42
L  38     E    43
T  39     L    44
A  40     R    45
V  41     H    46
D  42     E    47
P  43     V    48
G  44     T    49
I  45     P    50
G  46     K    51
G  47     N    52
V  48     I    53
L  49     L    54
V  50     M    55
F  51     I    56
G  52     G    57
D  53     P    58
R  54     T    59
G  55     G    60
T  56     V    61
G  57     G    62
K  58     K    63
S  59     T    64
T  60     E    65
A  61     I    66
V  62     A    67
R  63     R    68
A  64     R    69
L  65     L    70
A  66     A    71
A  67     K    72
L  68     L    73
L  69     A    74
P  70     N    75
E  71     K    80
I  72     V    81
E  73     E    82
A  74     A    83
V  75     T    84
E  76     K    85
G  77     F    86
C  78     T    87
P  79     E    88
V  80     V    89
S  81     G    90
S  82     Y    91
P  83     V    92
N  84     G    93
V  85     K    94
E  86     E    95
M  87     V    96
I  88     D    97
P  89     S    98
D  90     I    99
W  91     I   100
A  92     R   101
T  93     D   102
V  94     L   103
L  95     T   104
S  96     D   105
T  97     A   106
N  98     A   107
V  99     V   108
I 100     K   109
R 101     M   110
K 102     V   111
P 103     R   112
T 104     V   113
P 105     Q   114
V 106     A   115
V 107     I   116
D 108     E   117
L 109     K   118
P 110     N   119
L 111     E   124
G 112     E   125
V 113     L   126
S 114     A   127
E 115     E   128
D 116     E   129
R 117     R   130
V 118     I   131
V 119     L   132
G 120     D   133
A 121     V   134
L 122     L   135
D 123     I   136
I 124     P   137
E 125     Q   145
R 126     T   146
A 127     E   147
I 128     Q   148
S 129     Q   149
K 130     Q   150
G 131     E   151
E 132     P   152
K 133     S   153
A 134     A   154
F 135     A   155
E 136     R   156
P 137     Q   157
G 138     A   158
L 139     F   159
L 140     R   160
A 141     K   161
R 142     K   162
A 143     L   163
N 144     R   164
R 145     E   165
G 146     G   166
Y 147     L   216
L 148     K   217
Y 149     I   218
I 150     K   219
D 151     D   220
E 152     A   221
C 153     M   222
N 154     K   223
L 155     L   224
L 156     L   225
E 157     I   226
D 158     E   227
H 159     E   228
I 160     E   229
V 161     A   230
D 162     A   231
L 163     K   232
L 164     L   233
L 165     V   234
D 166     E   238
V 167     L   239
A 168     K   240
Q 169     Q   241
S 170     D   242
G 171     A   243
E 172     I   244
N 173     D   245
V 174     A   246
V 175     V   247
E 176     E   248
R 177     Q   249
D 178     H   250
G 179     G   251
L 180     I   252
S 181     V   253
I 182     F   254
R 183     I   255
H 184     D   256
P 185     E   257
A 186     I   258
R 187     D   259
F 188     K   260
V 189     I   261
L 190     C   262
V 191     K   263
G 192     R   264
S 193     G   265
G 194     E   266
N 195     S   267
P 196     S   268
E 197     G   269
E 198     P   270
G 199     D   271
D 200     V   272
L 201     S   273
R 202     R   274
P 203     E   275
Q 204     G   276
L 205     V   277
L 206     Q   278
D 207     R   279
R 208     D   280
F 209     L   281
G 210     L   282
L 211     P   283
S 212     L   284
V 213     V   285
E 214     E   286
V 215     V   290
L 216     S   291
S 217     T   292
P 218     K   293
R 219     H   294
D 220     G   295
V 221     M   296
E 222     V   297
T 223     K   298
R 224     T   299
V 225     D   300
E 226     H   301
V 227     I   302
I 228     L   303
R 229     F   304
R 230     I   305
R 231     A   306
D 232     S   307
T 233     F   310
Y 234     Q   311
D 235     I   312
A 236     A   313
D 237     K   314
P 238     P   315
K 239     S   316
A 240     D   317
F 241     L   318
L 242     I   319
E 243     P   320
E 244     E   321
W 245     L   322
R 246     Q   323
P 247     G   324
K 248     R   325
D 249     L   326
M 250     I   328
D 251     R   329
I 252     V   330
R 253     E   331
N 254     L   332
Q 255     Q   333
I 256     A   334
L 257     L   335
E 258     T   336
A 259     T   337
R 260     S   338
E 261     D   339
R 262     F   340
L 263     E   341
P 264     R   342
K 265     I   343
V 266     L   344
E 267     T   345
A 268     E   346
P 269     P   347
N 270     N   348
T 271     A   349
A 272     I   351
L 273     T   352
Y 274     V   353
D 275     Q   354
C 276     Y   355
A 277     K   356
A 278     A   357
L 279     L   358
C 280     M   359
I 281     A   360
A 282     T   361
L 283     E   362
G 284     G   363
S 285     V   364
D 286     N   365
G 287     I   366
L 288     E   367
R 289     F   368
G 290     T   369
E 291     D   370
L 292     S   371
T 293     G   372
L 294     I   373
L 295     K   374
R 296     R   375
S 297     I   376
A 298     A   377
R 299     E   378
A 300     A   379
L 301     A   380
A 302     W   381
A 303     Q   382
L 304     V   383
E 305     N   384
G 306     E   385
A 307     S   386
T 308     T   387
A 309     E   388
V 310     N   389
G 311     I   390
R 312     G   391
D 313     A   392
H 314     R   393
L 315     R   394
K 316     L   395
R 317     H   396
V 318     T   397
A 319     V   398
T 320     L   399
M 321     E   400
A 322     R   401
L 323     L   402
S 324     M   403
H 325     E   404
R 326     E   405
L 327     I   406
R 328     S   407
R 329     Y   408
D 330     D   409
P 331     A   410
L 332     S   411
D 333     D   412
E 334     L   413
A 335     S   414
G 336     G   415
S 337     Q   416
T 338     N   417
A 339     I   418
R 340     T   419
V 341     I   420
A 342     A   422
R 343     D   423
T 344     Y   424
V 345     V   425
E 346     S   426
E 347     K   427
T 348     H   428
L 349     L   429
P 350     D   430
TER
END

