
PFRMAT AL
TARGET T0128
AUTHOR 6305-9733-7289
REMARK similar to 1b06.
METHOD PSI-BLAST (Altschul et al., Nucl. Acids Res. 25, 3389-3402, 1997)
METHOD (-h 0.0005 -j 20) and iterative SCANPS
METHOD (Barton et al., 2000, http://barton.ebi.ac.uk/scanps/)
METHOD were run against a combined search set comprising the SWALL, PDB and ENSEMBL
METHOD sequence databases. In these runs, 1b06 (chain F) was identified as a
METHOD homologue. All sequences hit with an E-val of less than 0.0005
METHOD were collected and aligned all_against_all using AMPS
METHOD (Barton, G. J., Methods in Enzymology 183, 403-428, 1990)
METHOD and one sequence was removed from any pair sharing greater than 75%
METHOD identity. These sequences were combined with t0128 and 1b06_F, and
METHOD a multiple alignment was constructed by CLUSTALW (Higgins et al.,
METHOD Methods in Enz.266,383-402,1996.) The alignment between t0128
METHOD and 1b06_F was extracted, and then edited by hand in the
METHOD Jalview alignment editor
METHOD (M. Clamp, URL: http://www2.ebi.ac.uk/~michele/jalview/contents.html).
MODEL  1
PARENT 1b06_F
V 13 I F4
T 14 Q F5
T 15 L F6
K 16 K F7
R 17 R F8
Y 18 Y F9
T 19 E F10
L 20 F F11
P 21 P F12
P 22 Q F13
L 23 L F14
P 24 P F15
Y 25 Y F16
A 26 K F17
Y 27 V F18
N 28 D F19
A 29 A F20
L 30 L F21
E 31 E F22
P 32 P F23
Y 33 Y F24
I 34 I F25
S 35 S F26
A 36 K F27
E 37 D F28
I 38 I F29
M 39 I F30
Q 40 D F31
L 41 V F32
H 42 H F33
H 43 Y F34
Q 44 N F35
K 45 G F36
H 46 H F37
H 47 H F38
Q 48 K F39
G 49 G F40
Y 50 Y F41
V 51 V F42
N 52 N F43
G 53 G F44
A 54 A F45
N 55 N F46
A 56 S F47
A 57 L F48
L 58 L F49
E 59 D F50
K 60 R F51
L 61 L F52
E 62 E F53
K 63 K F54
F 64 L F55
R 65 I F56
K 66 K F57
G 67 G F58
E 68 D F59
A 69 L F60
D 72 D F66
I 73 L F67
R 74 Q F68
A 75 G F69
V 76 I F70
L 77 L F71
R 78 R F72
D 79 G F73
L 80 L F74
S 81 T F75
F 82 F F76
H 83 N F77
L 84 I F78
N 85 N F79
G 86 G F80
H 87 H F81
I 88 K F82
L 89 L F83
H 90 H F84
S 91 A F85
I 92 I F86
F 93 Y F87
W 94 W F88
P 95 N F89
N 96 N F90
M 97 M F91
A 98 A F92
P 99 P F93
P 100 A F94
G 101 G F95
K 102 K F96
G 103 G F97
G 104 G F98
G 105 G F99
K 106 K F100
P 107 P F101
G 108 G F102
G 109 G F103
K 110 A F104
I 111 L F105
A 112 A F106
D 113 D F107
L 114 L F108
I 115 I F109
N 116 D F110
K 117 K F111
F 118 Q F112
F 119 Y F113
G 120 G F114
S 121 S F115
F 122 F F116
E 123 D F117
K 124 R F118
F 125 F F119
K 126 K F120
E 127 Q F121
E 128 V F122
F 129 F F123
S 130 S F124
Q 131 E F125
A 132 S F126
A 133 A F127
K 134 N F128
N 135 S F129
V 136 L F130
E 137 P F131
G 138 G F132
V 139 S F133
G 140 G F134
W 141 W F135
A 142 T F136
I 143 V F137
L 144 L F138
V 145 Y F139
Y 146 Y F140
E 147 D F141
P 148 N F142
L 149 E F143
E 150 S F144
E 151 G F145
Q 152 N F146
L 153 L F147
L 154 Q F148
I 155 I F149
L 156 M F150
Q 157 T F151
I 158 V F152
E 159 E F153
K 160 N F154
H 161 H F155
N 162 F F156
L 163 M F157
M 164 N F158
H 165 H F159
A 166 I F160
A 167 A F161
D 168 E F162
A 169 L F163
Q 170 P F164
V 171 V F165
L 172 I F166
L 173 L F167
A 174 I F168
L 175 V F169
D 176 D F170
V 177 E F171
W 178 F F172
E 179 E F173
H 180 H F174
A 181 A F175
Y 182 Y F176
Y 183 Y F177
L 184 L F178
Q 185 Q F179
Y 186 Y F180
K 187 K F181
N 188 N F182
D 189 K F183
R 190 R F184
G 191 G F185
S 192 D F186
Y 193 Y F187
V 194 L F188
D 195 N F189
N 196 A F190
W 197 W F191
W 198 W F192
N 199 N F193
V 200 V F194
V 201 V F195
N 202 N F196
W 203 W F197
D 204 D F198
D 205 D F199
V 206 A F200
E 207 E F201
R 208 K F202
R 209 R F203
L 210 L F204
Q 211 Q F205
K 212 K F206
A 213 Y F207
L 214 L F208
N 215 N F209
TER
END


